Genética evolutiva
Vantagens de serviço
Takagi et al.,The Plant Journal, 2013
●Análise bioinformática abrangente:permitindo a estimativa da diversidade genética, que reflete o potencial evolutivo das espécies, e revelando uma relação filogenética confiável entre espécies com influência minimizada da evolução convergente e evolução paralela
●Análise personalizada opcional: como a estimativa do tempo e velocidade da divergência com base em variações no nível de nucleotídeos e aminoácidos.
●Extensos conhecimentos e registros de publicação: A BMKGENE acumulou uma experiência maciça em projetos de população e genética evolutiva por mais de 15 anos, cobrindo milhares de espécies, etc. e contribuiu para mais de 1000 projetos de alto nível publicados na Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, etc.
● Equipe de bioinformática altamente qualificada e ciclo de análise curta: Com ótima experiência em análise de genômica avançada, a equipe da BMKGENE oferece análises abrangentes com um tempo rápido de resposta.
● Suporte pós-venda:Nosso compromisso se estende além da conclusão do projeto com um período de serviço pós-venda de três meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência de solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para abordar quaisquer consultas relacionadas aos resultados.
Especificações e requisitos de serviço
| Tipo de sequenciamento | Escala populacional recomendada | Estratégia de sequenciamento | Requisitos de nucleotídeo |
| Sequenciamento de genoma inteiro | ≥ 30 indivíduos, com ≥ 10 indivíduos de cada subgrupo
| 10x | Concentração: ≥ 1 ng/ µl Valor total 5Ng Limitada ou sem degradação ou contaminação |
| Fragmento amplificado de Locus específico (SLAF) | Profundidade de tag: 10x Número de tags: <400 MB: WGS é recomendado <1 GB: tags 100k 1 GB > 2GB: tags 300k Tags máximas de 500k | Concentração ≥ 5 ng/µl Quantidade total ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2.5 Gel de agarose: sem degradação ou contaminação limitada
|
Fluxo de trabalho de serviço
Projeto de experimento
Entrega de amostra
Construção da biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
O serviço inclui a análise da estrutura populacional (árvore filogenética, PCA, gráfico de estratificação populacional), diversidade populacional e seleção da população (desequilíbrio de ligação, seleção seletiva de varredura de locais vantajosos). O serviço também pode incluir análise personalizada (por exemplo, tempo de divergência, fluxo de genes).
*Os resultados da demonstração mostrados aqui são todos de genomas publicados com bmkgene
1. A análise da evolução contém a construção de árvores filogenéticas, estrutura populacional e PCA com base em variações genéticas.
A árvore filogenética representa relações taxonômicas e evolutivas entre espécies com ancestral comum.
O PCA visa visualizar proximidade entre as subpopulações.
A estrutura populacional mostra a presença de subpopulação geneticamente distinta em termos de frequências alélicas.
Chen, et. al.,Pnas, 2020
2. varredura seletiva
A varredura seletiva refere -se a um processo pelo qual um local vantajoso é selecionado e as frequências de locais neutros vinculados são aumentados e os de locais desvinculados diminuem, resultando na redução do regional.
A detecção em todo o genoma nas regiões de varredura seletiva é processada calculando o índice genético da população （π ， fST, D Tajima D) de todos os SNPs dentro de uma janela deslizante (100 kb) em determinada etapa (10 kb).
Diversidade de nucleotídeos (π)
D
Índice de Fixação (FST)
Wu, et. al.,Planta molecular, 2018
3.Gene Fluxo
Wu, et. al.,Planta molecular, 2018
4. História Demográfica
Zhang, et. al.,Ecologia da natureza e evolução, 2021
5. Tempo de entrega
Zhang, et. al.,Ecologia da natureza e evolução, 2021
Explore os avanços facilitados pelos serviços de genética evolutiva da BMKGENE por meio de uma coleção de publicações com curadoria:
Hassanyar, Ak et al. (2023) 'Descoberta de marcadores moleculares do SNP e genes candidatos associados à resistência ao vírus do sacrood em larvas APIS Cerana Cerana por ressequenciamento de todo o genoma',Jornal Internacional de Ciências Moleculares, 24 (7). doi: 10.3390/ijms24076238.
Chai, J. et al. (2022) 'Descoberta de uma salamandra gigante chinesa geneticamente pura, cria novas oportunidades de conservação',Pesquisa zoológica, 2022, vol. 43, Edição 3, páginas: 469-480, 43 (3), pp. 469-480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. et al. (2022) 'Padrão filogeográfico e história da evolução da população do elymus sibiricus L. indígenas no platô qinghai-tibetano',Fronteiras na Ciência Planta, 13, p. 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. et al. (2022) 'Insights genômicos sobre a evolução de Longan a partir de uma montagem do genoma do nível cromossômico e genômica populacional de acessos de Longan',Pesquisa de horticultura, 9. doi: 10.1093/h/uhac021.
