Analiza eukariotyczna mRNA (dostępne opcje referencyjne i de novo)
W tym rurociągu wykorzystuje dane NGS RNA-seq jako dane wejściowe i wynika z wyników wielu analizy niższych, w tym między innymi: sekwencjonowanie oceny jakości danych,de novoAdnotacja miejsca transkrypcji, analiza zmiennej splicingu, analiza różnicowa, adnotacja funkcji i analiza wzbogacania.
Długa niekodująca analiza RNA
Długie niekodujące RNA (LNCRNA) są niekodującymi transkryptami o długości dłuższych niż 200 nt i znanych z roli w organizacji i regulacji chromatyny. Technologie sekwencjonowania o wysokiej przepustowości i bioinformatyczne wzmocniły nasze zrozumienie sekwencji LNCRNA i informacje o pozycjonowaniu do identyfikacji LNCRNA z kluczowymi funkcjami regulacyjnymi. Ten rurociąg zawiera analizę LNCRNA oprócz analiz wymienionych w rurociągu analizy eukariotycznej mRNA.
16S/18S/jego sekwencjonowanie amplikonu
Rurociąg analizy analizy różnorodności drobnoustrojów amplikonu został opracowany na podstawie wieloletniego doświadczenia w analizie projektu różnorodności drobnoustrojów. Rurociąg zawiera znormalizowaną analizę podstawową, która obejmuje zawartość analizy głównego nurtu obecnych badań mikrobiologicznych i spersonalizowanej analizy. Raport z analizy jest bogaty i kompleksowy, z opcją przeprowadzenia różnorodnej analizy osobistej. Ponadto próbki i grupy można modyfikować w locie w celu dodatkowego dostosowywania i kontroli.
Analiza metagenomiki strzelby
Rurociąg analizy metagenomicznej strzelby wykorzystuje dane NGS z mieszanych materiałów genomowych wyodrębnionych z próbek środowiskowych. Uwzględnione analizy dostarczają szczegółowych informacji na temat różnorodności gatunków i obfitości, struktury populacji, relacji filogenetycznej, genetów funkcjonalnych i sieci korelacji z czynnikami środowiskowymi.
Analiza wariantu wariantu NGS-WGS
Analiza wariantu wariantu NGS-WGS jest zintegrowanym rurociągiem wykrywania wariantu, który wykonuje kontrolę jakości danych, wyrównanie sekwencji, adnotację i analizę mutacji genów. Rurociąg jest zgodny z najlepszymi praktykami GATK w zakresie wykrywania SNP i Indel i wykorzystuje Manta do wywołania wariantu strukturalnego.
Badanie powiązane z szerokością genomu (GWAS)
Rurociąg GWAS to dalsza analiza, która przyjmuje wcześniej wygenerowane pliki VCF i odpowiadające dane fenotypowe dla kohorty osób jako dane wejściowe. Stosując określone metodologie statystyczne, GWAS ma na celu odkrycie różnic nukleotydowych w całym genomie skorelowanym z różnicami fenotypowymi. Odgrywa kluczową rolę w badaniu funkcjonalnych genów związanych ze złożonymi chorobami ludzkimi i skomplikowanymi cechami u roślin i zwierząt.
Analiza segregacji masowej (BSA)
Analiza BSA polega na łączeniu osób o ekstremalnych cechach fenotypowych z segregacyjnej populacji. Porównując zróżnicowane loci między zbiorymi próbkami, podejście to szybko identyfikuje ściśle powiązane markery molekularne związane z genami docelowymi. Powszechnie stosowany w mapowaniu genetycznym roślin i zwierząt, jest cennym narzędziem do hodowli wspomaganej markerem.
Ewolucyjna analiza genetyki
Ewolucyjna analiza genetyki przepływ pracy wykorzystuje obszerne doświadczenie BMKGENE w projektach ewolucji genetycznej i obejmuje budowę drzewa filogenetycznego, analizę nierównowagi powiązań, ocenę różnorodności genetycznej, selektywną identyfikację zamiatania, analizę pokrewieństwa, analizę głównych składników i charakterystykę struktury populacji.
