Metagenomika (NGS)

Metagenomika typu shotgun z wykorzystaniem oprogramowania Illumina to popularne narzędzie do badania mikrobiomów poprzez bezpośrednie sekwencjonowanie DNA ze złożonych próbek, co umożliwia badanie różnorodności taksonomicznej i funkcjonalnej. Rurociąg metagenomiczny (NGS) BMKCloud rozpoczyna się od kontroli jakości i składania metagenomu, na podstawie którego przewiduje się geny i grupuje je w nieredundantne zbiory danych, którym przypisuje się adnotacje dotyczące funkcji i taksonomii przy użyciu wielu baz danych. Informacje te wykorzystuje się do analizy różnorodności taksonomicznej wewnątrz próbki (różnorodność alfa) i różnorodności między próbami (różnorodność beta). Analiza różnicowa między grupami pozwala znaleźć OTU i funkcje biologiczne, które różnią się między obiema grupami, przy użyciu zarówno testów parametrycznych, jak i nieparametrycznych, podczas gdy analiza korelacji wiąże te różnice z czynnikami środowiskowymi.