lncrna

Długie niekodujące RNA (lncRNA) to RNA dłuższe niż 200 nukleotydów o niskim potencjale kodowania, ale posiadające krytyczne funkcje regulacyjne. Potok lncRNA BMKCloud został zaprojektowany do analizy bibliotek zubożonych w rRNA z wysokiej jakości, dobrze opisanym genomem referencyjnym, poprzez łączną analizę ekspresji lncRNA i mRNA. Po przycięciu odczytu i kontroli jakości odczyty są dopasowywane do genomu referencyjnego w celu złożenia transkryptów, a późniejsza analiza struktury genu ujawnia alternatywny splicing i nowe geny. Transkrypty identyfikuje się jako mRNA lub lncRNA, a analiza ekspresji różnicowej identyfikuje lncRNA o różnej ekspresji, ich cele i geny o różnej ekspresji (DEGS). Zarówno DEG, jak i cele lncRNA o różnej ekspresji są funkcjonalnie opisane, aby znaleźć wzbogacone kategorie funkcjonalne.