Sequenciamento de Amplicon (16S/18S/ITS)

O sequenciamento de amplicon (16S/18S/ITS) com Illumina é um método de análise da diversidade microbiana, identificando perfis microbianos de acordo com suas sequências e, em seguida, tentando decifrar a riqueza e a diversidade da comunidade dentro de cada amostra e entre amostras. O pipeline BMKCloud Amplicon (NGS) permite a análise de 16S, 18S, ITS e múltiplos genes funcionais. Ele começa com corte de leitura, montagem de leitura emparelhada e avaliação de qualidade, seguido pelo agrupamento de leituras semelhantes para gerar Unidades Taxonômicas Operacionais (OTUs) usadas em seis seções de análise diferentes. A anotação taxonômica fornece informações sobre a abundância relativa e composição de cada amostra, enquanto as análises de diversidade alfa e beta concentram-se na diversidade microbiana dentro e entre amostras, respectivamente. A análise diferencial entre grupos encontra OTUs que diferem usando testes paramétricos e não paramétricos, enquanto a análise de correlação relaciona essas diferenças a fatores ambientais. Finalmente, a abundância funcional do gene é prevista com base na abundância do gene marcador, fornecendo informações sobre a função e a ecologia de cada amostra.