Sekwencjonowanie mRNA pełnej długości -PacBio
Cechy
● Synteza cDNA z mRNA poli-A, a następnie przygotowanie biblioteki
● Sekwencjonowanie w trybie CCS, generowanie odczytów HiFi
● Sekwencjonowanie transkryptów pełnej długości
● Analiza nie wymaga genomu referencyjnego; jednakże można go zastosować
● Analiza bioinformatyczna umożliwia analizę transkryptów izoformy lncRNA, fuzji genów, poliadenylacji i struktury genów
Zalety serwisu
●Wysoka dokładność: HiFi odczytuje z dokładnością > 99,9% (Q30), porównywalną z NGS
● Analiza alternatywnego splicingu: sekwencjonowanie całych transkryptów umożliwia identyfikację i charakterystykę izoform
●Rozległa wiedza specjalistyczna: mając na swoim koncie realizację ponad 1100 pełnometrażowych projektów transkryptomu PacBio i przetwarzanie ponad 2300 próbek, nasz zespół wnosi do każdego projektu bogate doświadczenie.
●Wsparcie posprzedażowe: nasze zaangażowanie wykracza poza ukończenie projektu z 3-miesięcznym okresem obsługi posprzedażnej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania związane z wynikami.
Przykładowe wymagania i dostawa
| Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Zalecane dane | Kontrola jakości |
| Biblioteka CCS mRNA wzbogacona w PolyA | Kontynuacja PacBio II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 mln CCS | Q30≥85% |
Przykładowe wymagania:
Nukleotydy:
● Rośliny:
Korzeń, łodyga lub płatek: 450 mg
Liść lub nasiona: 300 mg
Owoce: 1,2 g
● Zwierzę:
Serce lub jelita: 300 mg
Wnętrzności lub mózg: 240 mg
Mięśnie: 450 mg
Kości, włosy lub skóra: 1 g
● Stawonogi:
Owady: 6g
Skorupiaki: 300 mg
● Krew pełna: 1 tubka
● Komórki: 106 komórki
| Stężenie (ng/μl) | Ilość (μg) | Czystość | Uczciwość |
| ≥ 100 | ≥ 1,0 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Na żelu widoczne jest ograniczone lub żadne zanieczyszczenie białkiem lub DNA. | Dla roślin: RIN≥7,5; Dla zwierząt: RIN≥8,0; 5,0 ≥ 28 S/18 S ≥ 1,0; ograniczone lub żadne wzniesienie linii bazowej |
Zalecana dostawa próbek
Pojemnik: Probówka wirówkowa o pojemności 2 ml (nie zaleca się stosowania folii aluminiowej)
Przykładowe oznakowanie: Grupa+replika, np. A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Wysyłka:
1. Suchy lód: Próbki należy zapakować do worków i zakopać w suchym lodzie.
2. Probówki RNAstable: Próbki RNA można suszyć w probówkach do stabilizacji RNA (np. RNAstable®) i przesyłać w temperaturze pokojowej.
Przebieg prac serwisowych
Projekt eksperymentu
Dostawa próbek
Ekstrakcja RNA
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości surowych danych
● Alternatywna analiza poliadenylacji (APA)
● Analiza transkryptu fuzyjnego
● Analiza alternatywnego splicingu
● Analiza porównawcza uniwersalnych ortologów pojedynczych egzemplarzy (BUSCO).
● Nowatorska analiza transkryptów: przewidywanie sekwencji kodujących (CDS) i adnotacja funkcjonalna
● Analiza lncRNA: przewidywanie lncRNA i celów
● Identyfikacja mikrosatelitarna (SSR)
Analiza BUSCO
Analiza alternatywnego splicingu
Alternatywna analiza poliadenylacji (APA)
Adnotacja funkcjonalna nowych transkryptów
W tej wyróżnionej publikacji zapoznaj się z postępami, jakie umożliwiły usługi pełnometrażowego sekwencjonowania mRNA Nanopore firmy BMKGene.
Ma, Y. i in. (2023) „Analiza porównawcza metod sekwencjonowania RNA PacBio i ONT w celu identyfikacji jadu Nemopilema Nomurai”, Genomics, 115(6), s. 1. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
Chao, Q. i in. (2019) „Dynamika rozwoju transkryptomu łodygi Populus”, Plant Biotechnology Journal, 17(1), s. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
Deng, H. i in. (2022) „Dynamiczne zmiany w zawartości kwasu askorbinowego podczas rozwoju owoców i dojrzewania Actinidia latifolia (uprawa owocowa bogata w askorbinian) i powiązane mechanizmy molekularne”, International Journal of Molecular Sciences, 23(10), s. 1. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
Hua, X. i in. (2022) „Effective przewidywanie genów szlaku biosyntezy zaangażowanych w bioaktywne polifiliny w polifilinie paryskiej”, Communications Biology 2022 5:1, 5(1), s. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. i in. (2023) „Połączona analiza PacBio Iso-Seq i Illumina RNA-Seq Analysis of the Tuta absoluta (Meyrick) genów transkryptomu i cytochromu P450”, Insects, 14(4), s. 2. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun i in. (2019) „Badanie złożoności transkryptomu przy użyciu analizy pojedynczej cząsteczki PacBio w czasie rzeczywistym w połączeniu z sekwencjonowaniem RNA Illumina w celu lepszego zrozumienia biosyntezy kwasu rycynolowego u Ricinus communis”, BMC Genomics, 20(1), s. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
