PACBIO PEŁNY transkryptom

Sekwencjonowanie transkryptomu Pacbio, ISOSOSEQ, umożliwia dokładną identyfikację izoform transkryptu, rzucanie światła na alternatywną poliadenylację i splicing oraz prowadząc do dokładniejszej analizy ekspresji genów. Rurociąg z pełną długością BMKCloud Pacbio został zaprojektowany do analizy bibliotek cDNA sekwencjonowanych w trybie sekwencjonowania konsensusu okrągłego (CCS) i identyfikuje sekwencje nie-chimeryczne (FLNC), które są następnie klastrowane w niereduundantne transkrypty. Kolejna analiza BUSCO ocenia kompletność zespołu transkryptomu. Z złożonego transkryptomu przeprowadza się wiele analiz: alternatywne splicing, proste powtórzenie sekwencji (SSR), przewidywanie LNCRNA i odpowiednie geny docelowe, przewidywanie nowych genów, analiza rodziny genów, analiza czynnika transkrypcyjnego i adnotacja funkcjonalna transkryptów.