-
Metagenomic Sequencing -NGS
میټاجینوم د ژوندی موجوداتو د ګډې ټولنې د ټول جینیاتي موادو مجموعه ده لکه چاپیریال او انساني میټاجینوم. دا د کرنې وړ او غیر کرل کیدونکي مایکرو ارګانیزمونو جینومونه لري. د NGS سره د شاټګن میټاجینومیک ترتیب کول د دې پیچلي جینومیک منظرې مطالعې ته وړتیا ورکوي چې د چاپیریال په نمونو کې ځای په ځای شوي د ټیکونومیک پروفایل کولو څخه ډیر چمتو کولو سره ، د ډولونو تنوع ، کثرت متحرکاتو ، او پیچلي نفوس جوړښتونو ته دقیق بصیرت هم ورکوي. د ټیکونومیک مطالعاتو هاخوا ، د شاټګن میټاګینومکس هم د جینومیک فعال لید وړاندې کوي ، د کوډ شوي جینونو سپړنه او په ایکولوژیک پروسو کې د دوی د رول رول وړتیا ورکوي. په نهایت کې، د جینیاتي عناصرو او چاپیریال فکتورونو ترمنځ د ارتباطي شبکو رامینځته کول د مایکروبیل ټولنو او د دوی ایکولوژیکي شالید تر مینځ د پیچلي تعامل په اړه هولیسټیک پوهه کې مرسته کوي. په پایله کې، میټاګینومیک ترتیب د متنوع مایکروبیل ټولنو د جینومیک پیچلتیاو د خلاصولو لپاره د یوې مهمې وسیلې په توګه ولاړ دی، په دې پیچلي ایکوسیستمونو کې د جینیکیک او ایکولوژي ترمنځ څو اړخیزه اړیکې روښانه کوي.
پلیټ فارمونه: Illumina NovaSeq او DNBSEQ-T7
-
Metagenomic Sequencing-TGS
میټاجینوم د ژوندی موجوداتو د مخلوط ټولنې د جنیټیک موادو مجموعه ده، لکه چاپیریال او انساني میټاجینوم. دا د کرنې وړ او غیر کرل کیدونکي مایکرو ارګانیزمونو جینومونه لري. د میټاګینومیک ترتیب کول د دې پیچلي جینومیک منظرو مطالعه توانوي چې د ټیکونومیک پروفایل کولو څخه ډیر چمتو کولو سره په ایکولوژیک نمونو کې ځای په ځای شوي. دا د کوډ شوي جینونو او د چاپیریال پروسو کې د دوی د رول رولونو سپړلو سره د فعال جینومیک لید وړاندې کوي. پداسې حال کې چې د ایلومینا ترتیب کولو سره د شاټګن دودیزې لارې په پراخه کچه په میټاګینومیک مطالعاتو کې کارول شوي ، د نانوپور او د PacBio اوږد لوستلو ترتیب ساحه بدله کړې. نانوپور او PacBio ټیکنالوژي د لاندې جریان بایو انفارمیټیک تحلیلونو ته وده ورکوي ، په ځانګړي توګه د میټاګینوم اسمبلۍ ، د لا دوامداره غونډو ډاډ ورکوي. راپورونه ښیي چې د نانوپور میشته او PacBio میشته میټاګینومکس په بریالیتوب سره د پیچلي مایکرو بایومونو (Moss, EL, et al., Nature Biotech, 2020) څخه بشپړ او تړل شوي باکتریا جینومونه رامینځته کړي. د نانوپور ریډز د ایلومینا ریډز سره یوځای کول د غلطۍ سمولو لپاره ستراتیژیک چلند چمتو کوي، د نانوپور اصلي ټیټ درستیت کموي. دا همغږي ترکیب د هر ترتیب کولو پلیټ فارم ځواک څخه ګټه پورته کوي ، د احتمالي محدودیتونو لرې کولو او د میټاګینومیک تحلیلونو دقیقیت او اعتبار ته وده ورکولو لپاره قوي حل وړاندې کوي.
پلیټ فارم: Nanopore PromethION 48، Illumia او PacBio Revio
-
د بشپړ جینوم بیسلفائٹ ترتیب (WGBS)
د بشپړ جینوم بیسلفائٹ تسلسل (WGBS) د DNA میتیلیشن ژورې سپړنې لپاره د سرو زرو معیاري میتودولوژي په توګه ولاړ دی ، په ځانګړي توګه په سایټوسین (5-mC) کې پنځم ځای ، د جین څرګندولو او سیلولر فعالیت یو مهم تنظیم کونکی. د WGBS اصلي اصل د بیسلفائٹ درملنه شامله ده، د غیر میتیلیټ سایټوسینونو uracil (C ته U) ته د بدلون هڅوي، پداسې حال کې چې میتیل شوي سایټوزینونه بدلیږي. دا تخنیک د واحد اساس حل وړاندیز کوي، څیړونکو ته اجازه ورکوي چې په هر اړخیزه توګه د میتیلوم تحقیق وکړي او د مختلفو شرایطو سره تړلي غیر معمولي میتیلیشن نمونې ښکاره کړي، په ځانګړې توګه سرطان. د WGBS په ګمارلو سره، ساینس پوهان کولی شي د جینوم پراخه میتیلیشن منظرو په اړه بې ساري بصیرت ترلاسه کړي، د ایپیګینیټیک میکانیزمونو په اړه دقیق پوهاوی چمتو کوي چې مختلف بیولوژیکي پروسو او ناروغیو لاندې راولي.
-
د ټرانسپوز - د لاسرسي وړ کروماتین لپاره ارزونه د لوړې کچې ترتیب سره (ATAC-seq)
ATAC-seq د لوړې کچې ترتیب کولو تخنیک دی چې د جینوم پراخه کروماتین لاسرسي تحلیل لپاره کارول کیږي. دا کارول د جین بیان په اړه د نړیوال ایپیګینیټیک کنټرول پیچلي میکانیزمونو ژوره پوهه وړاندې کوي. دا طریقه د هایپر فعال Tn5 ټرانسپوزس کاروي ترڅو په ورته وخت کې د سیکوینسي اډاپټرونو په داخلولو سره خلاص کروماتین سیمې ټوټې او ټګ کړي. ورپسې د PCR پراخوالی د ترتیب کولو کتابتون رامینځته کولو پایله لري ، کوم چې د ځانګړي ځای وخت شرایطو لاندې د خلاص کروماتین سیمو جامع پیژندنې ته اجازه ورکوي. ATAC-seq د لاسرسي وړ کروماتین منظرو ته هولیسټیک لید وړاندې کوي ، د میتودونو برخلاف چې یوازې د ټرانسکرپشن فکتور پابند سایټونو یا ځانګړي هیسټون بدل شوي سیمو باندې تمرکز کوي. د دې خلاص کروماتین سیمو په ترتیب کولو سره، ATAC-seq هغه سیمې په ګوته کوي چې د فعال تنظیمي ترتیبونو او احتمالي لیږد فاکتور پابند سایټونو احتمال لري ، د جینوم په اوږدو کې د جین بیان متحرک ماډل کولو کې ارزښتناکه لید وړاندې کوي.
-
16S/18S/ITS امپلیکون ترتیب کول-PacBio
د 16S او 18S rRNA جینونه د داخلي نقل شوي سپیسر (ITS) سیمې سره یوځای د خورا محافظت شوي او لوړ متغیر سیمو ترکیب له امله د اصلي مالیکولي ګوتو نښه نښه کونکي په توګه کار کوي چې دوی د پروکاریوټیک او یوکریوټیک ارګانیزمونو ځانګړتیا لپاره ارزښتناکه وسیلې جوړوي. د دې سیمو پراخول او ترتیب کول د مختلف ایکوسیستمونو په اوږدو کې د مایکروبیل ترکیب او تنوع تحقیق لپاره د انزوا څخه پاک چلند وړاندیز کوي. پداسې حال کې چې د Illumina ترتیب کول عموما د 16S او ITS1 V3-V4 په څیر لنډ هایپر ویریبل سیمې په نښه کوي، دا په ډاګه شوې چې د 16S، 18S، او ITS بشپړ اوږدوالی په ترتیب کولو سره غوره ټیکونومیک تشریح د لاسته راوړلو وړ دی. دا هراړخیز کړنلاره د دقیقو طبقه بندیو ترتیبونو لوړه سلنه پایله کوي ، د حل کچه ترلاسه کوي چې د ډولونو پیژندنې پورې غزیږي. د PacBio د واحد مالیکول ریښتیني وخت (SMRT) ترتیب کولو پلیټ فارم د خورا دقیق اوږد لوستلو (HiFi) چمتو کولو سره څرګند دی چې د بشپړ اوږدوالي امپلیکون پوښي ، د Illumina تسلسل دقیقیت سره سیالي کوي. دا وړتیا څیړونکو ته اجازه ورکوي چې بې مثاله ګټه ترلاسه کړي - د جینیاتي منظرې یوه پینورامیک لید. پراخ پوښښ د ډولونو په تشریح کې د پام وړ ریزولوشن لوړوي، په ځانګړې توګه په باکتریا یا فنګسي ټولنو کې، د مایکروبیل نفوس د پیچلتیا په اړه ژوره پوهه رامینځته کوي.
-
16S/18S/ITS Amplicon Sequencing-NGS
د ایلومینا ټیکنالوژۍ سره د امپلیکون ترتیب کول، په ځانګړې توګه د 16S، 18S، او ITS جینیکیک مارکر په نښه کول، د مایکروبیل ټولنو کې د فیلوجیني، ټیکونومي، او ډولونو کثرت افشا کولو لپاره یو پیاوړی میتود دی. پدې طریقه کې د کور ساتلو جینیتیک مارکرونو د هایپر بدلیدونکي سیمو ترتیب کول شامل دي. په اصل کې د مالیکولر ګوتو نښان په توګه معرفي شویWoeses et alپه 1977 کې، دې تخنیک د انزوا څخه پاک تحلیلونو فعالولو سره د مایکروبیوم پروفایل کولو کې انقلاب راوست. د 16S (باکتریا)، 18S (فنګسي)، او داخلي لیږد شوي سپیسر (ITS، فنګسي) د ترتیب له لارې، څیړونکي کولی شي نه یوازې ډیری ډولونه وپیژني بلکه نادر او ناپیژندل شوي. په پراخه کچه د یوې مهمې وسیلې په توګه منل شوي، د امپلیکون ترتیب په مختلفو چاپیریالونو کې د متفاوت مایکروبیل ترکیبونو پیژندلو کې وسیله ګرځیدلې، پشمول د انسان خوله، کولمو، کولمو او هاخوا.
-
باکتریا او فنګسي ټول جینوم بیا ترتیب کول
د باکتریایي او فنګسي ټول جینوم بیا ترتیب کولو پروژې د مایکروبیل جینومونو بشپړولو او پرتله کولو وړ کولو سره د مایکروبیل جینومیک پرمختګ لپاره مهمې دي. دا د تخمر انجینرۍ اسانه کوي ، د صنعتي پروسو اصلاح کول ، او د ثانوي میټابولیزم لارې سپړنه. سربیره پردې، د فنګسي او باکتریا بیا ترتیب کول د چاپیریال موافقت د پوهیدو لپاره خورا مهم دي، د فشارونو اصلاح کول، او د جینیاتي تکامل متحرکاتو څرګندول، په طب، کرنې، او چاپیریال ساینس کې د پراخو اغیزو سره.
-
PacBio - بشپړ اوږدوالی 16S/18S/ITS امپلیکون ترتیب کول
امپلیکون (16S/18S/ITS) پلیټ فارم د مایکروبیل تنوع پروژې تحلیل کې د کلونو تجربې سره رامینځته شوی ، کوم چې معیاري لومړني تحلیلونه او شخصي تحلیلونه لري: بنسټیز تحلیل د اوسني مایکروبیل څیړنې اصلي جریان تحلیل مینځپانګه پوښي ، د تحلیل مینځپانګه بډایه او پراخه ده ، او د تحلیل پایلې د پروژې راپورونو په بڼه وړاندې کیږي؛ د شخصي تحلیل محتويات متنوع دي. نمونې غوره کیدی شي او پیرامیټونه د لومړني تحلیلي راپور او څیړنې هدف سره سم په انعطاف سره تنظیم کیدی شي ، ترڅو د شخصي اړتیاو احساس وکړي. د وینډوز عملیاتي سیسټم، ساده او چټک.
-
PacBio - د بشپړ اوږدوالی ټرانسکریټوم (بې حواله)
د پاسیفیک بایوسینس (PacBio) Isoform تسلسل ډیټا د ان پټ په توګه اخیستل ، دا ایپ د دې وړتیا لري چې د بشپړ اوږدوالي لیږد ترتیبونه وپیژني (پرته له مجلس څخه). د حوالې جینوم په وړاندې د بشپړ اوږدوالي ترتیبونو نقشه کولو سره، لیږدونه د پیژندل شوي جینونو، ټرانسکریپټونو، کوډ کولو سیمو او نورو په واسطه اصلاح کیدی شي. پدې حالت کې، د mRNA جوړښتونو ډیر درست پیژندنه، لکه د بدیل جلا کول، او نور، ترلاسه کیدی شي. د NGS ټرانسکریپټوم ترتیب کولو ډیټا سره ګډ تحلیل د لیږد په کچه په بیان کې ډیر جامع تشریح او ډیر دقیق مقدار وړتیا وړ کوي ، کوم چې په لویه کچه د لاندې جریان توپیر څرګندولو او فعال تحلیلونو څخه ګټه پورته کوي.
-
کم شوی نمایندګی د بیسلفائٹ ترتیب کول (RRBS)
د کم شوي نمایندګۍ بیسلفایټ تسلسل (RRBS) د DNA میتیلیشن تحقیق کې د بشپړ جینوم بیسلفائٹ تسلسل (WGBS) لپاره د ارزانه او موثر بدیل په توګه راپورته شوی. پداسې حال کې چې WGBS په واحد بیس ریزولوشن کې د ټول جینوم معاینه کولو سره هراړخیز بصیرت چمتو کوي ، د دې لوړ لګښت یو محدود فاکتور کیدی شي. RRBS په ستراتیژیک ډول دا ننګونه د جینوم د نمایندګۍ برخې په انتخابي ډول تحلیل کولو سره کموي. دا میتودولوژي د MspI cleavage په واسطه د CpG جزیرې بډایه سیمو بډایه کولو باندې تکیه کوي او وروسته د 200-500/600 bps ټوټې اندازه انتخابوي. په پایله کې، یوازې د CpG ټاپوګانو ته نږدې سیمې ترتیب شوي، پداسې حال کې چې هغه لیرې CpG ټاپوګان له تحلیل څخه ایستل شوي دي. دا پروسه، د بایسلفائٹ ترتیب سره یوځای، د DNA میتیلیشن لوړ ریزولوشن کشف کولو ته اجازه ورکوي، او د ترتیب کولو طریقه، PE150، په ځانګړې توګه د مینځلو پرځای د داخلاتو پایونو باندې تمرکز کوي، د میتیلیشن پروفایل کولو موثریت زیاتوي. RRBS یو ارزښتناکه وسیله ده چې د لګښت اغیزمن DNA میتیلیشن څیړنه وړوي او د ایپیګینیټیک میکانیزمونو پوهه پرمخ وړي.
-
پروکاریوټیک RNA ترتیب کول
د RNA ترتیب کول د ځانګړو شرایطو لاندې په حجرو کې د ټولو RNA لیږدونو جامع پروفایل کولو ځواک ورکوي. دا عصري ټیکنالوژي د یوې پیاوړې وسیلې په توګه کار کوي، د پیچلي جین بیان پروفایلونه، د جین جوړښتونه، او د مختلفو بیولوژیکي پروسو سره تړلي مالیکول میکانیزمونه افشا کوي. په پراخه کچه په بنسټیزو څیړنو، کلینیکي تشخیص، او د مخدره توکو پراختیا کې منل شوي، د RNA ترتیب د سیلولر متحرکاتو او جینیاتي مقرراتو پیچلتیاو کې بصیرت وړاندې کوي. زموږ د پروکاریوټیک RNA نمونې پروسس د پروکاریوټیک ټرانسکریپټومونو لپاره مناسب دی ، چې پکې د rRNA تخریب او لارښود کتابتون چمتو کول شامل دي.
پلیټ فارم: Illumina NovaSeq
-
Metatranscriptome تسلسل
د Illumina ترتیب کولو ټیکنالوژۍ څخه ګټه پورته کول، د BMKGENE د میټاټرانسکریټوم ترتیب خدمت د مختلفو میکروبونو متحرک جین بیان څرګندوي، په طبیعي چاپیریال کې لکه خاوره، اوبه، سمندر، غال، او کولمو کې د یوکرایوټ څخه پروکریوټس او ویروسونو ته پراختیا ورکوي. زموږ هراړخیز خدمت څیړونکو ته ځواک ورکوي چې د پیچلي مایکروبیل ټولنو بشپړ جین بیان پروفایلونو ته ځان ورسوي. د ټیکونومیک تحلیلونو هاخوا ، زموږ د میټاټرانسکریټوم ترتیب کولو خدمت په فعاله بډایه کولو کې سپړنه اسانه کوي ، په مختلف ډول څرګند شوي جینونو او د دوی رولونو باندې رڼا اچوي. د بیولوژیکي بصیرت شتمني کشف کړئ کله چې تاسو د دې متنوع محیطي طاقونو کې د جین بیان ، ټیکونومیک تنوع ، او فعال متحرکاتو پیچلي منظرو ته حرکت کوئ.
-
د نوو فنګس جینوم مجلس
BMKGENE د فنګسي جینومونو لپاره هر اړخیز حلونه وړاندې کوي، د مختلفو څیړنو اړتیاو پوره کول او د مطلوب جینوم بشپړتیا. یوازې د لنډ لوستلو الیومینا ترتیب کارول د مسودې جینوم تولید ته اجازه ورکوي. د نانوپور یا Pacbio په کارولو سره د لنډ لوستلو او اوږد لوستلو ترتیب د اوږد کنټیګونو سره د نور ښه شوي فنګسي جینوم لپاره یوځای کیږي. برسېره پردې، د Hi-C ترتیب سره یوځای کول نور وړتیاوې لوړوي، د بشپړ کروموزوم کچې جینوم ترلاسه کولو توان ورکوي.
