-
BMKMANU S3000_Transkryptom przestrzenny
Transkryptomika przestrzenna przoduje w innowacjach naukowych, umożliwiając badaczom zgłębianie skomplikowanych wzorców ekspresji genów w tkankach przy jednoczesnym zachowaniu ich kontekstu przestrzennego. Pośród różnych platform firma BMKGene opracowała układ transkryptomu przestrzennego BMKManu S3000, charakteryzujący się zwiększoną rozdzielczością 3,5 µm, sięgającą zakresu subkomórkowego i umożliwiającą wielopoziomowe ustawienia rozdzielczości. Układ S3000, zawierający około 4 miliony plamek, wykorzystuje mikrostudzienki pokryte kulkami załadowanymi przestrzennie oznaczonymi kodami kreskowymi sondami wychwytującymi. Z chipa S3000 przygotowywana jest biblioteka cDNA, wzbogacona przestrzennymi kodami kreskowymi, a następnie sekwencjonowana na platformie Illumina NovaSeq. Połączenie próbek oznaczonych przestrzennie kodami kreskowymi i UMI zapewnia dokładność i specyficzność generowanych danych. Układ BMKManu S3000 jest niezwykle wszechstronny i oferuje wielopoziomowe ustawienia rozdzielczości, które można precyzyjnie dostroić do różnych tkanek i pożądanych poziomów szczegółowości. Ta zdolność adaptacji sprawia, że chip jest znakomitym wyborem do różnorodnych badań transkryptomiki przestrzennej, zapewniając precyzyjne grupowanie przestrzenne przy minimalnym poziomie hałasu. Zastosowanie technologii segmentacji komórek w BMKManu S3000 umożliwia wytyczenie danych transkrypcyjnych do granic komórek, czego efektem jest analiza, która ma bezpośrednie znaczenie biologiczne. Co więcej, poprawiona rozdzielczość S3000 skutkuje większą liczbą genów i UMI wykrytych na komórkę, umożliwiając znacznie dokładniejszą analizę przestrzennych wzorców transkrypcji i grupowania komórek.
-
Sekwencjonowanie pojedynczego jądra RNA
Rozwój technik wychwytywania pojedynczych komórek i tworzenia niestandardowych bibliotek w połączeniu z wysokowydajnym sekwencjonowaniem zrewolucjonizował badania ekspresji genów na poziomie komórkowym. Ten przełom pozwala na głębszą i bardziej wszechstronną analizę złożonych populacji komórek, przezwyciężając ograniczenia związane z uśrednianiem ekspresji genów we wszystkich komórkach i zachowując prawdziwą heterogeniczność w tych populacjach. Chociaż sekwencjonowanie RNA pojedynczych komórek (scRNA-seq) ma niezaprzeczalne zalety, napotyka wyzwania w niektórych tkankach, w których utworzenie zawiesiny pojedynczych komórek okazuje się trudne i wymaga świeżych próbek. W BMKGene rozwiązujemy tę przeszkodę, oferując sekwencjonowanie jednojądrowego RNA (snRNA-seq) przy użyciu najnowocześniejszej technologii 10X Genomics Chromium. Podejście to poszerza spektrum próbek nadających się do analizy transkryptomu na poziomie pojedynczej komórki.
Izolacja jąder odbywa się za pomocą innowacyjnego chipa 10X Genomics Chromium, wyposażonego w ośmiokanałowy system mikroprzepływowy z podwójnym przejściem. W tym systemie kulki żelowe zawierające kody kreskowe, startery, enzymy i pojedyncze jądro są kapsułkowane w kroplach oleju o wielkości nanolitrów, tworząc żelową kulkę w emulsji (GEM). Po utworzeniu GEM w każdym GEM następuje liza komórek i uwolnienie kodu kreskowego. Następnie cząsteczki mRNA przechodzą odwrotną transkrypcję do cDNA, włączając kody kreskowe 10X i unikalne identyfikatory molekularne (UMI). Te cDNA są następnie poddawane standardowej konstrukcji biblioteki sekwencjonowania, co ułatwia solidną i wszechstronną eksplorację profili ekspresji genów na poziomie pojedynczej komórki.
Platforma: 10× platforma Genomics Chromium i Illumina NovaSeq
-
10x Transkryptom przestrzenny Genomics Visium
Transkryptomika przestrzenna to najnowocześniejsza technologia, która umożliwia badaczom badanie wzorców ekspresji genów w tkankach, przy jednoczesnym zachowaniu ich kontekstu przestrzennego. Jedną z potężnych platform w tej domenie jest 10x Genomics Visium w połączeniu z sekwencjonowaniem Illumina. Zasada 10X Visium opiera się na specjalistycznym chipie z wyznaczonym obszarem przechwytywania, w którym umieszczane są skrawki tkanek. Ten obszar przechwytywania zawiera punkty z kodem kreskowym, z których każdy odpowiada unikalnemu położeniu przestrzennemu w tkance. Wychwycone cząsteczki RNA z tkanki są następnie znakowane unikalnymi identyfikatorami molekularnymi (UMI) podczas procesu odwrotnej transkrypcji. Te oznaczone kodami kreskowymi plamki i UMI umożliwiają precyzyjne mapowanie przestrzenne i ocenę ilościową ekspresji genów z rozdzielczością pojedynczej komórki. Połączenie próbek oznaczonych przestrzennie kodami kreskowymi i UMI zapewnia dokładność i specyficzność generowanych danych. Korzystając z tej technologii transkryptomiki przestrzennej, badacze mogą uzyskać głębsze zrozumienie przestrzennej organizacji komórek i złożonych interakcji molekularnych zachodzących w tkankach, oferując bezcenny wgląd w mechanizmy leżące u podstaw procesów biologicznych w wielu dziedzinach, w tym w onkologii, neurologii, biologii rozwoju i immunologii i studia botaniczne.
Platforma: 10X Genomics Visium i Illumina NovaSeq
