Roztwór mRNA pełnej długości PacBio 2+3
Cechy
● Projekt badania:
Połączona próbka sekwencjonowana za pomocą PacBio w celu identyfikacji izoform transkryptu
Oddzielne próbki (powtórzenia i warunki do testowania) poddane sekwencjonowaniuNGS do ilościowego określenia ekspresji transkryptu
● Sekwencjonowanie PacBio w trybie CCS, generujące odczyty HiFi
● Sekwencjonowanie transkryptów pełnej długości
● Analiza nie wymaga genomu referencyjnego; jednakże można go zastosować
● Analiza bioinformatyczna obejmuje nie tylko ekspresję na poziomie genu i izoformy, ale także analizę lncRNA, fuzji genów, poliadenylację i strukturę genu
Zalety
● Wysoka dokładność: HiFi odczytuje z dokładnością > 99,9% (Q30), porównywalną z NGS
● Analiza alternatywnego splicingu: sekwencjonowanie wszystkich transkryptów umożliwia identyfikację i charakterystykę izoform.
● Połączenie mocnych stron PacBio i NGS: umożliwienie ilościowego określenia ekspresji na poziomie izoformy, ujawnienie zmian, które mogą zostać zamaskowane podczas analizy ekspresji całego genu
● Rozległa wiedza specjalistyczna: mając na swoim koncie realizację ponad 1100 pełnometrażowych projektów transkryptomu PacBio i przetwarzanie ponad 2300 próbek, nasz zespół wnosi do każdego projektu bogate doświadczenie.
● Wsparcie posprzedażowe: nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu z 3-miesięcznym okresem obsługi posprzedażnej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania związane z wynikami.
Przykładowe wymagania i dostawa
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| Biblioteka CCS mRNA wzbogacona w PolyA | Kontynuacja PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 mln CCS | Q30≥85% |
| Wzbogacony Poli A | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Nukleotydy
|
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (µg) | Czystość | Uczciwość |
| Biblioteka Illuminy | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Dla roślin: RIN≥4,0; Dla zwierząt: RIN≥4,5; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; ograniczone lub żadne wzniesienie linii bazowej |
| Biblioteka PacBio | ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Rośliny: RIN≥7,5 Zwierzęta: RIN≥8,0 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; ograniczone lub żadne wzniesienie linii bazowej |
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (nie zaleca się stosowania folii aluminiowej)
Przykładowe oznakowanie: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód:Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: Próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i przesyłać w temperaturze pokojowej.
Zawiera następującą analizę:
Kontrola jakości surowych danych
Alternatywna analiza poliadenylacji (APA)
Analiza transkryptu fuzyjnego
Analiza alternatywnego splicingu
Analiza porównawcza uniwersalnych ortologów pojedynczej kopii (BUSCO).
Nowatorska analiza transkryptów: przewidywanie sekwencji kodujących (CDS) i adnotacja funkcjonalna
Analiza lncRNA: przewidywanie lncRNA i celów
Identyfikacja mikrosatelitarna (SSR)
Analiza transkryptów wyrażonych różnicowo (DET).
Analiza genów ulegających zróżnicowanej ekspresji (DEG).
Adnotacja funkcjonalna DEG i DET
Analiza BUSCO
Analiza alternatywnego splicingu
Alternatywna analiza poliadenylacji (APA)
Geny ulegające zróżnicowanej ekspresji (DEG) i transkrypty (analiza DETs9
Sieci interakcji białko-białko DET i DEG
Zapoznaj się z postępami, jakie umożliwiło sekwencjonowanie pełnej długości mRNA PacBio 2+3 firmy BMKGene, poprzez wyselekcjonowany zbiór publikacji.
Chao, Q. i in. (2019) „Dynamika rozwoju transkryptomu łodygi Populus”, Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. i in. (2022) „Dynamiczne zmiany w zawartości kwasu askorbinowego podczas rozwoju owoców i dojrzewania Actinidia latifolia (uprawa owocowa bogata w askorbinian) i powiązane mechanizmy molekularne”, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 1. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. i in. (2022) „Efektywne przewidywanie genów szlaku biosyntezy zaangażowanych w bioaktywne polifiliny w polifilinie paryskiej”, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. i in. (2023) „Połączona analiza PacBio Iso-Seq i Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) genów transkryptomu i cytochromu P450”, Insects, 14(4), s. 2. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun i in. (2019) „Badanie złożoności transkryptomu przy użyciu analizy pojedynczej cząsteczki PacBio w czasie rzeczywistym w połączeniu z sekwencjonowaniem RNA Illumina w celu lepszego zrozumienia biosyntezy kwasu rycynolowego u Ricinus communis”, BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/RYSUNKI/7.
