-
Zestawy narzędzi
BMKCloud to wiodąca platforma bioinformatyczna zapewniająca kompleksowe rozwiązanie dla programów genomicznych, ciesząca się szerokim zaufaniem badaczy z różnych dziedzin, w tym medycznych, rolniczych, środowiskowych itp. BMKCloud angażuje się w dostarczanie zintegrowanych, niezawodnych i wydajnych usług, w tym platform i narzędzi analizy bioinformatycznej , zasoby obliczeniowe, publiczna baza danych, bioinformatyczne kursy online itp. BMKCloud posiada różne często używane narzędzia bioinformatyczne, w tym adnotacje genów, ewolucyjne narzędzia genetyczne, ncRNA, kontrolę jakości danych, składanie, dopasowywanie, ekstrakcję danych, mutacje, statystyki, generator figur, analiza sekwencji itp.
-
Zgromadzenie genomu bakteryjnego de novo
Świadczymy pełną usługę składania genomu bakterii, gwarantując 0 przerw. Jest to możliwe dzięki integracji technologii sekwencjonowania o długim odczycie, takich jak Nanopore i PacBio do składania oraz sekwencjonowania krótkiego odczytu z Illumina do sprawdzania poprawności montażu i korekcji błędów odczytów ONT. Nasza usługa zapewnia pełny przepływ pracy bioinformatycznej, począwszy od montażu, adnotacji funkcjonalnej i zaawansowanej analizy bioinformatycznej, spełniając określone cele badawcze. Usługa ta umożliwia opracowanie precyzyjnych genomów referencyjnych do różnych badań genetycznych i genomicznych. Ponadto stanowi podstawę do zastosowań takich jak optymalizacja szczepów, inżynieria genetyczna i rozwój technologii mikrobiologicznych, zapewniając wiarygodne i pozbawione luk dane genomiczne, kluczowe dla pogłębiania wiedzy naukowej i innowacji biotechnologicznych.
-
mały RNA
Małe RNA to rodzaj krótkich, niekodujących RNA o średniej długości 18-30 nt, obejmujących miRNA, siRNA i piRNA. Masowo donoszono, że te małe RNA biorą udział w różnych procesach biologicznych, takich jak degradacja mRNA, hamowanie translacji, tworzenie heterochromatyny itp. Analiza sekwencjonowania małych RNA znalazła szerokie zastosowanie w badaniach rozwoju zwierząt/roślin, chorób, wirusów itp. Małe RNA Platforma analizy sekwencjonowania składa się ze standardowej analizy i zaawansowanej eksploracji danych. Na podstawie danych dotyczących sekwencji RNA standardowa analiza może umożliwić identyfikację i przewidywanie miRNA, przewidywanie docelowego genu miRNA, adnotację i analizę ekspresji. Zaawansowana analiza umożliwia niestandardowe wyszukiwanie i ekstrakcję miRNA, generowanie diagramów Venna, miRNA i budowanie sieci genów docelowych.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS to platforma do analizy ponownego sekwencjonowania całego genomu, która została opracowana w oparciu o bogate doświadczenie w Biomarker Technologies. Ta łatwa w użyciu platforma umożliwia szybkie przesłanie zintegrowanego przepływu pracy analitycznej poprzez proste ustawienie kilku podstawowych parametrów, które pasują do danych sekwencjonowania DNA generowanych zarówno z platformy Illumina, jak i platformy sekwencjonowania BGI. Platforma ta jest wdrożona na serwerze obliczeniowym o wysokiej wydajności, który umożliwia wysoce wydajną analizę danych w bardzo ograniczonym czasie. Spersonalizowana eksploracja danych jest dostępna na podstawie standardowych analiz, w tym zapytania o zmutowane geny, projektowania starterów PCR itp.
-
mRNA (odniesienie)
Transkryptom jest łącznikiem między genomową informacją genetyczną a proteomem funkcji biologicznej. Regulacja poziomu transkrypcji jest najważniejszym i najszerzej badanym sposobem regulacji organizmów. Sekwencjonowanie transkryptomu umożliwia sekwencjonowanie transkryptomu w dowolnym momencie i w dowolnych warunkach, z rozdzielczością z dokładnością do pojedynczego nukleotydu. Może dynamicznie odzwierciedlać poziom transkrypcji genu, jednocześnie identyfikować i określać ilościowo rzadkie i normalne transkrypty oraz dostarczać informacji strukturalnych próbki konkretnych transkryptów.
Obecnie technologia sekwencjonowania transkryptomu jest szeroko stosowana w agronomii, medycynie i innych dziedzinach badań, w tym w regulacji rozwoju zwierząt i roślin, adaptacji środowiskowej, interakcjach immunologicznych, lokalizacji genów, ewolucji genetycznej gatunków oraz wykrywaniu nowotworów i chorób genetycznych.
-
Metagenomika (NGS)
Ta platforma analityczna została zaprojektowana do analizy danych metagenomicznych typu shotgun w oparciu o wieloletnie doświadczenie. Składa się ze zintegrowanego przepływu pracy zawierającego różne powszechnie potrzebne analizy metagenomiczne, w tym przetwarzanie danych, badania na poziomie gatunku, badania na poziomie funkcji genów, kategoryzacja metagenomów itp. Ponadto w ramach standardowego przepływu pracy dostępne są dostosowane narzędzia do eksploracji danych, w tym zapytania dotyczące genów i gatunków , ustawianie parametrów, generowanie spersonalizowanych figur itp.
-
LncRNA
Długie niekodujące RNA (lncRNA) to rodzaj transkryptów o długości większej niż 200 nt, które nie są w stanie kodować białek. Zgromadzone dowody sugerują, że większość lncRNA z dużym prawdopodobieństwem jest funkcjonalna. Wysokoprzepustowe technologie sekwencjonowania i narzędzia analizy bioinformatycznej umożliwiają nam skuteczniejsze ujawnianie sekwencji lncRNA i informacji o pozycjonowaniu, a także prowadzą nas do odkrywania lncRNA o kluczowych funkcjach regulacyjnych. BMKCloud z dumą udostępnia naszym klientom platformę do analizy sekwencjonowania lncRNA, umożliwiającą szybką, niezawodną i elastyczną analizę lncRNA.
-
GWAS
Badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS) ma na celu identyfikację wariantów genetycznych (genotypu), które są powiązane z określonymi cechami (fenotypem). W badaniach GWA bada się markery genetyczne występujące w całym genomie dużej liczby osobników i przewiduje powiązania genotyp-fenotyp na podstawie analizy statystycznej na poziomie populacji. Ponowne sekwencjonowanie całego genomu może potencjalnie odkryć wszystkie warianty genetyczne. W połączeniu z danymi fenotypowymi GWAS można przetwarzać w celu identyfikacji SNP, QTL i genów kandydujących związanych z fenotypem, co zdecydowanie wspiera współczesną hodowlę zwierząt/roślin. SLAF to samodzielnie opracowana uproszczona strategia sekwencjonowania genomu, która odkrywa markery rozproszone w całym genomie, SNP. Te SNP, jako molekularne markery genetyczne, można przetwarzać do badań asocjacyjnych z docelowymi cechami. Jest to opłacalna strategia identyfikacji złożonych cech związanych ze zmianami genetycznymi.
-
Nanopore Transkryptomika pełnej długości
Złożone i zmienne alternatywne izoformy w organizmach są ważnymi mechanizmami genetycznymi regulującymi ekspresję genów i różnorodność białek. Dokładna identyfikacja struktur transkryptów jest podstawą dogłębnych badań wzorców regulacji ekspresji genów. Platforma sekwencjonowania Nanopore z powodzeniem przeniosła badania transkryptomiczne na poziom izoform. Ta platforma analityczna jest przeznaczona do analizy danych RNA-Seq generowanych na platformie Nanopore na podstawie genomu referencyjnego, co pozwala na przeprowadzanie analiz jakościowych i ilościowych zarówno na poziomie genów, jak i na poziomie transkryptów.
-
circ-RNA
Okrągły RNA (circRNA) to rodzaj niekodującego RNA, który ostatnio odkryto, że odgrywa istotną rolę w sieciach regulacyjnych zaangażowanych w rozwój, odporność na środowisko itp. Różni się od liniowych cząsteczek RNA, np. mRNA, lncRNA, 3′ i 5′ końce circRNA łączą się ze sobą, tworząc kolistą strukturę, która chroni je przed trawieniem egzonukleazą i jest bardziej stabilna niż większość liniowego RNA. Stwierdzono, że CircRNA pełni różnorodne funkcje w regulacji ekspresji genów. CircRNA może działać jako ceRNA, który wiąże miRNA w sposób konkurencyjny, znany jako gąbka miRNA. Platforma analizy sekwencjonowania CircRNA umożliwia analizę struktury i ekspresji circRNA, przewidywanie celu i wspólną analizę z innymi typami cząsteczek RNA
-
BSA
Platforma Bulked Segregant Analysis składa się z jednoetapowej analizy standardowej i zaawansowanej analizy z dostosowanymi ustawieniami parametrów. BSA to technika stosowana do szybkiej identyfikacji markerów genetycznych związanych z fenotypem. Główny przebieg BSA obejmuje: 1. wybranie dwóch grup osobników o skrajnie przeciwstawnych fenotypach; 2. łączenie DNA, RNA lub SLAF-seq (opracowanego przez Biomarker) wszystkich osobników w celu utworzenia dwóch grup DNA; 3. identyfikacja sekwencji różnicowych względem genomu referencyjnego lub pomiędzy nimi, 4. przewidywanie potencjalnych regionów połączonych za pomocą algorytmu indeksu ED i SNP; 5. Analiza funkcjonalna i wzbogacanie genów w regionach kandydujących itp. Dostępna jest również bardziej zaawansowana eksploracja danych, w tym badanie przesiewowe markerów genetycznych i projektowanie starterów.
-
Amplikon (16S/18S/ITS)
Platforma Amplicon (16S/18S/ITS) została opracowana na podstawie wieloletniego doświadczenia w analizie projektów różnorodności mikrobiologicznej, która zawiera standaryzowaną analizę podstawową i analizę spersonalizowaną: analiza podstawowa obejmuje główny nurt analizy bieżących badań mikrobiologicznych, treść analizy jest bogata i wszechstronna, a wyniki analiz prezentowane są w formie raportów z projektów; Treść spersonalizowanej analizy jest zróżnicowana. Można elastycznie wybierać próbki i ustawiać parametry zgodnie z podstawowym raportem z analizy i celem badawczym, aby spełnić spersonalizowane wymagania. System operacyjny Windows, prosty i szybki.
-
Genetyka ewolucyjna
Genetyka ewolucyjna to kompleksowa usługa sekwencjonowania, której celem jest zapewnienie wnikliwej interpretacji ewolucji w obrębie dużej grupy osobników w oparciu o zmienności genetyczne, w tym SNP, InDels, SV i CNV. Usługa ta obejmuje wszystkie niezbędne analizy potrzebne do wyjaśnienia zmian ewolucyjnych i cech genetycznych populacji, w tym ocenę struktury populacji, różnorodności genetycznej i powiązań filogenetycznych. Ponadto zagłębia się w badania przepływu genów, umożliwiając oszacowanie efektywnej wielkości populacji i czasu dywergencji. Badania z zakresu genetyki ewolucyjnej dostarczają cennych informacji na temat pochodzenia i adaptacji gatunków.
W BMKGENE oferujemy dwie możliwości prowadzenia badań z zakresu genetyki ewolucyjnej na dużych populacjach: zastosowanie sekwencjonowania całego genomu (WGS) lub wybranie metody sekwencjonowania genomu o ograniczonej reprezentacji, czyli opracowanego wewnętrznie fragmentu amplifikowanego specyficznego locus (SLAF). Podczas gdy WGS sprawdza się w przypadku mniejszych genomów, SLAF jawi się jako opłacalna alternatywa do badania większych populacji z dłuższymi genomami, skutecznie minimalizując koszty sekwencjonowania.
