د واحد نیوکلی RNA تسلسل
تخنیکي سکیم
د نیوکلی جلا کول د 10× جینومکس کرومیم ™ لخوا ترلاسه کیږي، کوم چې اته چینل مایکرو فلوایډیک سیسټم لري چې دوه ځله کراسونه لري. په دې سیسټم کې، د جیل موتی د بارکوډونو او پریمر سره، انزایمونه او یو واحد نیوکلیوس د نانوالیټر په اندازه د تیلو څاڅکي کې پوښل شوي، د جیل بیډ ان ایمولشن (GEM) تولیدوي. یوځل چې GEM رامینځته شي ، د حجرو لیسز او د بارکوډونو خوشې کول په هر GEM کې ترسره کیږي. mRNA د 10× بارکوډونو او UMI سره د cDNA مالیکولونو کې برعکس لیکل شوي ، کوم چې نور د معیاري ترتیب کتابتون جوړونې تابع دي.
ځانګړتیاوې
● د منجمد نسجونو څخه د واحد نیوکلی تعلیق چمتو کول
● د جیل بیډ-ان-ایمولشن (GEM) جوړښت وروسته د cDNA ترکیب
● په GEM کې هر مالګه د پریمرونو سره بار شوې چې له 4 برخو څخه جوړه شوې ده:
پولی (dT) دم د mRNA پریمینګ او cDNA ترکیب لپاره ،
ځانګړی مالیکولر پیژندونکی (UMI) د امپلیفیکیشن تعصب سمولو لپاره
10x بارکوډ
د جزوي لوستلو 1 ترتیب کولو پرائمر پابند ترتیب
ګټې
د واحد-نیوکلیوس RNA ترتیب کول د واحد-حجري RNA تسلسل محدودیتونه له مینځه وړي، وړ کوي:
● د منجمد نمونو کارول او نه یوازې په تازه نمونو پورې محدود دي
● د منجمد حجرو ټیټ فشار کله چې د تازه حجرو انزایمیک درملنې سره پرتله کیږي، د لږ فشار هڅول شوي جینونو په بڼه د ټرانسکریټوم ډاټا کې منعکس کیږي
● د وينې د سرو حجرو مخکي له منځه وړلو ته اړتيا نشته
● لامحدود حجرې قطر
● د نمونو لوی لړۍ چې د تحلیل لپاره وړ دي، پشمول د پیچلي او نازک نسج ډولونه چې د نسجونو د جلا کیدو په وخت کې د حجرو د کلمپ کولو یا ویجاړیدو خطر لري
هغه نمونې چې نشي کولی د واحد حجرې RNA تسلسل لخوا تحلیل شي او د واحد نیوکلی RNA ترتیب لپاره وړ وي:
| حجره / نسج | دلیل |
| منجمد نسج تازه کړئ | د تازه یا اوږدمهاله تنظیمونو ترلاسه کولو توان نلري |
| د عضلاتو حجره، میګاکاریوسایټ، غوړ… | وسیلې ته د ننوتلو لپاره د حجرو قطر خورا لوی دی |
| ځيګر… | د ماتولو لپاره خورا نازک، د واحد حجرو توپیر کولو توان نلري |
| عصبي حجره، مغز… | ډیر حساس، د فشار لپاره اسانه، به د ترتیب پایلې بدل کړي |
| پانقراص، تايرايډ… | د اندروجینس انزایمونو بډایه ، د واحد حجرو تعلیق تولید اغیزه کوي |
واحد نیوکلیوس vs واحد حجره
| واحد - نیوکلیوس | واحد حجره |
| د لامحدود حجرو قطر | د حجرو قطر: 10-40 μm |
| مواد کیدای شي منجمد نسج وي | مواد باید تازه نسج وي |
| د منجمد حجرو کم فشار | د انزایم درملنه ممکن د حجرو فشار غبرګون لامل شي |
| د وینې سره حجرې لرې کولو ته اړتیا نلري | د وینې سره حجرې باید لرې شي |
| اتومي بایو انفارمیشن بیانوي | ټوله حجره بایومعلومات څرګندوي |
مشخصات
| د نمونې اړتیاوې | کتابتون | د ترتیب کولو ستراتیژي | د معلوماتو سپارښتنه | د کیفیت کنټرول |
| د څارویو نسج ≥ 200 mg د نبات نسج ≥ 400 mg | 10x جینومکس sn cDNA کتابتون | Illumina PE150 | په هر حجره کې 100K PE لوستل کیږي (100-200 جي بي) | 700-1200 نیوکلی / μl او د نیوکلی بشپړتیا د مایکروسکوپ لاندې مشاهده شوې |
د نمونې چمتو کولو لارښود او د خدماتو کاري فلو په اړه د نورو جزیاتو لپاره ، مهرباني وکړئ وړیا خبرې وکړئ a سرهد BMKGENE متخصص
د خدمت کاري جریان
لاندې تحلیلونه شامل دي:
● د کیفیت کنټرول: د حجرو شمیر، د جین کشف، د حجرو دقیق پیژندنه، د RNA مالیکولونه او د بیان مقدار
● د داخلي نمونې تحلیل:
د سیل کلستر کول او کلستر تشریح
د توپیر څرګندولو تحلیل: په کلسترونو کې د DEGs پیژندنه
د کلستر DEGs فعالیت تشریح او بډایه کول
● د ګروپ بین الافغاني تحلیل:
د معلوماتو ترکیب
د توپیري بیان تحلیل: په ګروپونو کې د DEGs پیژندنه
د ګروپ DEGs فعالیتي تشریح او بډایه کول
● پرمختللی تحلیل:
د حجرو دورې تحلیل
د سیوډوټیم تحلیل
د ګرځنده مخابراتو تحلیل (CellPhoneDB)
د جین سیټ غني کولو تحلیل (GSEA)
د داخلي نمونې تحلیل
د حجرو کلسترول:
د توپیر څرګندولو تحلیل: کلستر DEGs
د ګروپ بین الافغاني تحلیل
د توپیري بیان تحلیل: ګروپ DEGs
پرمختللی تحلیل:
د وخت تحلیل:
د حجرو دورې تحلیل:
د BMKGene د واحد نیوکلیوس RNA ترتیب کولو خدماتو لخوا د 10X کرومیم لخوا په دې مشخصو خپرونو کې د اسانتیا وړ پرمختګونه وپلټئ:
وانګ، L. et al. (2021) 'د واحد-حجري ټرانسکریټومیک تحلیل د سټرایډ ضد مقاومت لرونکي سالنډۍ په شدت کې د سږو معافیت منظره څرګندوي'،د متحده ایالاتو د متحده ایالاتو د علومو ملي اکاډمۍ پروسې، 118 (2)، مخ. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
Zheng، H. et al. (2022) 'د قبرونو ناروغۍ او هاشموتو تایرایډیټس په مایکرو چاپیریال کې د معافیت حجرو کې د غیر منظم جین بیان او غیر معمولي میټابولیک سیګنال لپاره نړیواله تنظیمي شبکه'په امونولوژي کې سرحدونه، 13، مخ. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
Tian، H. et al. (2023) 'د واحد حجرې ټرانسکریټوم په فلاونډ کې د غیر فعال اډوارډسیلا ټارډا سره د واکسین کولو وروسته د لیوکوسایټس متفاوت او معافیت غبرګونونه په ګوته کوي (Paralichthys olivaceus)',Aquaculture، ۵۶۶ مخ. 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.
یو، Y. et al. (2023) 'فوټوډینامیک درملنه د معدې سرطان ناروغانو کې د تومور ضد معافیت د بیا تنظیمولو له لارې د معافیت د پوستې مخنیوی کونکو پایلې ښه کوي'،د معدې سرطان, 26 (5)، مخونه 798-813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
