-
BMKMANU S3000_Transkryptom przestrzenny
Transkryptomika przestrzenna przoduje w innowacjach naukowych, umożliwiając badaczom zgłębianie skomplikowanych wzorców ekspresji genów w tkankach przy jednoczesnym zachowaniu ich kontekstu przestrzennego. Pośród różnych platform firma BMKGene opracowała układ transkryptomu przestrzennego BMKManu S3000, charakteryzujący się zwiększoną rozdzielczością 3,5 µm, sięgającą zakresu subkomórkowego i umożliwiającą wielopoziomowe ustawienia rozdzielczości. Układ S3000, zawierający około 4 miliony plamek, wykorzystuje mikrostudzienki pokryte kulkami załadowanymi przestrzennie oznaczonymi kodami kreskowymi sondami wychwytującymi. Z chipa S3000 przygotowywana jest biblioteka cDNA, wzbogacona przestrzennymi kodami kreskowymi, a następnie sekwencjonowana na platformie Illumina NovaSeq. Połączenie próbek oznaczonych przestrzennie kodami kreskowymi i UMI zapewnia dokładność i specyficzność generowanych danych. Układ BMKManu S3000 jest niezwykle wszechstronny i oferuje wielopoziomowe ustawienia rozdzielczości, które można precyzyjnie dostroić do różnych tkanek i pożądanych poziomów szczegółowości. Ta zdolność adaptacji sprawia, że chip jest znakomitym wyborem do różnorodnych badań transkryptomiki przestrzennej, zapewniając precyzyjne grupowanie przestrzenne przy minimalnym poziomie hałasu. Zastosowanie technologii segmentacji komórek w BMKManu S3000 umożliwia wytyczenie danych transkrypcyjnych do granic komórek, czego efektem jest analiza, która ma bezpośrednie znaczenie biologiczne. Co więcej, poprawiona rozdzielczość S3000 skutkuje większą liczbą genów i UMI wykrytych na komórkę, umożliwiając znacznie dokładniejszą analizę przestrzennych wzorców transkrypcji i grupowania komórek.
-
Gotowe biblioteki DNBSEQ
DNBSEQ, opracowana przez MGI, to innowacyjna technologia NGS, której udało się jeszcze bardziej obniżyć koszty sekwencjonowania i zwiększyć przepustowość. Przygotowanie bibliotek DNBSEQ obejmuje fragmentację DNA, przygotowanie ssDNA i amplifikację metodą toczącego się koła w celu uzyskania nanokulek DNA (DNB). Następnie ładuje się je na stałą powierzchnię, a następnie sekwencjonuje za pomocą kombinatorycznej syntezy sondy i kotwicy (cPAS). Technologia DNBSEQ łączy w sobie zalety niskiego poziomu błędu wzmocnienia z wykorzystaniem wzorców błędów o dużej gęstości w przypadku nanokulek, co skutkuje większą przepustowością i dokładnością sekwencjonowania.
Nasza gotowa usługa sekwencjonowania bibliotek umożliwia klientom przygotowanie bibliotek sekwencjonowania Illumina z różnych źródeł (między innymi mRNA, cały genom, amplikon, biblioteki 10x), które w naszych laboratoriach są konwertowane do bibliotek MGI w celu sekwencjonowania w DNBSEQ-T7, umożliwiając duże ilości danych przy niższych kosztach.
-
Interakcja chromatyny oparta na Hi-C
Hi-C to metoda zaprojektowana do przechwytywania konfiguracji genomu poprzez połączenie sondowania interakcji opartych na bliskości i sekwencjonowania o wysokiej przepustowości. Metoda opiera się na sieciowaniu chromatyny formaldehydem, a następnie trawieniu i ponownej ligacji w taki sposób, że tylko fragmenty połączone kowalencyjnie utworzą produkty ligacji. Dzięki sekwencjonowaniu tych produktów ligacji możliwe jest badanie organizacji 3D genomu. Hi-C umożliwia badanie rozmieszczenia części genomu, które są lekko upakowane (kompartmenty A, euchromatyna) i z większym prawdopodobieństwem są aktywne transkrypcyjnie, oraz regionów, które są mocniej upakowane (przedziały B, heterochromatyna). Hi-C można również wykorzystać do wskazania domen powiązanych topologicznie (TAD), regionów genomu, które mają złożoną strukturę i prawdopodobnie mają podobne wzorce ekspresji, a także do identyfikacji pętli chromatyny, regionów DNA zakotwiczonych razem przez białka i które są często wzbogacane o elementy regulacyjne. Usługa sekwencjonowania Hi-C firmy BMKGene umożliwia badaczom badanie przestrzennych wymiarów genomiki, otwierając nowe możliwości zrozumienia regulacji genomu i jej konsekwencji dla zdrowia i chorób.
-
Zestaw inteligentnego magnetycznego RNA roślinnego TGuide
Zestaw inteligentnego magnetycznego RNA roślinnego TGuide
Oczyść wysokiej jakości całkowity RNA z tkanek roślinnych
-
Zestaw TGuide Smart do RNA krwi/komórek/tkanek
Zestaw TGuide Smart do RNA krwi/komórek/tkanek
Wstępnie napełniony zestaw odczynników do kartridży/płytek do oczyszczania wysokowydajnego, wysokiej czystości, wysokiej jakości całkowitego RNA wolnego od inhibitorów z tkanki/komórki zwierzęcej/świeżej krwi pełnej
-
Zestaw inteligentnego magnetycznego DNA roślin TGuide
Zestaw inteligentnego magnetycznego DNA roślin TGuide
Oczyść wysokiej jakości genomowy DNA z różnych tkanek roślinnych
-
Zestaw TGuide Smart do gleby/kału DNA
Zestaw TGuide Smart do gleby/kału DNA
Oczyszcza wolne od inhibitorów DNA o wysokiej czystości i jakości z próbek gleby i kału
-
Zestaw do inteligentnego oczyszczania DNA TGuide
Odzyskuje wysokiej jakości DNA z produktów PCR lub żeli agarozowych.
-
Zestaw TGuide Smart do genomowego DNA krwi
Zestaw TGuide Smart do genomowego DNA krwi
Wstępnie napełniony zestaw odczynników do kartridży/płytek do oczyszczania genomowego DNA z krwi i kożuszka leukocytarnego
-
Inteligentny magnetyczny zestaw do DNA tkanek TGuide
Wstępnie napełniony zestaw odczynników do kartridży/płytek do ekstrakcji genomowego DNA z tkanek zwierzęcych
-
Uniwersalny zestaw DNA TGuide Smart
Wstępnie napełniony zestaw odczynników do kartridży/płytek do oczyszczania genomowego DNA z krwi, wysuszonej plamki krwi, bakterii, komórek, śliny, wymazów z jamy ustnej, tkanek zwierzęcych itp.
-
Ekstraktor kwasów nukleinowych TGuide S16
Ekstraktor kwasów nukleinowych TGuide S16
Łatwy w użyciu instrument laboratoryjny, 1-8 lub 16 próbek jednocześnie
Numer katalogowy/opakowanie
Kot. NIE
ID
Liczba przygotowań
OSE-S16-AM
1 zestaw
-
Roztwór mRNA pełnej długości PacBio 2+3
Chociaż sekwencjonowanie mRNA oparte na NGS jest wszechstronnym narzędziem do ilościowego określania ekspresji genów, jego poleganie na krótkich odczytach ogranicza jego skuteczność w złożonych analizach transkryptomicznych. Z drugiej strony sekwencjonowanie PacBio (Iso-Seq) wykorzystuje technologię długiego odczytu, umożliwiającą sekwencjonowanie transkryptów mRNA pełnej długości. Podejście to ułatwia wszechstronną eksplorację alternatywnego splicingu, fuzji genów i poliadenylacji, chociaż nie jest głównym wyborem do ilościowego oznaczania ekspresji genów. Kombinacja 2+3 wypełnia lukę pomiędzy Illuminą i PacBio, opierając się na odczytach PacBio HiFi w celu identyfikacji pełnego zestawu izoform transkryptów i sekwencjonowaniu NGS w celu ilościowego określenia identycznych izoform.
Platformy: PacBio Sequel II/ PacBio Revio i Illumina NovaSeq;
