Conjunto de genoma baseado em Hi-C
Hi-C é um método projetado para capturar a configuração cromossômica combinando sondagens de interações baseadas em proximidade e sequenciamento de alto rendimento. Acredita-se que a intensidade dessas interações esteja negativamente correlacionada com a distância física nos cromossomos. Portanto, os dados Hi-C são usados para orientar o agrupamento, ordenação e orientação de sequências montadas em um rascunho de genoma e ancorando-as em um certo número de cromossomos. Esta tecnologia permite uma montagem do genoma ao nível dos cromossomas na ausência de um mapa genético baseado na população. Cada genoma precisa de um Hi-C.
Recursos de serviço
● Sequenciamento no Illumina NovaSeq com PE150.
● O serviço requer amostras de tecido, em vez de ácidos nucleicos extraídos, para reticulação com formaldeído e conservação das interações DNA-proteína.
● O experimento Hi-C envolve restrição e reparo final das pontas pegajosas com biotina, seguido pela circularização das pontas rombas resultantes, preservando as interações. O DNA é então extraído com esferas de estreptavidina e purificado para posterior preparação da biblioteca.
Vantagens do serviço
Visão geral do Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Ciência, 2009)
●Eliminando a necessidade de dados genéticos populacionais:Hi-C substitui as informações essenciais necessárias para ancoragem contig.
●Alta densidade de marcadores:levando a uma alta taxa de ancoragem de contig acima de 90%.
●Ampla experiência e registros de publicação:A BMKGene tem vasta experiência com mais de 2.000 casos de montagem do genoma Hi-C de 1.000 espécies diferentes e diversas patentes. Mais de 200 casos publicados têm um fator de impacto acumulativo superior a 2.000.
●Equipe de bioinformática altamente qualificada:com patentes internas e direitos autorais de software para experimentos Hi-C e análise de dados, o software de visualização de dados desenvolvido pela própria empresa permite mover, reverter, revogar e refazer manualmente blocos.
●Suporte pós-venda:Nosso compromisso vai além da conclusão do projeto, com um período de serviço pós-venda de 3 meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência na solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para esclarecer quaisquer dúvidas relacionadas aos resultados.
●Anotação abrangente: utilizamos múltiplos bancos de dados para anotar funcionalmente os genes com variações identificadas e realizar a análise de enriquecimento correspondente, fornecendo insights sobre múltiplos projetos de pesquisa.
Especificações de serviço
| Preparação da biblioteca | Estratégia de sequenciamento | Saída de dados recomendada | Controle de qualidade |
| Biblioteca Hi-C | Illumina NovaSeq PE150 | 100x | Q30 ≥ 85% |
Requisitos de amostra
| Tecido | Quantidade necessária |
| Vísceras Animais | ≥ 2g |
| Músculo Animal | |
| Sangue de Mamífero | ≥ 2 mL |
| Sangue de Aves/Peixe | |
| Planta - Folha Fresca | ≥ 3g |
| Células cultivadas | ≥ 1x107 |
| Inseto | ≥ 2g |
Fluxo de trabalho de serviço
Projeto de experimento
Entrega de amostra
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
1) Controle de qualidade de dados brutos
2) QC da biblioteca Hi-C: estimativa de interações Hi-C válidas
3) Montagem Hi-C: agrupamento de contigs em grupos, seguido de ordenação de contig dentro de cada grupo e atribuição de orientação de contig
4) Avaliação Hi-C
Hi-C Library QC – estimativa de pares de interação válidos Hi-C
Montagem Hi-C – estatísticas
Avaliação pós-montagem – mapa de calor da intensidade do sinal entre compartimentos
Explore os avanços facilitados pelos serviços de montagem Hi-C da BMKGene por meio de uma coleção selecionada de publicações.
Tian, T. et al. (2023) 'Montagem do genoma e dissecação genética de um germoplasma de milho proeminente resistente à seca', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), pp. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Wang, ZL et al. (2020) 'Uma montagem em escala cromossômica do genoma da abelha asiática Apis cerana', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.
Zhang, F. et al. (2023) 'Revelando a evolução da biossíntese de alcalóides tropano analisando dois genomas na família Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
Zhang, X. et al. (2020) 'Genomas da figueira-da-índia e da vespa polinizadora fornecem insights sobre a coevolução da figueira-vespa', Cell, 183(4), pp. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043
