PacBio 2+3 بشپړ اوږدوالی mRNA حل
ځانګړتیاوې
● د مطالعې ډیزاین:
د نقل شوي isoforms پیژندلو لپاره د PacBio سره ترتیب شوي نمونې ترتیب شوي
جلا نمونې (تکلیفونه او شرایط باید ازمول شي) سره ترتیب شويNGS د ټرانسکریپټ بیان مقدار کولو لپاره
● په CCS حالت کې د PacBio ترتیب کول، د HiFi لوستلو تولید کول
● د بشپړ اوږدوالي لیږدونو ترتیب
● تحلیل د جینوم حواله ته اړتیا نلري؛ په هرصورت، دا کیدای شي کار واخیستل شي
● د بایو انفارماتیک تحلیل کې نه یوازې د جین او اسوفارم په کچه څرګندونې شاملې دي بلکې د lncRNA تحلیل، د جین فیوژن، پولی اډینیلیشن، او د جین جوړښت هم شامل دي.
ګټې
● لوړ دقت: HiFi دقت سره لوستل کیږي> 99.9٪ (Q30)، د NGS سره پرتله کولو وړ
● د جلا جلا کولو بدیل تحلیل: د ټولو نقلونو ترتیب د isoform پیژندنه او ځانګړتیا وړ کوي.
● د PacBio او NGS قوتونو ترکیب: د isoform په کچه د بیان اندازه کول فعالول، د بدلون ښکاره کول چې ممکن د ټول جین بیان تحلیل کولو په وخت کې پټ شي
● پراخه تخصص: د 1100 څخه د PacBio بشپړ اوږدوالي ټرانسکریټوم پروژې بشپړولو او له 2300 څخه زیاتو نمونو پروسس کولو تعقیب ریکارډ سره ، زموږ ټیم هرې پروژې ته د تجربې بډایه راوړي.
● د پلور وروسته ملاتړ: زموږ ژمنتیا د پروژې بشپړیدو هاخوا د 3 میاشتو پلور وروسته خدمت مودې سره غزوي. د دې وخت په جریان کې، موږ د پروژې تعقیب، د ستونزو حل کولو مرستې، او د پوښتنې او ځواب ناستې وړاندیز کوو ترڅو د پایلو پورې اړوند کومې پوښتنې حل کړي.
د نمونې اړتیاوې او تحویلي
| کتابتون | د ترتیب کولو ستراتیژي | د معلوماتو سپارښتنه | د کیفیت کنټرول |
| PolyA بډایه mRNA CCS کتابتون | د PacBio سیکویل II PacBio Revio | 20/40 جي بي 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| پولی A غني شوی | Illumina PE150 | 6-10 جي بي | Q30≥85% |
نیوکلیوټایډونه
|
| Conc.(ng/μl) | مقدار (μg) | پاکوالی | بشپړتیا |
| د Illumina کتابتون | ≥ ۱۰ | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا هیڅ پروټین یا DNA ککړتیا په جیل کې ښودل شوي. | د نباتاتو لپاره: RIN≥4.0؛ د څارویو لپاره: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; محدود یا هیڅ اساسی لوړوالی |
| د PacBio کتابتون | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 محدود یا هیڅ پروټین یا DNA ککړتیا په جیل کې ښودل شوي. | نباتات: RIN≥7.5 حیوانات: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; محدود یا هیڅ اساسی لوړوالی |
وړاندیز شوي نمونې تحویلي
کانټینر: 2 ملی لیتر سینټرفیوج ټیوب (د ټین ورق سپارښتنه نه کیږي)
د نمونې لیبل کول: ګروپ + نقل کول لکه A1, A2, A3; B1، B2، B3.
بار وړل:
1. وچه یخ:نمونې باید په کڅوړو کې بسته شي او په وچ یخ کې ښخ شي.
2. د RNAstable ټیوبونه: د RNA نمونې د RNA ثبات ټیوب کې وچې کیدی شي (د بیلګې په توګه RNAstable®) او د خونې په حرارت درجه کې لیږدول کیدی شي.
لاندې تحلیلونه شامل دي:
د خام معلوماتو کیفیت کنټرول
د بدیل پولیډینیلیشن تحلیل (APA)
د فیوژن لیږد تحلیل
د بدیل جلا کولو تحلیل
د بینچ مارکینګ یونیورسل واحد کاپي آرتولوګز (BUSCO) تحلیل
د ناول لیږد تحلیل: د کوډ کولو ترتیب وړاندوینه (CDS) او فعال تشریح
د lncRNA تحلیل: د lncRNA او اهدافو وړاندوینه
د مایکرو سټیلایټ پیژندنه (SSR)
په متفاوت ډول څرګند شوي نقلونه (DETs) تحلیل
په متفاوت ډول څرګند شوي جینونه (DEGs) تحلیل
د DEGs او DETs فعالیتي تشریح
د BUSCO تحلیل
د بدیل جلا کولو تحلیل
د بدیل پولیډینیلیشن تحلیل (APA)
په توپیر سره څرګند شوي جینونه (DEGs) او لیږدونه (DETs9 تحلیل
د DETs او DEGs د پروټین - پروټین متقابل عمل شبکه
هغه پرمختګونه وپلټئ چې د BMKGene PacBio 2+3 بشپړ اوږدوالی mRNA ترتیب لخوا چمتو شوي د خپرونو د ترتیب شوي ټولګې له لارې اسانه شوي.
چاو، Q. et al. (2019) 'د پاپولس سټیم ټرانسکریټوم پرمختیایی تحرک'، د نبات بایو ټیکنالوژۍ ژورنال، 17(1)، مخونه 206-219. doi: 10.1111/PBI.12958.
ډینګ، ایچ او نور. (2022) 'د ایکټینیډیا لاتیفولیا (د اسکاربیټ بډایه میوو فصل) د میوو د ودې او پخیدو پرمهال د اسکاربیک اسید مینځپانګې کې متحرک بدلونونه او د مالیکولر ساینس نړیوال ژورنال ، 23 (10) ، مخ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua، X. et al. (2022) 'په پاریس پولیفیلا کې د بایو اکټیو پولیفیلین کې د بایو سینتیټیک لارې جینونو مؤثره وړاندوینه'، د مخابراتو بیولوژي 2022 5:1، 5(1)، مخونه 1-10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
لیو، ایم او نور. (2023) 'د PacBio Iso-Seq او Illumina RNA-Seq ګډ تحلیل د توتا مطلق (میریک) ټرانسکریټوم او سایټوکروم P450 جینز'، حشرات، 14 (4)، مخ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
وانګ، Lijun et al. (2019) 'د PacBio واحد مالیکول ریښتیني وخت تحلیل په کارولو سره د ټرانسکریټوم پیچلتیا یوه سروې چې په Ricinus communis کې د ricinoleic acid biosynthesis د ښه پوهیدو لپاره د Illumina RNA ترتیب سره یوځای کیږي'، BMC جینومکس، 20(1)، pp. 1-17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
