-
Hi-C پر بنسټ د کروماتین تعامل
Hi-C یو میتود دی چې د جینومیک ترتیب کولو لپاره ډیزاین شوی ترڅو د نږدې پراساس تعاملاتو او د لوړې کچې ترتیب ترتیب سره یوځای کړي. دا طریقه د کروماتین د کراس لینک کولو پر بنسټ والړ ده چې د فارملډایډ سره یوځای کیږي، وروسته بیا هضم او بیا تړل په داسې طریقه چې یوازې هغه ټوټې چې په ګډه سره تړل شوي وي د ligation محصولات جوړوي. د دې ligation محصولاتو په ترتیب کولو سره ، دا ممکنه ده چې د جینوم 3D تنظیم مطالعه کړئ. Hi-C د جینوم د برخو ویش مطالعه کوي کوم چې په روښانه ډول بسته شوي (A compartments, euchromatin) او ډیر احتمال لري چې په لیږدونکي ډول فعال وي، او هغه سیمې چې ډیر کلک بسته شوي وي (B compartments, Heterochromatin). Hi-C د Topologically Associated Domains (TADs) په ګوته کولو لپاره هم کارول کیدی شي، د جینوم هغه سیمې چې پوښ شوي جوړښتونه لري او احتمال لري د ورته بیان نمونې ولري، او د کروماتین لوپونو پیژندلو لپاره، د DNA سیمې چې د پروټینونو لخوا یوځای شوي دي او دا ډیری وختونه په تنظیمي عناصرو کې بډایه کیږي. د BMKGene د های-C ترتیب کولو خدمت څیړونکو ته ځواک ورکوي چې د جینومیک ځایي ابعاد وپلټي ، د جینوم مقرراتو پوهیدو لپاره نوې لارې پرانیزي او په روغتیا او ناروغۍ کې یې اغیزې.
-
Chromatin Immunoprecipitation Sequencing (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) یو تخنیک دی چې د انټي باډیز څخه ګټه پورته کوي ترڅو د DNA پابند پروټینونه او د دوی اړوند جینومیک هدفونه په غوره توګه غني کړي. د NGS سره د دې ادغام د DNA اهدافو جینوم پراخه پروفایل کول د هسټون ترمیم ، لیږد فکتورونو ، او نورو DNA پابند پروټینونو سره تړاو لري. دا متحرک چلند د مختلفو حجرو ډولونو، نسجونو، یا شرایطو کې د پابند سایټونو پرتله کولو توان ورکوي. د ChIP-Seq غوښتنلیکونه د لیږدونې مقرراتو او پرمختیایي لارو مطالعې څخه د ناروغۍ میکانیزمونو روښانه کولو پورې اړه لري ، دا د جینومیک تنظیم کولو منظرو د پوهیدو او د معالجوي بصیرتونو پرمختګ لپاره لازمي وسیله ګرځوي.
پلیټ فارم: Illumina NovaSeq
-
د بشپړ جینوم بیسلفائٹ ترتیب (WGBS)
د بشپړ جینوم بیسلفائٹ تسلسل (WGBS) د DNA میتیلیشن ژورې سپړنې لپاره د سرو زرو معیاري میتودولوژي په توګه ولاړ دی ، په ځانګړي توګه په سایټوسین (5-mC) کې پنځم ځای ، د جین څرګندولو او سیلولر فعالیت یو مهم تنظیم کونکی. د WGBS اصلي اصل د بیسلفائٹ درملنه شامله ده، د غیر میتیلیټ سایټوسینونو uracil (C ته U) ته د بدلون هڅوي، پداسې حال کې چې میتیل شوي سایټوزینونه بدلیږي. دا تخنیک د واحد اساس حل وړاندیز کوي، څیړونکو ته اجازه ورکوي چې په هر اړخیزه توګه د میتیلوم تحقیق وکړي او د مختلفو شرایطو سره تړلي غیر معمولي میتیلیشن نمونې ښکاره کړي، په ځانګړې توګه سرطان. د WGBS په ګمارلو سره، ساینس پوهان کولی شي د جینوم پراخه میتیلیشن منظرو په اړه بې ساري بصیرت ترلاسه کړي، د ایپیګینیټیک میکانیزمونو په اړه دقیق پوهاوی چمتو کوي چې مختلف بیولوژیکي پروسو او ناروغیو لاندې راولي.
-
د ټرانسپوز - د لاسرسي وړ کروماتین لپاره ارزونه د لوړې کچې ترتیب سره (ATAC-seq)
ATAC-seq د لوړې کچې ترتیب کولو تخنیک دی چې د جینوم پراخه کروماتین لاسرسي تحلیل لپاره کارول کیږي. دا کارول د جین بیان په اړه د نړیوال ایپیګینیټیک کنټرول پیچلي میکانیزمونو ژوره پوهه وړاندې کوي. دا طریقه د هایپر فعال Tn5 ټرانسپوزس کاروي ترڅو په ورته وخت کې د سیکوینسي اډاپټرونو په داخلولو سره خلاص کروماتین سیمې ټوټې او ټګ کړي. ورپسې د PCR پراخوالی د ترتیب کولو کتابتون رامینځته کولو پایله لري ، کوم چې د ځانګړي ځای وخت شرایطو لاندې د خلاص کروماتین سیمو جامع پیژندنې ته اجازه ورکوي. ATAC-seq د لاسرسي وړ کروماتین منظرو ته هولیسټیک لید وړاندې کوي ، د میتودونو برخلاف چې یوازې د ټرانسکرپشن فکتور پابند سایټونو یا ځانګړي هیسټون بدل شوي سیمو باندې تمرکز کوي. د دې خلاص کروماتین سیمو په ترتیب کولو سره، ATAC-seq هغه سیمې په ګوته کوي چې د فعال تنظیمي ترتیبونو او احتمالي لیږد فاکتور پابند سایټونو احتمال لري ، د جینوم په اوږدو کې د جین بیان متحرک ماډل کولو کې ارزښتناکه لید وړاندې کوي.
-
کم شوی نمایندګی د بیسلفائٹ ترتیب کول (RRBS)
د کم شوي نمایندګۍ بیسلفایټ تسلسل (RRBS) د DNA میتیلیشن تحقیق کې د بشپړ جینوم بیسلفائٹ تسلسل (WGBS) لپاره د ارزانه او موثر بدیل په توګه راپورته شوی. پداسې حال کې چې WGBS په واحد بیس ریزولوشن کې د ټول جینوم معاینه کولو سره هراړخیز بصیرت چمتو کوي ، د دې لوړ لګښت یو محدود فاکتور کیدی شي. RRBS په ستراتیژیک ډول دا ننګونه د جینوم د نمایندګۍ برخې په انتخابي ډول تحلیل کولو سره کموي. دا میتودولوژي د MspI cleavage په واسطه د CpG جزیرې بډایه سیمو بډایه کولو باندې تکیه کوي او وروسته د 200-500/600 bps ټوټې اندازه انتخابوي. په پایله کې، یوازې د CpG ټاپوګانو ته نږدې سیمې ترتیب شوي، پداسې حال کې چې هغه لیرې CpG ټاپوګان له تحلیل څخه ایستل شوي دي. دا پروسه، د بایسلفائٹ ترتیب سره یوځای، د DNA میتیلیشن لوړ ریزولوشن کشف کولو ته اجازه ورکوي، او د ترتیب کولو طریقه، PE150، په ځانګړې توګه د مینځلو پرځای د داخلاتو پایونو باندې تمرکز کوي، د میتیلیشن پروفایل کولو موثریت زیاتوي. RRBS یو ارزښتناکه وسیله ده چې د لګښت اغیزمن DNA میتیلیشن څیړنه وړوي او د ایپیګینیټیک میکانیزمونو پوهه پرمخ وړي.
