د ځانګړي-لوکس پراخ شوي ټوټې ترتیب (SLAF-Seq)
کاري جریان
تخنیکي سکیم
د خدماتو ځانګړتیاوې
● په NovaSeq کې د PE150 سره ترتیب کول.
● د کتابتون چمتو کول د ډبل بار کوډ کولو سره، د 1000 څخه زیاتو نمونو د راټولولو وړ کول.
● دا تخنیک د حوالې جینوم سره یا پرته کارول کیدی شي، د هرې قضیې لپاره د مختلف بایو انفارمیټیک پایپ لاینونو سره:
د حوالې جینوم سره: SNP او InDel کشف
د حوالې جینوم پرته: د نمونې کلستر کول او د SNP کشف
● پهپه سیلیکو کېد ډیزاین مرحلې څخه دمخه د ډیری محدودیت انزایمونو ترکیبونه سکرین شوي ترڅو هغه ومومي کوم چې د جینوم په اوږدو کې د SLAF ټاګونو یونیفورم توزیع رامینځته کوي.
● د مخکې تجربې په جریان کې، د 9 SLAF کتابتونونو د تولید لپاره په 3 نمونو کې د انزایمونو درې ترکیبونه ازمول شوي، او دا معلومات د پروژې لپاره د غوره محدودیت انزایم ترکیب غوره کولو لپاره کارول کیږي.
د خدماتو ګټې
●د لوړ جنیټیک مارکر کشف: د لوړ-throughput ډبل بارکوډ سیسټم ادغام د لوی نفوس په یوځل ترتیب کولو ته اجازه ورکوي، او د لوکس ځانګړي امپلیفیکیشن موثریت لوړوي، ډاډ ترلاسه کوي چې د ټګ شمیرې د مختلفو څیړنو پوښتنو متنوع اړتیاوې پوره کوي.
● په جینوم باندې ټیټ انحصار: دا د حوالې جینوم سره یا پرته په ډولونو باندې پلي کیدی شي.
●د انعطاف وړ سکیم ډیزاین: واحد انزايم، دوه ګوني انزايم، ملټي انزايم هضم، او د انزايمونو مختلف ډولونه ټول د مختلفو څيړنيزو موخو يا نوعو د پوره کولو لپاره غوره کيدای شي. دپه سیلیکو کېمخکې ډیزاین ترسره کیږي ترڅو د غوره انزایم ډیزاین ډاډمن شي.
● په انزایمیک هضم کې لوړ موثریت: د یوپه سیلیکو کېمخکې ډیزاین او د تجربې دمخه د کروموزوم (1 SLAF ټګ/4Kb) کې د SLAF ټاګونو حتی توزیع سره او د تکرار ترتیب کمولو سره (<5٪) ډاډمن غوره ډیزاین.
●پراخه تجربه: زموږ ټیم هرې پروژې ته د تجربې بډایه راوړي، په سلګونو ډولونو کې د 5000 SLAF-Seq پروژو بندولو ریکارډ سره، په شمول د نباتاتو، تی لرونکو حیواناتو، مرغیو، حشراتو، او آبي ژوندی موجوداتو.
● د ځان پرمختللی بایو انفارمیټ ورک فلو: BMKGENE د SLAF-Seq لپاره یو مدغم بایو انفارماتیک کاري فلو رامینځته کړی ترڅو د وروستي محصول اعتبار او دقت ډاډمن کړي.
د خدماتو مشخصات
| د تحلیل ډول | وړاندیز شوی نفوس اندازه | د ترتیب کولو ستراتیژي | |
| د ټګ ترتیب کولو ژوروالی | د ټګ شمیره | ||
| جینیټیک نقشه | ۲ مور او پلار او تر ۱۵۰ اولادونه | والدین: 20x WGS اولادونه: 10x | د جینوم اندازه: <400 Mb: WGS سپارښتنه کیږي <1Gb: 100K ټګونه 1-2Gb:: 200K ټګونه > 2Gb: 300K ټاګونه اعظمي 500k ټګونه |
| د جینوم پراخه انجمن مطالعات (GWAS) | ≥200 نمونې | 10x | |
| جینیټیک ارتقاء | ≥30 نمونې، د هر فرعي ګروپ څخه> 10 نمونې سره | 10x | |
د خدماتو اړتیاوې
غلظت ≥ 5 ng/µL
ټول مقدار ≥ 80 ng
نانوډراپ OD260/280=1.6-2.5
Agarose جیل: نه یا محدود تخریب یا ککړتیا
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
کانټینر: 2 ملی لیتر سینټرفیوج ټیوب
(د ډیری نمونو لپاره، موږ سپارښتنه کوو چې په ایتانول کې ونه ساتل شي)
د نمونې لیبل کول: نمونې باید په واضح ډول لیبل شوي او د نمونې معلوماتو فورمې ته ورته وي.
بار وړل: وچ یخ: نمونې باید لومړی په کڅوړو کې بسته شي او په وچ یخ کې ښخ شي.
د خدمت کاري جریان
نمونه QC
پیلوټ تجربه
SLAF - تجربه
د کتابتون چمتو کول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
لاندې تحلیلونه شامل دي:
- د معلوماتو ترتیب کول QC
- د SLAF ټګ پراختیا
د جینوم حواله کولو لپاره نقشه کول
د حوالې جینوم پرته: کلستر کول
- د SLAF ټګونو تحلیل: احصایې، په جینوم کې توزیع
- د مارکر کشف: SNP، InDel، SNV، CV زنګ وهل او تشریح
په کروموزومونو کې د SLAF ټګونو ویش:
په کروموزومونو کې د SNPs ویش:
د SNP تشریح
| کال | ژورنال | IF | عنوان | غوښتنلیکونه |
| 2022 | د طبیعت ارتباطات | 17.694 | د ونې peony د ګیګا کروموزوم او ګیګا جینوم جینومیک اساس Paeonia ostii | SLAF-GWAS |
| 2015 | نوی فایټولوژیست | 7.433 | د کورنی پښې نښان د جینومیک سیمې د کرهنیز اهمیت سره یوځای کوي سویابین | SLAF-GWAS |
| 2022 | د پرمختللو څیړنو ژورنال | 12.822 | د جی هیرسوتم ته د ګوسیپیم بارباډینس د جینوم پراخه مصنوعي داخلیدل د پنبې فایبر کیفیت او حاصلاتو په ورته وخت کې د ښه والي لپاره غوره ځای څرګند کړئ ځانګړتیاوې | SLAF - ارتقاء جینیات |
| 2019 | مالیکولی نبات | 10.81 | د نفوس جینومیک تحلیل او د نوو مجلس د زیان رسوونکو واښو اصلیت څرګندوي وريجې د تکامل لوبې په توګه | SLAF - ارتقاء جینیات |
| 2019 | د طبیعت جینیات | 31.616 | د جینوم ترتیب او د عام کارپ جینیاتی تنوع، Cyprinus carpio | SLAF - د اړیکو نقشه |
| 2014 | د طبیعت جینیات | 25.455 | د کرل شوي نخود جینوم د legume karyotypes، polyploid په اړه بصیرت وړاندې کوي تکامل او د حاصلاتو پالل. | SLAF - د اړیکو نقشه |
| 2022 | د نبات بایو ټیکنالوژۍ ژورنال | 9.803 | د ST1 پیژندنه یو انتخاب څرګندوي چې د تخم د مورفولوژي په لاره اچول شامل دي او د سویابین د کورني کولو په وخت کې د تیلو مواد | SLAF - مارکر پرمختګ |
| 2022 | د مالیکولر ساینس نړیواله ژورنال | 6.208 | د غنمو لیموس مولیس 2Ns (2D) لپاره پیژندنه او د DNA مارکر پراختیا د ډیسوومیک کروموزوم بدیل | SLAF - مارکر پرمختګ |
| کال | ژورنال | IF | عنوان | غوښتنلیکونه |
| 2023 | د نباتاتو په ساینس کې سرحدونه | 6.735 | د Pyrus pyrifolia د میوو د پخیدو پرمهال د بورې مینځپانګې QTL نقشه او ټرانسکریټوم تحلیل | جینیټیک نقشه |
| 2022 | د نبات بایو ټیکنالوژۍ ژورنال | 8.154 | د ST1 پیژندنه یو انتخاب څرګندوي چې د سویابین د پاللو پرمهال د تخم مورفولوژي او د تیلو مینځپانګه پکې شامله ده
| د SNP زنګ وهل |
| 2022 | د نباتاتو په ساینس کې سرحدونه | 6.623 | د وچکالۍ په چاپیریال کې د جینوم پراخه انجمن نقشه کول.
| GWAS |
