BMKMANU S3000_SPATIAL Transcriptoma
Esquema Técnico de Transcriptoma Espacial BMKManu S3000
Características
- Resolução: 3,5 µm
- Diâmetro do ponto: 2,5 µm
- Número de pontos: aproximadamente 4 milhões
- 3 possíveis formatos de área de captura: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm ou 15 mm * 20 mm
- Cada cordão com código de barras é carregado com iniciadores compostos por 4 seções:
• Cauda de poli (dt) para priming de mRNA e síntese de cDNA,
• Identificador molecular exclusivo (UMI) para corrigir o viés de amplificação
• Código de barras espacial
• Sequência de ligação de leitura parcial 1 Primer de seqüenciamento
- H&E e coloração fluorescente das seções
- Possibilidade de usar a tecnologia de segmentação celular: integração da coloração de H&E, coloração fluorescente e sequenciamento de RNA para determinar os limites de cada célula e atribuir corretamente a expressão gênica a cada célula. Processando análise de perfil espacial a jusante com base no compartimento celular.
- É possível obter análise de resolução multinível: análise multinível flexível variando de 100 a 3,5 UM para resolver diversos recursos teciduais com resolução ideal.
Vantagens do BMKManu S3000
-Duplicação de pontos de captura para 4 milhões: com uma resolução aprimorada de 3,5 UM, levando a uma detecção mais alta de genes e UMI por célula. Isso resulta em agrupamento aprimorado de células com base em perfis transcricionais, com detalhes mais finos que correspondem à estrutura dos tecidos.
- Resolução subcelular:Cada área de captura continha> 2 milhões de pontos de barras espaciais com um diâmetro de 2,5 µm e um espaçamento de 5 µm entre os centros de ponto, permitindo a análise do transcriptoma espacial com resolução subcelular (5 µm).
-Análise de resolução de vários níveis:Análise flexível de vários níveis variando de 100 μm a 5 μm para resolver diversas características teciduais com resolução ideal.
-Possibilidade de usar a tecnologia de segmentação de células “três em um slide”:A combinação de coloração de fluorescência, coloração com H&E e sequenciamento de RNA em uma única lâmina, nosso algoritmo de análise "três em um" capacita a identificação dos limites celulares para a transcriptômica subsequente baseada em células.
-Compatível com várias plataformas de sequenciamento: Tanto os NGs quanto o sequenciamento de leitura longa disponíveis.
-Design flexível de 1-8 área de captura ativa: O tamanho da área de captura é flexível, sendo possível usar 3 formatos (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm e 15 mm * 20 mm)
-Serviço único: integra todas as etapas baseadas em experiência e habilidades, incluindo crio-seção, coloração, otimização de tecidos, código de barras espaciais, preparação da biblioteca, sequenciamento e bioinformática.
-Bioinformática abrangente e visualização amigável dos resultados:O pacote inclui 29 análises e mais de 100 números de alta qualidade, combinados com o uso de software desenvolvido interno para visualizar e personalizar a divisão de células e o agrupamento de pontos.
-Análise e visualização de dados personalizados: Disponível para diferentes solicitações de pesquisa
-Equipe técnica altamente qualificada: Com experiência em mais de 250 tipos de tecidos e mais de 100 espécies, incluindo humanos, camundongos, mamíferos, peixes e plantas.
-Atualizações em tempo real em todo o projeto: com controle total do progresso experimental.
-Análise de articulação opcional com sequenciamento de mRNA de célula única
Especificações de serviço
| Requisitos de amostra | Biblioteca | Estratégia de sequenciamento | Dados recomendados | Controle de qualidade |
| Amostras criogênicas incorporadas a outubro (Diâmetro ideal: aprox. 6 × 6 × 6 mm³) 2 blocos por amostra 1 para experimento, 1 para backup | Biblioteca de cDNA S3000 | Illumina PE150 | 160K PE Reads por 100υm (250 GB) | Rin> 7 |
Para mais detalhes sobre a orientação de preparação de amostras e fluxo de trabalho de serviço, sinta -se à vontade para conversar com umEspecialista em BMKGENE
Fluxo de trabalho de serviço
Na fase de preparação da amostra, um estudo inicial de extração de RNA a granel é realizado para garantir que um RNA de alta qualidade possa ser obtido. No estágio de otimização de tecidos, as seções são manchadas e visualizadas e as condições de permeabilização para liberação de mRNA do tecido são otimizadas. O protocolo otimizado é então aplicado durante a construção da biblioteca, seguido de sequenciamento e análise de dados.
O fluxo de trabalho de serviço completo envolve atualizações em tempo real e confirmações do cliente para manter um loop de feedback responsivo, garantindo a execução suave do projeto.
Os dados gerados pelo BMKManu S3000 são analisados usando o software "BSTMatrix", que é projetado independentemente pelo BMKGENE, gerando um nível de célula e matriz de expressão de genes de resolução multinível. A partir daí, é gerado um relatório padrão que inclui controle de qualidade de dados, análise de amostra interna e análise entre grupos.
- Controle de qualidade dos dados:
- Saída de dados e distribuição de pontuação de qualidade
- Detecção de genes por ponto
- Cobertura de tecido
- Análise de amostra interna:
- riqueza de genes
- Cluster de ponto, incluindo análise de dimensão reduzida
- Análise de expressão diferencial entre clusters: identificação de genes marcadores
- Anotação funcional e enriquecimento de genes marcadores
- Análise entre grupos
-Re-combinação de manchas de ambas
- Identificação de genes marcadores para cada cluster
- Anotação funcional e enriquecimento de genes marcadores
- Expressão diferencial do mesmo aglomerado entre os grupos
Além disso, o BMKGENE desenvolvido "BSTViewer" é uma ferramenta amigável que permite ao usuário visualizar a expressão gênica e o agrupamento de pontos em diferentes resoluções.
A BMKGENE oferece serviços de perfil espacial em resolução precisa de células únicas (com base na caixa celular ou em compartimento quadrado multinível de 100 a 3,5um).
Dados de perfil espacial de seções de tecido no slide S3000 executadas bem como abaixo.
Estudo de caso 1: cérebro do rato
A análise de uma seção cerebral de camundongo com S3000 resultou na identificação de ~ 94.000 células, com um sequenciamento mediano de ~ 2000 genes por célula. A resolução aprimorada de 3,5 UM resultou em um agrupamento muito detalhado das células com base em padrões transcricionais, com os aglomerados de células imitando as estruturas diferenciadas do cérebro. Isso é facilmente observado visualizando a distribuição de células agrupadas como oligodendrócitos e células de microglia, que estão quase exclusivamente localizadas em substância cinzenta e branca, respectivamente.
Estudo de caso 2: embrião de mouse
A análise de uma seção de embriões de camundongo com S3000 resultou na identificação de ~ 2200.000 células, com um sequenciamento mediano de ~ 1600 genes por célula. A resolução aprimorada de 3,5 UM resultou em um agrupamento muito detalhado das células com base em padrões transcricionais, com 12 aglomerados na área do olho e 28 aglomerados na área do cérebro.
ANÁLISE INTERIOR ANÁLISE CLURSING:
Genes marcadores Identificação e distribuição espacial:
-Maior resolução subcelular: comparada com a lâmina S1000, cada área de captura de S3000 continha> 4 milhões (Bin quadrado: 3,5 µm).
- Eficiência de captura mais alta: em comparação com o slide s1000, mediana_umi aumenta de 30% para 70%, mediano_gene aumenta de 30% para 60%
Esquema de chip S1000:
Esquema de chip S3000:
