Sekwencjonowanie całego genomu roślin/zwierzęcia
Funkcje serwisowe
● Przygotowanie biblioteki może być standardowe lub wolne od PCR
● Dostępne na 4 platformach sekwencjonowania: Illumina Novaseq, MGI T7, Nanopore Promethion P48 lub Pacbio Revio.
● Analiza bioinformatyczna skupiona na wykryciu wariantów: SNP, Indel, SV i CNV
Zalety serwisowe
●Obszerna wiedza specjalistyczna i dokumentacja publikacji: Skumulowane doświadczenie w sekwencjonowaniu genomu dla ponad 1000 gatunków spowodowało ponad 1000 opublikowanych przypadków o skumulowanym współczynniku wpływu wynoszącym ponad 5000.
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna: W tym adnotacja wywoływania odmian i funkcji.
● Wsparcie po sprzedaży:Nasze zobowiązanie wykracza poza ukończenie projektu z 3-miesięcznym okresem usług po sprzedaży. W tym czasie oferujemy obserwację projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby rozwiązać wszelkie zapytania związane z wynikami.
●Kompleksowa adnotacja: Używamy wielu baz danych do funkcjonalnego adnotowania genów o zidentyfikowanych wariantach i przeprowadzania odpowiedniej analizy wzbogacania, zapewniając wgląd w wiele projektów badawczych.
Specyfikacje usług
| Warianty do zidentyfikowania | Strategia sekwencjonowania | Zalecana głębokość |
| SNP i Indel | Illumina Novaseq PE150 lub MGI T7 | 10x |
| SV i CNV (mniej dokładne) | 30x | |
| SV i CNV (dokładniejsze) | Nanopore Prom P48 | 20x |
| SNP, Indels, SV i CNV | Pacbio Revio | 10x |
Wymagania przykładowe
| Tkanki lub ekstrahowane kwasy nukleinowe | Illumina/MGI | Nanopore | Pacbio
| ||
| Wnętrzności zwierząt | 0,5-1 g | ≥ 3,5 g
| ≥ 3,5 g
| ||
| Mięsień zwierząt | ≥ 5 g
| ≥ 5 g
| |||
| Krew ssaków | 1,5 ml | ≥ 0,5 ml
| ≥ 5 ml
| ||
| Krew drobiu/ryb | ≥ 0,1 ml
| ≥ 0,5 ml
| |||
| Roślina- świeży liść | 1-2 g | ≥ 2 g
| ≥ 5 g
| ||
| Hodowane komórki |
| ≥ 1x107
| ≥ 1x108
| ||
| Tkanka miękka owadów/indywidualna | 0,5-1 g | ≥ 1 g
| ≥ 3 g
| ||
| Wyekstrahowane DNA
| Stężenie: ≥ 1 ng/ µl Ilość: ≥ 30 ng Ograniczona degradacja lub zanieczyszczenie
| Stężenie Kwota
OD260/280
OD260/230
Ograniczona degradacja lub zanieczyszczenie
| ≥ 40 ng/ µl 4 µg/komórka przepływowa/próbka
1.7-2.2
≥1,5 | Stężenie Kwota
OD260/280
OD260/230
Ograniczona degradacja lub zanieczyszczenie | ≥ 50 ng/ µl 10 µg/komórka przepływowa/próbka
1.7-2.2
1.8-2.5 |
| Przygotowanie biblioteki bez PCR: Stężenie ≥ 40 ng/ µl Ilość ≥ 500 ng | |||||
Przepływ pracy usług
Dostawa próbki
Ekstrakcja DNA
Konstrukcja biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Dostarczanie danych
Obejmuje następującą analizę:
- Surowa kontrola jakości danych
- Statystyka wyrównania do genomu odniesienia
- Identyfikacja wariantu: SNP, Indel, SV i CNV
- Funkcjonalna adnotacja wariantów
Statystyka wyrównania do genomu odniesienia - rozkład głębokości sekwencjonowania
Wzywa SNP wśród wielu próbek
Identyfikacja Indel-Statystyka długości Indel w regionie CDS i regionie całego genomu
Rozkład wariantu w wykresie genomu - okrąg
Funkcjonalna adnotacja genów z zidentyfikowanymi wariantami - Ontologia genów
Chai, Q. i in. (2023) „Glutation S -transferaza GHTT19 określa pigmentację płatków kwiatów poprzez regulację akumulacji antocyjanów w bawełnie”, Plant Biotechnology Journal, 21 (2), s. 1. 433. Doi: 10.1111/pbi.13965.
Cheng, H. i in. (2023) Genom „Dzika hevea brasiliensis na poziomie chromosomu zapewnia nowe narzędzia dla hodowli genomowej i cennych loci do podwyższenia plonu gumy”, Plant Biotechnology Journal, 21 (5), s. 1058–1072. doi: 10.1111/pbi.14018.
Li, A. i in. (2021) „Genom ostrygi ujściowej zapewnia wgląd w wpływ na klimat i plastyczność adaptacyjna”, Communications Biology 2021 4: 1, 4 (1), s. 1–12. doi: 10.1038/S42003-021-02823-6.
Zeng, T. i in. (2022) „Analiza zmian genomu i metylacji u chińskich rdzennych kurczaków w czasie zapewnia wgląd w ochronę gatunków”, Communications Biology, 5 (1), s. 1–12. doi: 10.1038/S42003-022-03907-7.
