د نوو فنګس جینوم مجلس
BMKGENE د فنګسي جینومونو لپاره هر اړخیز حلونه وړاندې کوي، د مختلفو څیړنو اړتیاو پوره کول او د مطلوب جینوم بشپړتیا. یوازې د لنډ لوستلو الیومینا ترتیب کارول د مسودې جینوم تولید ته اجازه ورکوي. د نانوپور یا Pacbio په کارولو سره د لنډ لوستلو او اوږد لوستلو ترتیب د اوږد کنټیګونو سره د نور ښه شوي فنګسي جینوم لپاره یوځای کیږي. برسېره پردې، د Hi-C ترتیب سره یوځای کول نور وړتیاوې لوړوي، د بشپړ کروموزوم کچې جینوم ترلاسه کولو توان ورکوي.
د خدماتو ځانګړتیاوې
د جینوم بشپړتیا مطلوب درجې پورې اړوند د غوره کولو لپاره د دریو ممکنه اختیارونو سره:
● د مسودې جینوم اختیار: د Illumina NovaSeq PE150 سره د لنډ لوستلو ترتیب.
● د فنګسي ښه جینوم اختیار:
د جینوم سروې: Illumina NovaSeq PE150.
د جینوم مجلس: PacBio Revio (HiFi لوستل) یا نانوپور پرومیتیون 48.
● د کروموزوم په کچه فنګسي جینوم:
د جینوم سروې: Illumina NovaSeq PE150.
د جینوم مجلس: PacBio Revio (HiFi لوستل) یا نانوپور پرومیتیون 48.
د Hi-C مجلس سره لنگر کول.
د خدماتو ګټې
●د ډیری ترتیب کولو ستراتیژی شتون لري: د مختلفو څیړنو اهدافو او د جینوم بشپړتیا اړتیاو لپاره
●د بایو انفارماتیک کاري جریان بشپړ کړئ:پدې کې د جینوم اسمبلۍ او د ډیری جینومیک عناصرو وړاندوینه، د جین فعاله تشریح، او کنټیګ اینکرینګ شامل دي.
●پراخه تجربه: د 12,000 څخه ډیر مایکروبیل جینومونو سره راټول شوي، موږ د یوې لسیزې تجربه، د خورا ماهر تحلیل ټیم، هراړخیز منځپانګې، او د پلور وروسته غوره ملاتړ راوړو.
●د پلور وروسته ملاتړ:زموږ ژمنتیا د پروژې بشپړیدو هاخوا د 3 میاشتو پلور وروسته خدمت مودې سره غزوي. د دې وخت په جریان کې، موږ د پروژې تعقیب، د ستونزو حل کولو مرستې، او د پوښتنې او ځواب ناستې وړاندیز کوو ترڅو د پایلو پورې اړوند کومې پوښتنې حل کړي.
د خدماتو مشخصات
| خدمت | د ترتیب کولو ستراتیژي | د کیفیت کنټرول |
| د جینوم مسوده | Illumina PE150 100x | Q30≥85% |
| ښه جینوم | د جینوم سروې: Illumina PE150 50 x مجلس: PacBio HiFi 30x یا نانوپور 100x | contig N50 ≥1Mb (Pacbio Unicellular) contig N50 ≥2Mb (ONT Unicellular) contig N50 ≥500kb (نور) |
| د کروموزوم په کچه جینوم | د جینوم سروې: Illumina PE150 50 x مجلس: PacBio HiFi 30x یا نانوپور 100x Hi-C مجلس 100x | د انکر کولو تناسب> 90٪
|
د خدماتو اړتیاوې
| غلظت (ng/µL) | ټول مقدار (µg) | حجم (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| نانوپور | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
یون سیلولر فنګس: ≥3.5x1010 حجرې
میکرو فنګس: ≥10 g
د خدمت کاري جریان
د نمونې سپارل
د کتابتون جوړول
ترتیب کول
د معلوماتو تحلیل
د پلور وروسته خدمتونه
لاندې تحلیلونه شامل دي:
د جینوم سروې:
- د معلوماتو د کیفیت کنټرول ترتیب کول
- د جینوم اټکل: اندازه، heterozygosity، تکرار عناصر
ښه جینوم مجلس:
- د معلوماتو کیفیت کنټرول ترتیب کول
- د نوومجلس
- د جینوم اجزا تحلیل: د CDS او څو جینومیک عناصرو وړاندوینه
- د ډیری عمومي ډیټابیسونو (GO، KEGG، او داسې نور) او پرمختللي ډیټابیسونو (CARD، VFDB، او داسې نور) سره فعال تشریح
عالي مجلس:
- د های سی کتابتون ارزونه.
- Contigs لنگر کلستر کول، ترتیب کول او اورینټ کول
- د HI-C مجلس ارزونه: د حوالې جینوم او تودوخې نقشې پراساس
د جینوم سروې: د k-mer ویش
د جینوم مجلس: د جین هومولوژس تشریح (NR ډیټابیس)
د جینوم مجلس: فعال جین تشریح (GO)
هغه پرمختګونه وپلټئ چې د BMKGene د فنګسي جینوم مجلس خدماتو لخوا د خپرونو د ترتیب شوي ټولګې له لارې اسانه شوي.
هاو، جي او نور. (2023) 'د ډوب شوي شرایطو لاندې د درملو مشروم Inonotus obliquus مربوط اومیک پروفایل کول'،BMC جینومکس24(1)، مخونه 1-12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
لو، L. et al. (2023) 'جینوم ترتیب کول د غنمو د تیزو سترګو د رنځپوهنې Rhizoctonia cerealis ارتقاء او رنځجنیک میکانیزمونه څرګندوي'،د فصل ژورنال، 11(2)، مخونه 405-416. doi: 10.1016/J.CJ.2022.07.024.
Zhang، H. et al. (2023) 'د څلورو کلیریریډیا ډولونو لپاره جینوم سرچینې چې په متنوع ګردونو کې د ډالرو ځای رامینځته کوي',د نباتاتو ناروغۍ, 107(3)، مخونه 929-934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
Zhang، SS et al. (2023) 'د خوراکي مشروم ګریفولا فرونډوسا کې د تیټراپولر میټینګ سیسټم جنیټیک او مالیکولر شواهد'،د فنګسي ژورنال، 9 (10)، مخ. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
