MRNA-Seq (NGS) z genomem odniesienia

MRNA-Seq (NGS) z genomem odniesienia

RNA-Seq jest standardowym narzędziem w naukach o życiu i uprawach, wypełniając lukę między genomami i proteomami. Jego siła polega na odkrywaniu nowych transkryptów i kwantyfikacji ich ekspresji w jednym teście. Jest szeroko stosowany do porównawczych badań transkryptomicznych, rzucając światło na geny związane z różnymi cechami lub fenotypami, takie jak porównywanie mutantów z typami dzikimi lub ujawnienie ekspresji genów w określonych warunkach. Aplikacja BMKCloud mRNA (referencyjna) integruje kwantyfikację ekspresji, analizę ekspresji różnicowej (deg) i analizuje strukturę sekwencji z potokiem bioinformatycznym mRNA-Seq (NGS) i łączy mocne strony podobnego oprogramowania, zapewniając wygodę i przyjazność dla użytkownika. Użytkownicy mogą przesłać swoje dane RNA-Seq do chmury, w których aplikacja oferuje kompleksowe, kompleksowe rozwiązanie analizy bioinformatycznej. Ponadto priorytetowo traktuje obsługę klienta, oferując spersonalizowane działalność dostosowane do specyficznych potrzeb użytkowników. Użytkownicy mogą sami ustawić parametry i przesyłać misję rurociągu, sprawdzić interaktywny raport, przeglądać dane/diagramy i pełne eksplorację danych, takie jak: wybór genów docelowy, klastrowanie funkcjonalne, schematy itp.

Wyniki demo

Wydobycie danych

Wymaganie importu

Analiza główna

Odniesienie

Wyniki demo

Wydobycie danych

Wymaganie importu

Platforma:Illumina, MGI
Strategia:RNA-seq
Układ: Paryowane, czyste daty.
Typ biblioteki:FR-Untranded, FR-Firststrand lub FR-Secondstrand
Odczyt długość:150 bp
Typ pliku:*.fastq, *.fq, *.fastq.gz lub *.fq.gz. System będzieautomatycznie sparuj pliki .Fastq zgodnie z nazwami plików,np. *_1.fastq w połączeniu z *._ 2.fastq.
Liczba próbek:Nie ma żadnych ograniczeń liczbypróbek, ale czas analizy wzrośnie jako liczbaPróbki rośnie.
Zalecana kwota danych:6G na próbkę

Analiza główna

Główna analiza i narzędzia bioinformatyczne MRNA-Seq (odniesienie)Rurociąg jest następujący:

1. Kontrola jakości RawData:

• Usuwanie sekwencji niskiej jakości, sekwencji adapterów,itp;

• Narzędzia: opracowany przez siebie rurociąg;

2. Dostosowanie danych do genomu referencyjnego:

• Wyrównanie odczytów z algorytmgenom referencyjny.

•Narzędzia:Hisat2, Samtools

3. Analiza jakości biblioteki:

• Analiza długości, analiza nasycenia sekwencji itp.;

•Narzędzia:Samtools;

4. Analiza struktury sekwencji:

• Alternatywna analiza splicingu, optymalizacja struktury genów,Nowe prognozy genów itp.;

•Narzędzia:StringTie, gffcompre, GatkWDIAMENT, Interposcan, IHmmer.

5. Analiza ekspresji różnicowej:

• Badanie przesiewowe, analiza wspólnego relacji, funkcjonalnawzbogacenie;

• •Różne wyniki wizualizacji;

• •RzSegseq, DESEQ2, GGPLOT2, Dexseq

Odniesienie

1. Kim, Daehwan i in. „Wyrównanie genomu oparte na wykresach iGenotypowanie z Hisat2 i Hisat-genotypem. ”NaturaBiotechnologia37 (2019): 907 - 915.

2. McKenna, Aaron i in. „Zestaw narzędzi do analizy genomu: aMapReduce Framework do analizy DNA nowej generacjiSekwencjonowanie danych. ”Badania genomu20 9 (2010): 1297-303.

3. Li, Heng i in. „Format wyrównania/mapy sekwencji iSamtools. ”Bioinformatyka25 (2009): 2078 - 2079.

4. Perțea, Mihaela i in. „StringTie umożliwia ulepszoneRekonstrukcja transkryptomu z odczytów RNA-Seq. ”NaturaBiotechnologia33 (2015): 290-295.

5. Miłość, Michael I. i in. „Moderowane oszacowanie zmiany fałd iDyspersja danych RNA-Seq z DESEQ2. ”GenomBiologia15 (2014): n. pag.

6. Eddy, Sean R. .. „Przyspieszony profil HMM”.Plos Biologia obliczeniowa7 (2011): n. pag.

MRNA-Seq (NGS) z genomem odniesienia

MRNA-Seq (NGS) z genomem odniesienia

Zdobądź wycenę

Wyślij do nas swoją wiadomość: