mRNA-seq (NGS) – De novo

O sequenciamento de mRNA permite o perfil de todos os transcritos de mRNA nas células sob condições específicas e é uma tecnologia amplamente utilizada em diversas áreas de pesquisa. O pipeline BMKCloud De novo mRNA-seq foi projetado para analisar bibliotecas de sequenciamento enriquecidas com poli-A quando nenhum genoma de referência está disponível. O pipeline começa com o controle de qualidade, seguido porde novomontagem de transcrição e seleção de conjunto unigene. A análise da estrutura unigênica prevê sequência de codificação (CDS) e repetições de sequência simples (SSR). Posteriormente, a análise de expressão diferencial encontra genes diferencialmente expressos (DEGs) entre as condições testadas, seguida de anotação funcional e enriquecimento de DEGs para extrair insights biológicos.