Montagem do genoma bacteriano de novo
Oferecemos um serviço completo de montagem de genoma bacteriano, garantindo 0 lacunas. Isso é possível integrando tecnologias de sequenciamento de leitura longa, como Nanopore e PacBio para montagem e sequenciamento de leitura curta com Illumina para validação de montagem e correção de erros de leituras ONT. Nosso serviço fornece o fluxo de trabalho completo de bioinformática desde montagem, anotação funcional e análise bioinformática avançada, atendendo objetivos específicos de pesquisa. Este serviço permite o desenvolvimento de genomas de referência precisos para diversos estudos genéticos e genômicos. Além disso, constitui a base para aplicações como otimização de cepas, engenharia genética e desenvolvimento de tecnologia microbiana, garantindo dados genômicos confiáveis e sem lacunas, cruciais para o avanço dos conhecimentos científicos e da inovação biotecnológica.
Recursos de serviço
● Com duas opções possíveis de escolha, dependendo do grau desejado de completude do genoma.
● Opção de rascunho de genoma: sequenciamento de leitura curta com Illumina NovaSeq PE150.
● Genoma completo com 0 lacunas.
● Sequenciamento de leitura longa em Nanopore PromethION 48 ou PacBio Revio para montagem do genoma.
● Sequenciamento de leitura curta no Illumina NovaSeq para validação do genoma e correção de erros (Nanopore) ou para gerar um rascunho do genoma.
Vantagens do serviço
●Genoma Zero-Gap Garantido: Isso se deve à integração do sequenciamento Illumina com sequenciamento de leitura longa (Nanopore ou PacBio).
●Fluxo de trabalho completo de bioinformática:Isso inclui a montagem do genoma e a previsão de vários elementos genômicos, anotação funcional de genes e visualizações do genoma, como o gráfico Circos.
●Ampla experiência: Com mais de 20.000 genomas microbianos reunidos, a BMKGENE traz mais de uma década de experiência, uma equipe de análise altamente qualificada, conteúdo abrangente e excelente suporte pós-venda.
●Suporte pós-venda:Nosso compromisso vai além da conclusão do projeto, com um período de serviço pós-venda de 3 meses. Durante esse período, oferecemos acompanhamento do projeto, assistência na solução de problemas e sessões de perguntas e respostas para esclarecer quaisquer dúvidas relacionadas aos resultados.
●Múltiplas estratégias de sequenciamento disponíveis:Para diferentes objetivos de pesquisa e requisitos de integridade do genoma.
Especificações de serviço
| Serviço | Estratégia de sequenciamento |
| Rascunho do Genoma | Illumina PE150 100x |
| 0 Gap Genoma | Nanopore 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opcional) |
Requisitos de amostra:
| Concentração (ng/µL) | Quantidade total (µg) | Volume (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanoporo | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Iluminar | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bactérias: ≥3,5x1010 células
Fluxo de trabalho de serviço
Entrega de amostra
Construção de biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Inclui a seguinte análise:
● Controle de qualidade de dados de sequenciamento
● Montagem do Genoma
● Análise de componentes do genoma: previsão de CDS e múltiplos elementos genômicos
● Anotação funcional com múltiplos bancos de dados gerais (GO, KEGG, etc) e bancos de dados avançados (CARD, VFDB, etc)
● Visualização do genoma
Fornecemos o genoma em um formato fasta facilmente acessível e o arquivo de anotação do genoma (gff).
Anotação genética – GO
Anotação genética – carboidratos CAZY
Visualização do genoma – enredo Circos
Explore os avanços facilitados pelos serviços de montagem de genoma bacteriano da BMKGene por meio de uma coleção selecionada de publicações.
Dai, W. et al. (2023) 'Descoberta de Bacteroides uniformis F18-22 como uma bactéria probiótica nova e segura para o tratamento da colite ulcerativa do cólon humano saudável',Revista Internacional de Ciências Moleculares, 24(19), pág. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. et al. (2021) 'Proteus mirabilis isolados multirresistentes transportando blaOXA-1 e blaNDM-1 da vida selvagem na China: aumentando o risco para a saúde pública',Zoologia Integrativa, 16(6), pp. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT et al. (2017) 'Sequência completa do genoma do endófito Bacillus flexus KLBMP 4941 revela seu mecanismo de promoção do crescimento vegetal e base genética para tolerância ao sal',Revista de Biotecnologia, 260, pp. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. et al. (2021) 'Plasmídeos de resistência a múltiplos replicons de Klebsiella medeiam a disseminação extensiva de genes antimicrobianos',Fronteiras em Microbiologia, 12, pág. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
