Sekwencjonowanie amplikonu (16S/18S/ITS)

Sekwencjonowanie Amplicon (16S/18S/ITS) za pomocą Illuminy to metoda analizy różnorodności drobnoustrojów polegająca na identyfikacji profili drobnoustrojów na podstawie ich sekwencji, a następnie próbie rozszyfrowania bogactwa i różnorodności społeczności w każdej próbce i pomiędzy próbkami. Rurociąg BMKCloud Amplicon (NGS) umożliwia analizę 16S, 18S, ITS i wielu genów funkcjonalnych. Rozpoczyna się od przycięcia odczytu, złożenia odczytu na parze końcówek i oceny jakości, a następnie grupowania podobnych odczytów w celu wygenerowania operacyjnych jednostek taksonomicznych (OTU) używanych w sześciu różnych sekcjach analizy. Adnotacja taksonomiczna dostarcza informacji na temat względnej liczebności i składu każdej próbki, podczas gdy analizy różnorodności alfa i beta skupiają się odpowiednio na różnorodności drobnoustrojów w obrębie próbek i pomiędzy nimi. Analiza różnicowa między grupami pozwala znaleźć OTU różniące się przy użyciu zarówno testów parametrycznych, jak i nieparametrycznych, podczas gdy analiza korelacji wiąże te różnice z czynnikami środowiskowymi. Wreszcie, liczebność genów funkcjonalnych przewiduje się na podstawie obfitości genów markerowych, zapewniając wgląd w funkcję i ekologię w każdej próbce.