Sequenciamento completo de mRNA -PacBio
Características
● Síntese de cDNA a partir de mRNA poli-A seguida de preparação da biblioteca
● Sequenciamento no modo CCS, gerando leituras HiFi
● Sequenciamento das transcrições completas
● A análise não necessita de um genoma de referência; no entanto, pode ser empregado
● A análise bioinformática permite a análise de transcritos isoforma lncRNA, fusões gênicas, poliadenilação e estrutura gênica
Vantagens do serviço
●Alta precisão: Leituras HiFi com precisão >99,9% (Q30), comparável a NGS
● Análise de emenda alternativa: o sequenciamento de todas as transcrições permite a identificação e caracterização de isoformas
●Ampla experiência: com um histórico de conclusão de mais de 1.100 projetos completos de transcriptoma PacBio e processamento de mais de 2.300 amostras, nossa equipe traz uma vasta experiência para cada projeto.
●Suporte pós-venda: nosso compromisso vai além da conclusão do projeto com um período de serviço pós-venda de 3 meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência na solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para esclarecer quaisquer dúvidas relacionadas aos resultados.
Requisitos de amostra e entrega
| Biblioteca | Estratégia de sequenciamento | Dados recomendados | Controle de qualidade |
| Biblioteca CCS de mRNA enriquecida com PolyA | Sequela II do PacBio PacBio Revisão | 20/40 GB 5/10MCCS | Q30≥85% |
Requisitos de amostra:
Nucleotídeos:
● Plantas:
Raiz, Caule ou Pétala: 450 mg
Folha ou Semente: 300 mg
Fruta: 1,2g
● Animal:
Coração ou Intestino: 300 mg
Vísceras ou Cérebro: 240 mg
Músculo: 450 mg
Ossos, Cabelo ou Pele: 1g
● Artrópodes:
Insetos: 6g
Crustáceos: 300 mg
● Sangue total: 1 tubo
● Células: 106 células
| Conc.(ng/μl) | Quantidade (μg) | Pureza | Integridade |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | DO260/280=1,7-2,5 DO260/230=0,5-2,5 Contaminação limitada ou inexistente de proteínas ou DNA mostrada no gel. | Para plantas: RIN≥7,5; Para animais: RIN≥8,0; 5,0≥ 28S/18S≥1,0; elevação limitada ou nenhuma elevação da linha de base |
Entrega de amostra recomendada
Recipiente: Tubo de centrífuga de 2 ml (folha de estanho não é recomendada)
Rotulagem da amostra: Grupo+réplica, por exemplo, A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Expedição:
1. Gelo seco: As amostras precisam ser embaladas em sacos e enterradas em gelo seco.
2. Tubos RNAstable: As amostras de RNA podem ser secas em tubo de estabilização de RNA (por exemplo, RNAstable®) e enviadas em temperatura ambiente.
Fluxo de trabalho de serviço
Projeto de experimento
Entrega de amostra
Extração de RNA
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Inclui a seguinte análise:
● Controle de qualidade de dados brutos
● Análise Alternativa de Poliadenilação (APA)
● Análise de transcrição de fusão
● Análise de emenda alternativa
● Análise comparativa de Ortólogos Universais de Cópia Única (BUSCO)
● Nova análise de transcrição: previsão de sequências de codificação (CDS) e anotação funcional
● Análise de lncRNA: previsão de lncRNA e alvos
● Identificação de Microsatélites (SSR)
Análise BUSCO
Análise de Emenda Alternativa
Análise Alternativa de Poliadenilação (APA)
Anotação funcional de novas transcrições
Explore os avanços facilitados pelos serviços completos de sequenciamento de mRNA Nanopore da BMKGene nesta publicação em destaque.
Mãe, Y. et al. (2023) 'Análise comparativa dos métodos de sequenciamento de RNA PacBio e ONT para identificação do veneno Nemopilema Nomurai', Genomics, 115(6), p. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. et al. (2019) 'A dinâmica de desenvolvimento do transcriptoma do caule de Populus', Plant Biotechnology Journal, 17(1), pp. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. et al. (2022) 'Mudanças dinâmicas no conteúdo de ácido ascórbico durante o desenvolvimento e amadurecimento dos frutos de Actinidia latifolia (uma cultura de frutas rica em ascorbato) e os mecanismos moleculares associados', International Journal of Molecular Sciences, 23(10), p. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. et al. (2022) 'Previsão eficaz de genes da via biossintética envolvidos em polifilinas bioativas em Paris polyphylla', Communications Biology 2022 5:1, 5(1), pp. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Análise combinada de PacBio Iso-Seq e Illumina RNA-Seq do transcriptoma Tuta absoluta (Meyrick) e genes do citocromo P450', Insects, 14(4), p. 363. doi: 10.3390/INSECTOS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Um levantamento da complexidade do transcriptoma usando análise em tempo real de molécula única PacBio combinada com sequenciamento de RNA Illumina para uma melhor compreensão da biossíntese de ácido ricinoleico em Ricinus communis', BMC Genomics, 20(1), pp. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
