Transkryptom jest związek między genomową informacją genetyczną a proteomem funkcji biologicznej. Regulacja poziomu transkrypcji jest najważniejszym i najczęściej badanym trybem regulacji organizmów. Sekwencjonowanie transkryptomu może sekwencjonować transkryptom w dowolnym momencie lub w dowolnym stanie, z rozdzielczością dokładną dla pojedynczego nukleotydu. Może dynamicznie odzwierciedlać poziom transkrypcji genów, jednocześnie identyfikować i kwantyfikować rzadkie i normalne transkrypty oraz dostarczać informacje strukturalne o informacjach o próbka specyficznych transkryptów.
Obecnie technologia sekwencjonowania transkryptomu była szeroko stosowana w agronomii, medycynie i innych dziedzinach badawczych, w tym regulacji rozwoju zwierząt i roślin, adaptacji środowiskowej, interakcji odpornościowej, lokalizacji genów, ewolucji genetycznej gatunku oraz wykrywania chorób genetycznych.
