mRNA-seq (NGS) – Od nowa

Sekwencjonowanie mRNA umożliwia profilowanie wszystkich transkryptów mRNA w komórkach w określonych warunkach i jest technologią szeroko stosowaną w różnych obszarach badawczych. Potok BMKCloud De novo mRNA-seq został zaprojektowany do analizy bibliotek sekwencjonowania wzbogaconych w poli-A, gdy nie jest dostępny żaden genom referencyjny. Rurociąg rozpoczyna się od kontroli jakości, a następnieod nowaskładanie transkryptu i selekcja zestawu unigenów. Analiza struktury unigenu przewiduje sekwencję kodującą (CDS) i powtórzenia sekwencji prostej (SSR). Następnie analiza ekspresji różnicowej pozwala znaleźć geny o różnej ekspresji (DEG) w testowanych warunkach, po czym następuje adnotacja funkcjonalna i wzbogacenie DEG w celu wydobycia spostrzeżeń biologicznych.