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Interação de cromatina baseada em Hi-C

Imagem em destaque de interação com cromatina baseada em Hi-C

Hi-C é um método projetado para capturar a configuração genômica combinando sondagens de interações baseadas em proximidade e sequenciamento de alto rendimento. O método é baseado na reticulação da cromatina com formaldeído, seguida de digestão e religação de forma que apenas os fragmentos ligados covalentemente formarão produtos de ligação. Ao sequenciar estes produtos de ligação, é possível estudar a organização 3D do genoma. Hi-C permite estudar a distribuição das porções do genoma que são levemente compactadas (compartimentos A, eucromatina) e com maior probabilidade de serem transcricionalmente ativas, e as regiões que são mais compactadas (compartimentos B, heterocromatina). Hi-C também pode ser usado para identificar Domínios Topologicamente Associados (TADs), regiões do genoma que possuem estruturas dobradas e provavelmente têm padrões de expressão semelhantes, e para identificar alças de cromatina, regiões de DNA que são ancoradas entre si por proteínas e que são muitas vezes enriquecido em elementos regulamentares. O serviço de sequenciamento Hi-C da BMKGene capacita os pesquisadores a explorar as dimensões espaciais da genômica, abrindo novos caminhos para a compreensão da regulação do genoma e suas implicações na saúde e na doença.

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Detalhes do serviço

Bioinformática

Resultados de demonstração

Publicações em destaque

Recursos de serviço

● Sequenciamento no Illumina NovaSeq com PE150.

● O serviço requer amostras de tecido, em vez de ácidos nucleicos extraídos, para reticulação com formaldeído e conservação das interações DNA-proteína.

● O experimento Hi-C envolve restrição e reparo final das pontas pegajosas com biotina, seguido pela circularização das pontas rombas resultantes, preservando as interações. O DNA é então extraído com esferas de estreptavidina e purificado para posterior preparação da biblioteca.

Vantagens do serviço

●Design ideal de enzimas de restrição: para garantir uma alta eficiência de Hi-C em diferentes espécies com até 93% de pares de interação válidos.

●Ampla experiência e registros de publicação:A BMKGene tem vasta experiência com mais de 2.000 projetos de sequenciamento Hi-C de 800 espécies diferentes e diversas patentes. Mais de 100 casos publicados com fator de impacto acumulativo superior a 900.

●Equipe de Bioinformática altamente qualificada:com patentes internas e direitos autorais de software para experimentos Hi-C e análise de dados e um software de visualização de dados desenvolvido pela própria empresa.

●Suporte pós-venda:Nosso compromisso vai além da conclusão do projeto, com um período de serviço pós-venda de 3 meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência na solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para esclarecer quaisquer dúvidas relacionadas aos resultados.

●Anotação abrangente: utilizamos múltiplos bancos de dados para anotar funcionalmente os genes com variações identificadas e realizar a análise de enriquecimento correspondente, fornecendo insights sobre múltiplos projetos de pesquisa.

Especificações de serviço

Biblioteca

Estratégia de sequenciamento

Saída de dados recomendada

Resolução de sinal Hi-C

Biblioteca Hi-C

Illumina PE150

Loop de cromatina: 150x

TAD: 50x

Loop de cromatina: 10Kb

TAD: 40Kb

Requisitos de serviço

Tipo de amostra	Quantidade necessária
Tecido animal	≥2g
Sangue Total	≥2mL
Fungos	≥1g
Planta - tecido jovem	1g/alíquota, 2-4 alíquotas recomendadas
Células cultivadas	≥1x10⁷

Anterior: Kit de RNA de planta magnética inteligente TGuide

Próximo: Bibliotecas pré-fabricadas DNBSEQ

Inclui a seguinte análise:

● CQ de dados brutos;

● Mapeamento e QC da biblioteca Hi-C: pares de interação válidos e Interaction Decay Exponents (IDEs);

● Perfil de interação genômica ampla: análise cis/trans e mapa de interação Hi-C;

● Análise da distribuição dos compartimentos A/B;

● Identificação de TADs e alças de cromatina;

● Análise diferencial de elementos da estrutura da cromatina 3D entre amostras e correspondente anotação funcional de genes associados.

Distribuição de proporção cis e trans

Mapa térmico de interações cromossômicas entre amostras

Distribuição de compartimentos A/B em todo o genoma

Distribuição de alças de cromatina em todo o genoma

Visualização de TADs

Explore os avanços da pesquisa facilitados pelos serviços de sequenciamento Hi-C da BMKGene por meio de uma coleção selecionada de publicações.

Meng, T. et al. (2021) 'Uma análise comparativa integrada multiômica identifica CA2 como um novo alvo para cordoma',Neuro-Oncologia, 23(10), pp. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.

Xu, L. et al. (2021) 'A desorganização 3D e o rearranjo do genoma fornecem insights sobre a patogênese da NAFLD por meio de sequenciamento integrado de Hi-C, Nanopore e RNA',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), pp. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.