16s/18s/seu sequenciamento de amplicon-NGS
Recursos de serviço
● Plataforma de sequenciamento: Illumina Novaseq.
● Amplificação de regiões curtas de 16s, 18s e suas, entre outras metas de amplificação.
● Escolhas flexíveis do amplicon.
● Experiência anterior no projeto com várias metas de amplificação.
Vantagens de serviço
●Sem isolamento:Identificação rápida da composição microbiana em amostras ambientais.
●Alta resolução: Em componentes baixos em amostras ambientais.
●Amplamente aplicável: Diversos estudos da comunidade microbiana.
●Análise bioinformática abrangente: O mais recente pacote QIIME2 (insight quantitativo sobre ecologia microbiana) com diversas análises em termos de banco de dados, anotação, OTU/ASV.
●Extensa experiência: Com 150 mil projetos de sequenciamento de amplicons realizados anualmente, o BMKGENE traz mais de uma década de experiência, uma equipe de análise altamente qualificada, conteúdo abrangente e excelente suporte pós-venda.
Especificações de serviço
| Biblioteca | Estratégia de sequenciamento | Dados recomendados |
| Amplicon | Illumina PE250 | Tags 50/10/300K (pares de leitura) |
Requisitos de serviço
| Concentração (ng/µl) | Valor total (ng) | Volume (µl) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Solo/lodo: 1-2G
● Conteúdo intestinal-animal: 0,5-2g
● Conteúdo intestinal-Insect: 0,1-0,25g
● Superfície da planta (sedimento enriquecido): 0,1-0,5g
● Sedimento enriquecido com caldo de fermentação): 0,1-0,5g
● Felas (animais grandes): 0,5-2G
● Felas (mouse): 3-5 grãos
● Fluido de lavagem alveolar pulmonar: papel de filtro
● Swab vaginal: 5-6 swabs
● Swab genital/swab/saliva/tecido mole oral/cotonete faríngeo/swab retal: 2-3 swabs
● Microorganismos de superfície: papel de filtro
● Waterbody/ar/biofilme: papel de filtro
● Endófitos: 1-2G
● Placa dental: 0,5-1g
Fluxo de trabalho de serviço
Entrega de amostra
Construção da biblioteca
Sequenciamento
Análise de dados
Serviços pós-venda
Inclui a seguinte análise:
- Controle de qualidade de dados brutos
- OTU Clustering /De-Noise (ASV)
- Anotação OTU
- Análise de diversidade alfa: vários índices, incluindo Shannon, Simpson e ACE.
- Análise de diversidade beta
- Análise entre grupos
- Análise de correlação: entre fatores ambientais e composição e diversidade
- Previsão de genes funcionais 16S
Histograma da distribuição taxonômica
mapa de calor de agrupamento de abundância taxonômica
Análise de diversidade alfa: curva de rarefação
Análise de diversidade beta: NMDs
Análise de intergrupos: Discovery de Biomarcador de Lefse
Explore os avanços facilitados pelos Serviços de Sequenciamento de Amplicon da BMKGENE com a Illumina através de uma coleção de publicações com curadoria.
Dong, C. et al. (2022) 'montagem, microbiota do núcleo e função do solo da rizosfera e microbiota de casca em Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/fmicb.2022.85317/completo.
Li, Y. et al. (2023) 'Transplante de consórcios bacterianos sintéticos para o tratamento da vaginose bacteriana induzida por Gardnerella vaginalis em camundongos', Microbiome, 11 (1), pp. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. e Liu, H. (2022) 'Microbiomos de pó de ar coletados durante o experimento de suporte de vida biorregenerativa fechada no solo “Palácio Lunar 365”', Microbiomos Ambiental, 17 (1), pp. 1–20. doi: 10.1186/s40793-022-00399-0/figuras/8.
Yin, S. et al. (2022) 'Abundância dependente de matéria-prima de genes funcionais relacionados à transformação de nitrogênio que a perda de nitrogênio controlada na compostagem', Biorresource Technology, 361, p. 127678. DOI: 10.1016/j.biortech.2022.127678.
