Metagenômica (NGS)

A metagenômica da espingarda com Illumina é uma ferramenta popular para estudar microbiomas, sequenciando diretamente o DNA de amostras complexas, permitindo o estudo da diversidade taxonômica e funcional. O pipeline bmkcloud metagenômico (NGS) começa com controle de qualidade e montagem de metagenoma, a partir dos quais os genes são previstos e agrupados em conjuntos de dados não redundantes que são anotados para função e taxonomia usando vários bancos de dados. Esta informação é usada para analisar a diversidade taxonômica dentro da amostra (diversidade alfa) e a diversidade entre as amostras (diversidade beta). A análise diferencial entre os grupos encontra as OTUs e as funções biológicas que diferem entre os dois grupos usando testes paramétricos e não paramétricos, enquanto a análise de correlação relaciona essas diferenças aos fatores ambientais.