Análise de mRNA eucariótico (baseada em referência e opções de novo disponível)
Este pipeline usa os dados do NGS RNA-seq como entrada e produz resultados de várias análises a jusante, incluindo, entre outros, avaliação da qualidade dos dados, sequenciação, avaliação da qualidade dos dados,de NovoAnotação do local da transcrição, análise de splicing variável, análise de expressão diferencial, anotação de funções e análise de enriquecimento.
Análise de RNA não codificante longa
Os RNAs não codificadores longos (lncRNA) são transcritos não codificantes com comprimentos superiores a 200 nt e conhecidos por desempenhar papéis na organização e regulamentação da cromatina. Tecnologias de sequenciamento de alto rendimento e bioinformático capacitaram nossa compreensão sequências de lncRNA e informações de posicionamento para identificar lncRNAs com funções regulatórias cruciais. Este oleoduto fornece análise de lncRNA, além das análises mencionadas no pipeline de análise de mRNA eucariótico.
16s/18s/seu sequenciamento de amplicons
O pipeline de análise de diversidade microbiana de sequenciamento de amplicons foi desenvolvido com base em anos de experiência na análise de projetos de diversidade microbiana. O oleoduto contém análise básica padronizada, que abrange o conteúdo da análise convencional da pesquisa microbiana atual e da análise personalizada. O relatório de análise é rico e abrangente, com a opção de realizar análises pessoais diversas. Além disso, amostras e grupos podem ser modificados rapidamente para obter personalização e controle adicionais.
Análise de Metagenômica da Espinção
O pipeline de análise metagenômica da espingarda usa dados NGS de materiais genômicos mistos extraídos de amostras ambientais. As análises incluídas fornecem informações detalhadas sobre diversidade e abundância de espécies, estrutura populacional, relação filogenética, genes funcionais e redes de correlação com fatores ambientais.
Análise da variante NGS-WGS
A análise da variante NGS-WGS é um pipeline de detecção de variante integrado que executa o controle da qualidade dos dados, alinhamento de sequência, anotação e análise de mutação genética. O oleoduto segue as melhores práticas do GATK para detecção SNP e indel e usa o manta para chamadas variantes estruturais.
Estudo de associação ampla do genoma (GWAS)
O GWAS Pipeline é uma análise a jusante que leva arquivos VCF gerados anteriormente e dados de fenótipo correspondentes para uma coorte de indivíduos como entrada. Usando metodologias estatísticas específicas, o GWAS visa descobrir variações nucleotídicas em todo o genoma correlacionadas com diferenças fenotípicas. Ele desempenha um papel crucial na exploração de genes funcionais associados a doenças humanas complexas e características complexas em plantas e animais.
Análise de segregação a granel (BSA)
A análise da BSA envolve agrupamento de indivíduos com características fenotípicas extremas de uma população segregante. Ao comparar locos diferenciais entre as amostras agrupadas, essa abordagem identifica rapidamente marcadores moleculares intimamente ligados associados aos genes alvo. Amplamente utilizado no mapeamento genético de plantas e animais, é uma ferramenta valiosa para a criação assistida por marcadores.
Análise de genética evolutiva
A análise da genética evolutiva do fluxo de trabalho aproveita a vasta experiência do BMKGENE em projetos de evolução genética e inclui construção de árvores filogenéticas, análise de desequilíbrio de ligação, avaliação da diversidade genética, identificação de varredura seletiva, análise de cinzas, análise principal de componentes e caracterização da estrutura da população.
