Genetyka ewolucyjna
Zalety serwisowe
Takagi i in.,The Plant Journal, 2013
●Kompleksowa analiza bioinformatyczna:umożliwiając oszacowanie różnorodności genetycznej, co odzwierciedla potencjał ewolucyjny gatunków, i ujawnia wiarygodną relację filogenetyczną między gatunkami o zminimalizowanym wpływie zbieżnej ewolucji i równoległą ewolucję
●Opcjonalna dostosowana analiza: takie jak oszacowanie czasu i prędkości rozbieżności w oparciu o zmiany na poziomie nukleotydów i aminokwasów.
●Obszerna wiedza specjalistyczna i dokumentacja publikacji: BMKGENE od 15 lat gromadził ogromne doświadczenie w projektach genetyki populacji i ewolucji, obejmując tysiące gatunków itp. I przyczyniło się do ponad 1000 projektów na wysokim poziomie opublikowanym w Nature Communications, Molekularne Rośliny, Plant Biotechnology Journal, itp.
● Wysoko wykwalifikowany zespół bioinformatyki i cykl krótkiego analizy: Przy wielkim doświadczeniu w analizie zaawansowanej genomiki zespół BMKGENE dostarcza kompleksowe analizy z szybkim czasem zwrotnym.
● Wsparcie po sprzedaży:Nasze zobowiązanie wykracza poza ukończenie projektu z 3-miesięcznym okresem usług po sprzedaży. W tym czasie oferujemy obserwację projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby rozwiązać wszelkie zapytania związane z wynikami.
Specyfikacje i wymagania usług
| Rodzaj sekwencjonowania | Zalecana skala populacji | Strategia sekwencjonowania | Wymagania nukleotydowe |
| Sekwencjonowanie całego genomu | ≥ 30 osób, z ≥ 10 osób z każdej podgrupy
| 10x | Stężenie: ≥ 1 ng/ µl Całkowita kwota ≥ 30ng Ograniczona degradacja lub zanieczyszczenie |
| Fragment wzmocniony specyficznie-locus (SLAF) | Głębokość znacznika: 10x Liczba tagów: <400 MB: zalecane jest WGS <1 GB: 100 tys. Tagów 1 GB > 2 GB: 300 tys. Tagów MAX 500K TAGI | Stężenie ≥ 5 ng/µl Całkowita ilość ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280 = 1,6-2.5 Żel agarozowy: brak lub ograniczona degradacja lub zanieczyszczenie
|
Przepływ pracy usług
Projekt eksperymentu
Dostawa próbki
Konstrukcja biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi po sprzedaży
Usługa obejmuje analizę struktury populacji (drzewo filogenetyczne, PCA, wykres stratyfikacji populacji), różnorodność populacji i wybór populacji (nierównowaga powiązania, selektywne selekcja korzystnych miejsc). Usługa może również obejmować niestandardową analizę (np. Czas rozbieżności, przepływ genów).
*Wyniki demo pokazane tutaj wszystkie z genomów opublikowane z Bmkgene
1. Analiza ewolucji zawiera konstrukcję drzewa filogenetycznego, strukturę populacji i PCA w oparciu o zmiany genetyczne.
Drzewo filogenetyczne reprezentuje relacje taksonomiczne i ewolucyjne między gatunkami ze wspólnym przodkiem.
PCA ma na celu wizualizację bliskości między subpopulacjami.
Struktura populacji pokazuje obecność genetycznie odrębnej subpopulacji pod względem częstotliwości alleli.
Chen, i in. glin.,PNA, 2020
2. Selektywne zamiatanie
Selektywne zamiatanie odnosi się do procesu, w którym wybierane jest korzystne miejsce, a częstotliwości połączonych miejsc neutralnych są zwiększone, a częstotliwości nieplanowanych miejsc są zmniejszone, co powoduje zmniejszenie regionu.
Wykrywanie całego genomu w selektywnych regionach zamiatania jest przetwarzane poprzez obliczenie indeksu genetycznego populacji （π, Fst, Tajima D) wszystkich SNP w przesuwanym oknie (100 kb) na określonym etapie (10 kb).
Różnorodność nukleotydów (π）
Tajima d
Indeks fiksacji (FST)
Wu, i in. glin.,Roślina molekularna, 2018
3. przepływ genetyczny
Wu, i in. glin.,Roślina molekularna, 2018
4. Historia przedstawiona
Zhang, ET. glin.,Nature Ecology & Evolution, 2021
5. Czas na dywergencję
Zhang, ET. glin.,Nature Ecology & Evolution, 2021
Przeglądaj postępy ułatwione przez ewolucyjne usługi genetyki BMKGene poprzez wyselekcjonowany zbiór publikacji:
Hassanyar, Ak i in. (2023) „Odkrycie markerów molekularnych SNP i genów kandydujących związanych z opornością na wirusa sacbrood w larwach apis cerana cerana przez reseksualne reseksualne”,International Journal of Molecular Sciences, 24 (7). doi: 10.3390/iJMS24076238.
Chai, J. i in. (2022) „Odkrycie dzikiego, genetycznie czystego chińskiego gigantycznego salamandra stwarza nowe możliwości ochrony”,Badania zoologiczne, 2022, t. 43, wydanie 3, strony: 469-480, 43 (3), s. 469–480. doi: 10.24272/j.issn.2095-8137.2022.101.
Han, M. i in. (2022) „Wzór filogeograficzny i ewolucja populacji Historia rdzennego Elymusa Sibiricus L. na płaskowyżu Qinghai-Tybetańczyka”,Granice w nauce roślinnej, 13, s. 1 882601. Doi: 10.3389/fpls.2022.882601/bibtex.
Wang, J. i in. (2022) „Wgląd genomowy na ewolucję długoterską z zespołu genomu na poziomie chromosomów i genomiki populacji Longan Accessions”,Badania ogrodnictwa, 9. Doi: 10.1093/hr/uhac021.
