Zgromadzenie genomu bakteryjnego de novo
Świadczymy pełną usługę składania genomu bakterii, gwarantując 0 przerw. Jest to możliwe dzięki integracji technologii sekwencjonowania o długim odczycie, takich jak Nanopore i PacBio do składania oraz sekwencjonowania krótkiego odczytu z Illumina do sprawdzania poprawności montażu i korekcji błędów odczytów ONT. Nasza usługa zapewnia pełny przepływ pracy bioinformatycznej, począwszy od montażu, adnotacji funkcjonalnej i zaawansowanej analizy bioinformatycznej, spełniając określone cele badawcze. Usługa ta umożliwia opracowanie precyzyjnych genomów referencyjnych do różnych badań genetycznych i genomicznych. Ponadto stanowi podstawę do zastosowań takich jak optymalizacja szczepów, inżynieria genetyczna i rozwój technologii mikrobiologicznych, zapewniając wiarygodne i pozbawione luk dane genomiczne, kluczowe dla pogłębiania wiedzy naukowej i innowacji biotechnologicznych.
Funkcje usługi
● Z dwiema możliwymi opcjami do wyboru w zależności od pożądanego stopnia kompletności genomu.
● Opcja szkicu genomu: sekwencjonowanie z krótkim odczytem za pomocą Illumina NovaSeq PE150.
● Kompletny genom z 0 lukami.
● Sekwencjonowanie z długim odczytem na Nanopore PromethION 48 lub PacBio Revio w celu złożenia genomu.
● Sekwencjonowanie z krótkim odczytem na Illumina NovaSeq w celu walidacji genomu i korekcji błędów (Nanopore) lub w celu wygenerowania szkicu genomu.
Zalety serwisu
●Gwarancja genomu o zerowej przerwie: Wynika to z integracji sekwencjonowania Illumina z sekwencjonowaniem z długim odczytem (Nanopore lub PacBio).
●Kompletny proces bioinformatyki:Obejmuje to składanie genomu i przewidywanie wielu elementów genomu, adnotację funkcjonalnego genu i wizualizacje genomu, takie jak wykres Circos.
●Rozległa wiedza specjalistyczna: Dzięki zgromadzeniu ponad 20 000 genomów drobnoustrojów BMKGENE wnosi ponad dziesięcioletnie doświadczenie, wysoko wykwalifikowany zespół analityczny, obszerną treść i doskonałe wsparcie posprzedażowe.
●Wsparcie posprzedażowe:Nasze zaangażowanie wykracza poza realizację projektu i obejmuje 3-miesięczny okres obsługi posprzedażnej. W tym czasie oferujemy monitorowanie projektu, pomoc w rozwiązywaniu problemów oraz sesje pytań i odpowiedzi, aby odpowiedzieć na wszelkie pytania związane z wynikami.
●Dostępnych jest wiele strategii sekwencjonowania:Dla różnych celów badawczych i wymagań kompletności genomu.
Specyfikacje usług
| Praca | Strategia sekwencjonowania |
| Projekt genomu | Illumina PE150 100x |
| 0 Luka w genomie | Nanopor 100x + Illumina PE150 100x Or Pacbio HiFi 30x + Illumina PE150 100x (opcjonalnie) |
Przykładowe wymagania:
| Stężenie (ng/µL) | Całkowita ilość (µg) | Objętość (µL) | OD260/280 | OD260/230 | |
| PacBio | ≥20 | ≥1,2 | ≥20 | 1,7-2,2 | ≥1,0 |
| Nanopor | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1,7-2,2 | 1,0-3,0 |
| Ilumina | ≥1 | ≥0,06 | ≥20 | - | - |
· Bakterie: ≥3,5x1010 komórki
Przebieg prac serwisowych
Dostawa próbek
Budowa biblioteki
Sekwencjonowanie
Analiza danych
Usługi posprzedażowe
Zawiera następującą analizę:
● Kontrola jakości danych sekwencjonowania
● Zgromadzenie genomu
● Analiza komponentów genomu: Przewidywanie CDS i wielu elementów genomu
● Adnotacje funkcjonalne z wieloma ogólnymi bazami danych (GO, KEGG itp.) i zaawansowanymi bazami danych (CARD, VFDB itp.)
● Wizualizacja genomu
Dostarczamy genom w łatwo dostępnym formacie fasta oraz plik adnotacji genomu (gff).
Adnotacja genu – GO
Adnotacja genu – węglowodany CAZY
Wizualizacja genomu – wykres Circos
Zapoznaj się z postępami, jakie umożliwiają usługi składania genomu bakteryjnego BMKGene, poprzez wyselekcjonowany zbiór publikacji.
Dai, W. i in. (2023) „Odkrycie Bacteroides uniformis F18-22 jako bezpiecznej i nowej bakterii probiotycznej do leczenia wrzodziejącego zapalenia jelita grubego pochodzącego ze zdrowego ludzkiego jelita grubego”,International Journal of Molecular Sciences, 24(19), s. 1. 14669. doi: 10.3390/IJMS241914669/S1.
Kang, Q. i in. (2021) „Izolaty Proteus mirabilis oporne na wiele leków niosące blaOXA-1 i blaNDM-1 pochodzące od dzikich zwierząt w Chinach: rosnące ryzyko dla zdrowia publicznego”,Zoologia integracyjna, 16(6), s. 798–809. doi: 10.1111/1749-4877.12510.
Wang, TT i in. (2017) „Pełna sekwencja genomu endofity Bacillus flexus KLBMP 4941 ujawnia mechanizm promowania wzrostu roślin i podstawy genetyczne tolerancji na sól”,Dziennik Biotechnologii, 260, s. 38–41. doi: 10.1016/J.JBIOTEC.2017.09.001.
Wang, X. i in. (2021) „Plazmidy oporności na wiele replikonów Klebsiella pośredniczą w rozległym rozprzestrzenianiu się genów przeciwdrobnoustrojowych”,Granice w mikrobiologii, 12, s. 754931. doi: 10.3389/FMICB.2021.754931/BIBTEX.
