Mapa cieplna
Narzędzie Heatmap akceptuje plik danych macierzy jako dane wejściowe i umożliwia użytkownikom filtrowanie, normalizację i klaster danych. Podstawowym przypadkiem użycia map cieplnych jest analiza skupień poziomu ekspresji genów między różnymi próbkami.
Adnotacja genów
Narzędzie do adnotacji genów wykonuje adnotację genów w oparciu o wyrównanie sekwencji plików FASTA do różnych baz danych.
Podstawowe lokalne narzędzie wyszukiwania wyrównania (BLAST)
Narzędzie BLAST to zintegrowana wersja BMKCloud NCBI BLAST i może być używane do wykonywania tych samych funkcji za pomocą danych przesłanych na konto BMKCLOUD.
Prognoza CDS_UTR
Narzędzie prognostyczne CDS_UTR zostało zaprojektowane do przewidywania regionów kodujących (CDS) i regionów niekodujących (UTR) w podanych sekwencjach transkryptu w oparciu o wyniki Blast w stosunku do znanych baz danych białkowych i wyników prognozowania ORF.
Fabuła Manhattanu
Narzędzie wykresowe na Manhattanie umożliwia wyświetlanie eksperymentów o wysokiej próbce i jest powszechnie stosowane w badaniach asocjacyjnych całego genomu (GWAS).
Schemat okręgu
Narzędzie do schematu Circos zapewnia skuteczną wizualizację sposobu rozmieszczenia funkcji genomowej w całym genomie. Wspólne cechy obejmują ilościowe lokalizacje, SNP, indels, warianty liczb strukturalnych i kopii.
Wzbogacanie genów (GO)
Narzędzie do wzbogacania GO zapewnia funkcjonalną analizę wzbogacania. Podstawowym oprogramowaniem w tym narzędziu jest pakiet TOPGO-bioconductor, który obejmuje zróżnicowaną analizę ekspresji, analizę wzbogacania i wizualizację wyników.
Analiza sieci koekspresji genów (WGCNA)
WGCNA jest powszechnie stosowaną metodą wydobywania danych do odkrywania modułów koekspresji genów. Ma to zastosowanie do różnych zestawów danych ekspresji, w tym danych ekspresji genów mikromacierzy i genów NGS.
Interposcan
Narzędzie Interposcan zapewnia analizę i klasyfikację sekwencji białek Interpro.
Idź do wzbogacania Kegg
Narzędziem wzbogacania GO KEGG jest projektowanie histogramu wzbogacania GO, Histogram wzbogacania Kegg i szlak wzbogacania Kegg na podstawie dostarczonego zestawu genów i odpowiadającej adnotacji.