Badanie asocjacyjne całego genomu (GWAS) ma na celu identyfikację wariantów genetycznych (genotypu), które są powiązane z określonymi cechami (fenotypem). W badaniach GWA bada się markery genetyczne występujące w całym genomie dużej liczby osobników i przewiduje powiązania genotyp-fenotyp za pomocą analizy statystycznej na poziomie populacji. Ponowne sekwencjonowanie całego genomu może potencjalnie odkryć wszystkie warianty genetyczne. W połączeniu z danymi fenotypowymi GWAS można przetwarzać w celu identyfikacji SNP, QTL i genów kandydujących związanych z fenotypem, co zdecydowanie wspiera współczesną hodowlę zwierząt/roślin. SLAF to samodzielnie opracowana uproszczona strategia sekwencjonowania genomu, która odkrywa markery rozproszone w całym genomie, SNP. Te SNP, jako molekularne markery genetyczne, można przetwarzać do badań asocjacyjnych z docelowymi cechami. Jest to opłacalna strategia identyfikacji złożonych cech związanych ze zmianami genetycznymi.
