Sekwencjonowanie pełnej długości transkryptomu w oparciu o nanopory
Sekwencjonowanie nanoporowe różni się od innych platform sekwencjonowania tym, że nukleotydy są odczytywane bezpośrednio bez syntezy DNA i generują długie odczyty z dokładnością do dziesiątek kilozasad. Umożliwia to bezpośredni odczyt pełnej długości transkryptów i stawienie czoła wyzwaniom w badaniach transkryptomicznych.
√ Niskie odchylenie specyficzne dla sekwencji
√ Pełny odczyt cDNA do badań struktury genów
√ Mniej danych wymaganych do objęcia tej samej liczby transkryptów
√ Identyfikacja wielu izoform na gen
√ Kwantyfikacja ekspresji na poziomie izoformy
Typowy rurociąg bioinformatyczny
Najnowsze udane przypadki z technologiami biomarkerów
1. Analizy porównawcze pełnej długości transkryptomów ujawniają dynamikę rozwoju łodygi Gnetum luofuense
Czasopismo: Frontiers in Genetics
Opublikowano: marzec 2021
Słowa kluczowe: MinION | Alternatywne łączenie | APA | lncRNA | Różnie wyrażone transkrypcje
Przeczytaj pełny tekst
2. Jednokierunkowy ruch małych RNA z pędów do korzeni w heteroprzeszczepach międzygatunkowych
Czasopismo: Rośliny przyrodnicze
Opublikowano: styczeń 2021
Słowa kluczowe: Nanopor | Ilumina | wykrywanie pełnej długości mobilnego mRNA
3. Pełnowymiarowa analiza transkryptomu korzeni szparagów ujawnia molekularny mechanizm tolerancji soli wywołanej przez arbuskularne grzyby mikoryzowe
Czasopismo: Botanika Środowiskowa i Eksperymentalna
Opublikowano: styczeń 2021
Słowa kluczowe: MinION | Różnie wyrażone transkrypcje | Czynniki transkrypcyjne | Alternatywne łączenie
4. Charakterystyczne zmiany fizjologiczne i pełnowymiarowy transkryptom korzeni i liści róży (Rosa chinensis) w odpowiedzi na stres suszy
Czasopismo: Fizjologia roślin i komórek
Opublikowano: październik 2020
Słowa kluczowe: PromethION | Różnie wyrażone transkrypcje | Predykcja funkcjonalna | Splicowane izoformy | TF i lncRNA
5. Analiza i kompleksowe porównanie sekwencjonowania RNA transkryptomu Arabidopsis w oparciu o PacBio i nanopory
Czasopismo: Metoda roślinna
Opublikowano: kwiecień 2020
Słowa kluczowe: Siatka | PromethION | Kontynuacja PacBio | Illumina NovaSeq | Dopasowanie genomu | Identyfikacja transkrypcji | Alternatywne łączenie | SSR | LncRNA | Kwantyfikacja izoform
Wiadomości i najważniejsze informacje ma na celu podzielenie się najnowszymi pomyślnymi przypadkami z firmą Biomarker Technologies, uchwycenie nowatorskich osiągnięć naukowych, a także wybitnych technik zastosowanych podczas badania.
Czas publikacji: 08 stycznia 2022 r