Nanopor pełnometrażowy transkryptom

Sekwencjonowanie transkryptomu nanoporu jest potężną metodą sekwencjonowania pełnej długości CDNA, dokładnego identyfikacji i kwantyfikacji izoform transkryptu. Rurociąg z pełnowymiarową transkryptomem BMKCloud Nanopore został zaprojektowany do analizy danych RNA-Seq wygenerowanych na platformie nanoporu w stosunku do wysokiej jakości dobrze anotowanego genomu referencyjnego, zapewniając analizę jakościową i ilościową zarówno na poziomie genu, jak i transkryptu. Po kontroli jakości uzyskuje się sekwencje nie-chimeryczne (FLNC), a sekwencje konsensusowe są mapowane na genom referencyjny w celu usunięcia nadmiarowych transkryptów. Na podstawie tego zestawu transkryptu ekspresja jest określana ilościowa i zidentyfikowane są geny i transkrypty o różnej ekspresji i adnotowane funkcjonalnie. Rurociąg obejmuje również alternatywną analizę poliadenylacji (APA), alternatywną analizę splicingu, analizę prostej sekwencji (SSR), przewidywanie LNCRNA i odpowiednie cele, prognozowanie sekwencji kodowania (CDS), analiza rodziny genów, analiza czynnikowa transkrypcji, prognozowanie nowych genów i funkcjonalna adnotacja transkryptów.