Montagem de genoma de fungos de novo
O BMKGENE oferece soluções versáteis para genomas de fungos, atendendo a diversas necessidades de pesquisa e integridade desejada do genoma. A utilização do seqüenciamento ilumina de leitura curta apenas permite a geração de um rascunho do genoma. Leituras curtas e sequenciação de leitura longa usando nanoporo ou Pacbio são combinadas para um genoma fúngico mais refinado com contigs mais longos. Além disso, a integração do seqüenciamento Hi-C aprimora ainda mais os recursos, permitindo a obtenção de um genoma completo no nível do cromossomo.
Recursos de serviço
Com três opções possíveis para escolher, dependendo do grau desejado de integridade do genoma:
● Opção de rascunho do genoma: sequenciamento de leitura curta com Illumina Novaseq PE150.
● Opção de genoma fino de fungos:
Pesquisa do genoma: Illumina Novaseq PE150.
Assembléia do genoma: Pacbio Revrio (leituras HIFI) ou Nanopore Promethion 48.
● Genoma fúngico em nível cromossômico:
Pesquisa do genoma: Illumina Novaseq PE150.
Assembléia do genoma: Pacbio Revrio (leituras HIFI) ou Nanopore Promethion 48.
Contig Ancorando com a montagem Hi-C.
Vantagens de serviço
●Várias estratégias de sequenciamento disponíveis: Para diferentes metas de pesquisa e requisitos de integridade do genoma
●Fluxo de trabalho completo de bioinformática:Isso inclui montagem do genoma e a previsão de múltiplos elementos genômicos, anotação funcional do gene e ancoragem de contig.
●Extensa experiência: Com mais de 12.000 genomas microbianos montados, trazemos uma década de experiência, uma equipe de análise altamente qualificada, conteúdo abrangente e excelente suporte pós-venda.
●Suporte pós-venda:Nosso compromisso se estende além da conclusão do projeto com um período de serviço pós-venda de três meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência de solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para abordar quaisquer consultas relacionadas aos resultados.
Especificações de serviço
| Serviço | Estratégia de sequenciamento | Controle de qualidade |
| Draft Genome | Illumina PE150 100X | Q30≥85% |
| Genoma fino | Pesquisa do genoma: ilumina pe150 50 x Montagem: Pacbio Hifi 30x ou Nanopore 100x | Contig N50 ≥1MB （Pacbio Unicelular) Contig N50 ≥2MB （Ont Unicelular） Contig n50 ≥500kb （Outros) |
| Genoma em nível cromossômico | Pesquisa do genoma: ilumina pe150 50 x Montagem: Pacbio Hifi 30x ou Nanopore 100x Montagem Hi-C 100x | Taxa de ancoragem de contig> 90%
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Requisitos de serviço
| Concentração (ng/µl) | Quantidade total (µg) | Volume (µl) | OD260/280 | OD260/230 | |
| Pacbio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1,6 |
| Nanoporo | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Ilumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
Fungo unicelular: ≥3,5x1010 células
Macro fungo: ≥10 g
Fluxo de trabalho de serviço
Entrega de amostra
Construção da biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Inclui a seguinte análise:
Pesquisa de genoma:
- Sequenciamento de controle de qualidade de dados
- Estimativa do genoma: tamanho, heterozigosidade, elementos repetitivos
Montagem do genoma fino:
- Sequenciamento de controle de qualidade de dados
- De NovoConjunto
- Análise de componentes do genoma: previsão de CDs e múltiplos elementos genômicos
- Anotação funcional com vários bancos de dados gerais (GO, KEGG, etc.) e bancos de dados avançados (Card, VFDB, etc.)
Montagem Hi-C:
- Avaliação da biblioteca Hi-C.
- Contigs ancorando agrupamentos, pedidos e orientação
- Avaliação da montagem Hi-C: Com base no genoma de referência e mapa de calor
Pesquisa de genoma: distribuição K-Mer
Assembléia do genoma: anotação homóloga ao gene (banco de dados NR)
Assembléia do genoma: anotação funcional do gene (GO)
Explore os avanços facilitados pelos serviços de montagem de genoma fúngicos da BMKGENE por meio de uma coleção de publicações com curadoria.
Hao, J. et al. (2023) 'O perfil ômico integrado do cogumelo medicinal inonotus obliquus em condições submersas',BMC Genomics, 24 (1), pp. 1–12. doi: 10.1186/s12864-023-09656-z/figuras/3.
Lu, L. et al. (2023) 'O seqüenciamento do genoma revela os mecanismos de evolução e patogênicos do patógeno ocular afiado do trigo, rizoctonia cereal',O diário da colheita, 11 (2), pp. 405-416. doi: 10.1016/j.cj.2022.07.024.
Zhang, H. et al. (2023) 'Recursos genômicos para quatro espécies de Clarireedia, causando um ponto de dólar em diversos gramados',Doença vegetal, 107 (3), pp. 929-934. doi: 10.1094/pdis-08-22-1921-a
Zhang, SS et al. (2023) 'Evidência genética e molecular de um sistema de acasalamento tetrapolar no cogumelo comestível Grifola Frondosa',Journal of Fungi, 9 (10), p. 959. Doi: 10.3390/Jof9100959/S1.
