BMKMANU S3000_Transkryptom przestrzenny
Schemat techniczny transkryptomu przestrzennego BMKMANU S3000
Cechy
- Rozdzielczość: 3,5 µM
- Średnica plamki: 2,5 µM
- Liczba spotów: około 4 miliony
- 3 możliwe formaty obszaru przechwytywania: 6,8 mm * 6,8 mm, 11 mm * 11 mm lub 15 mm * 20 mm
- Każda kulka z kodem kreskowym zawiera podkłady składające się z 4 sekcji:
• ogon poli(dT) do starterów mRNA i syntezy cDNA,
• Unikalny identyfikator molekularny (UMI) korygujący błąd wzmocnienia
• Przestrzenny kod kreskowy
• Sekwencja wiązania startera sekwencyjnego częściowego odczytu 1
- Barwienie H&E i fluorescencyjne skrawków
- Możliwość wykorzystania technologii segmentacji komórek: integracja barwienia H&E, barwienia fluorescencyjnego i sekwencjonowania RNA w celu określenia granic każdej komórki i prawidłowego przypisania ekspresji genów do każdej komórki. Przetwarzanie późniejsze Analiza profilowania przestrzennego w oparciu o koszyk komórek.
- Możliwość uzyskania wielopoziomowej analizy rozdzielczości: Elastyczna analiza wielopoziomowa w zakresie od 100 um do 3,5 um w celu rozróżnienia różnych cech tkanek przy optymalnej rozdzielczości.
Zalety BMKMANU S3000
-Podwojenie liczby punktów przechwytywania do 4 milionów: z poprawioną rozdzielczością 3,5 uM, co prowadzi do wyższej detekcji genów i UMI na komórkę. Powoduje to ulepszone grupowanie komórek w oparciu o profile transkrypcyjne, z drobniejszymi szczegółami pasującymi do struktury tkanki.
- Rozdzielczość subkomórkowa:Każdy obszar przechwytywania zawierał ponad 2 miliony przestrzennych plamek z kodem kreskowym o średnicy 2,5 µm i odstępach między środkami plamek wynoszących 5 µm, co umożliwiło przestrzenną analizę transkryptomu z rozdzielczością subkomórkową (5 µm).
-Wielopoziomowa analiza rozdzielczości:Elastyczna analiza wielopoziomowa w zakresie od 100 μm do 5 μm w celu określenia różnych cech tkanek przy optymalnej rozdzielczości.
-Możliwość wykorzystania technologii segmentacji komórek „Trzy w jednym slajdzie”:łącząc barwienie fluorescencyjne, barwienie H&E i sekwencjonowanie RNA na jednym szkiełku, nasz algorytm analizy „trzy w jednym” umożliwia identyfikację granic komórek na potrzeby późniejszej transkryptomiki opartej na komórkach.
-Kompatybilny z wieloma platformami sekwencjonowania: dostępne jest zarówno sekwencjonowanie NGS, jak i sekwencjonowanie z długim odczytem.
-Elastyczny projekt 1-8 aktywnych obszarów przechwytywania: rozmiar obszaru przechwytywania jest elastyczny, można zastosować 3 formaty (6,8 mm * 6,8 mm., 11 mm * 11 mm i 15 mm * 20 mm)
-Usługa w jednym miejscu: integruje wszystkie etapy oparte na doświadczeniu i umiejętnościach, w tym kriosekcje, barwienie, optymalizację tkanek, przestrzenne kodowanie kreskowe, przygotowanie bibliotek, sekwencjonowanie i bioinformatykę.
-Kompleksowa bioinformatyka i przyjazna dla użytkownika wizualizacja wyników:pakiet zawiera 29 analiz i ponad 100 wysokiej jakości danych liczbowych w połączeniu z wykorzystaniem opracowanego przez nas oprogramowania do wizualizacji i dostosowywania podziału komórek i grupowania punktów.
-Indywidualna analiza i wizualizacja danych: dostępne dla różnych zleceń badawczych
-Wysoko wykwalifikowany zespół techniczny: z doświadczeniem w ponad 250 typach tkanek i ponad 100 gatunkach, w tym ludziach, myszach, ssakach, rybach i roślinach.
-Aktualizacje całego projektu w czasie rzeczywistym: z pełną kontrolą postępu eksperymentu.
-Opcjonalna analiza łączona z sekwencjonowaniem mRNA pojedynczych komórek
Specyfikacje usług
| Przykładowe wymagania | Biblioteka | Strategia sekwencjonowania | Dane Zalecane | Kontrola jakości |
| Próbki kriogeniczne z osadzeniem OCT (Optymalna średnica: ok. 6×6×6 mm³) 2 bloki na próbkę 1 na eksperyment, 1 na kopię zapasową | Biblioteka cDNA S3000 | Illumina PE150 | 160 tys. odczytów PE na 100υM (250 Gb) | RIN > 7 |
Aby uzyskać więcej informacji na temat wskazówek dotyczących przygotowania próbek i przebiegu usług, skontaktuj się z: aEkspert BMKGENE
Przebieg prac serwisowych
Na etapie przygotowania próbki przeprowadzana jest wstępna próba ekstrakcji masowego RNA, aby zapewnić uzyskanie wysokiej jakości RNA. Na etapie optymalizacji tkanki skrawki są barwione i wizualizowane, a warunki przepuszczalności dla uwalniania mRNA z tkanki są optymalizowane. Zoptymalizowany protokół jest następnie stosowany podczas konstruowania biblioteki, po czym następuje sekwencjonowanie i analiza danych.
Kompletny przepływ usług obejmuje aktualizacje w czasie rzeczywistym i potwierdzenia od klientów, co pozwala na utrzymanie responsywnej pętli informacji zwrotnej, zapewniającej płynną realizację projektu.
Dane generowane przez BMKMANU S3000 są analizowane przy użyciu oprogramowania „BSTMatrix”, które zostało niezależnie zaprojektowane przez BMKGENE, generując matrycę Gene Expression Matrix na poziomie komórkowym i wielopoziomowej rozdzielczości. Na tej podstawie generowany jest standardowy raport obejmujący kontrolę jakości danych, analizę próbki wewnętrznej i analizę międzygrupową.
- Kontrola jakości danych:
- Dane wyjściowe i dystrybucja wyników jakości
- Wykrywanie genów na plamkę
- Pokrycie tkanki
- Analiza próbki wewnętrznej:
- Bogactwo genów
- Grupowanie punktów, w tym analiza zredukowanych wymiarów
- Analiza różnicowania ekspresji pomiędzy klastrami: identyfikacja genów markerowych
- Adnotacja funkcjonalna i wzbogacanie genów markerowych
- Analiza międzygrupowa
- Ponowne połączenie plam z obu próbek (np. chorych i kontrolnych) i ponowne skupienie
- Identyfikacja genów markerowych dla każdego klastra
- Adnotacja funkcjonalna i wzbogacanie genów markerowych
- Różnicowa ekspresja tego samego klastra pomiędzy grupami
Dodatkowo opracowany przez BMKGene „BSTViewer” jest przyjaznym dla użytkownika narzędziem, które umożliwia użytkownikowi wizualizację ekspresji genów i grupowania plamek w różnych rozdzielczościach.
BMKGene oferuje usługi profilowania przestrzennego z precyzyjną rozdzielczością pojedynczych komórek (w oparciu o pojemnik na komórki lub wielopoziomowy pojemnik kwadratowy od 100um do 3,5um).
Poniżej przedstawiono wyniki profilowania przestrzennego skrawków tkanek na szkiełku S3000.
Studium przypadku 1: Mózg myszy
Analiza wycinka mózgu myszy za pomocą S3000 pozwoliła na identyfikację ~94 000 komórek, przy medianie sekwencjonowania ~2000 genów na komórkę. Poprawiona rozdzielczość 3,5 uM umożliwiła uzyskanie bardzo szczegółowego grupowania komórek w oparciu o wzorce transkrypcji, przy czym skupienia komórek naśladowały zróżnicowane struktury mózgu. Można to łatwo zaobserwować wizualizując rozmieszczenie komórek skupionych w postaci oligodendrocytów i komórek mikrogleju, które są prawie wyłącznie zlokalizowane odpowiednio w istocie szarej i białej.
Studium przypadku 2: Embrion myszy
Analiza wycinka zarodka myszy za pomocą S3000 pozwoliła na identyfikację ~2200 000 komórek, przy medianie sekwencjonowania ~1600 genów na komórkę. Poprawiona rozdzielczość 3,5 uM umożliwiła bardzo szczegółowe grupowanie komórek w oparciu o wzorce transkrypcji, z 12 skupieniami w obszarze oka i 28 skupieniami w obszarze mózgu.
Analiza próbki wewnętrznej Grupowanie komórek:
Identyfikacja i rozkład przestrzenny genów markerowych:
- wyższa rozdzielczość subkomórkowa: w porównaniu ze szkiełkiem S1000, każdy obszar przechwytywania S3000 zawierał > 4 miliony przestrzennych plamek z kodem kreskowym o średnicy 2,5 µm i odległości 3,5 µm pomiędzy środkami plamek, umożliwiając przestrzenną analizę transkryptomu z wyższą rozdzielczością subkomórkową (pojemnik kwadratowy: 3,5 µm).
- Wyższa wydajność wychwytywania: w porównaniu ze szkiełkiem S1000, wzrost Median_UMI z 30% do 70%, wzrost Median_Gene z 30% do 60%
Schemat układu S1000:
Schemat układu S3000:
