ਵਿਸ਼ੇਸ਼-ਲੋਕਸ ਐਂਪਲੀਫਾਈਡ ਫ੍ਰੈਗਮੈਂਟ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ (SLAF-Seq)
ਵਰਕਫਲੋ
ਤਕਨੀਕੀ ਸਕੀਮ
ਸੇਵਾ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ
● PE150 ਦੇ ਨਾਲ NovaSeq 'ਤੇ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ।
● ਡਬਲ ਬਾਰਕੋਡਿੰਗ ਦੇ ਨਾਲ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਤਿਆਰੀ, 1000 ਤੋਂ ਵੱਧ ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੇ ਪੂਲਿੰਗ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਣਾ।
● ਇਸ ਤਕਨੀਕ ਨੂੰ ਹਰ ਇੱਕ ਕੇਸ ਲਈ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕ ਪਾਈਪਲਾਈਨਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਇੱਕ ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਨਾਲ ਜਾਂ ਬਿਨਾਂ ਵਰਤਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ:
ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਨਾਲ: SNP ਅਤੇ InDel ਖੋਜ
ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ: ਨਮੂਨਾ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਅਤੇ SNP ਖੋਜ
● ਵਿੱਚਸਿਲੀਕੋ ਵਿੱਚਪ੍ਰੀ-ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਸਟੇਜ ਮਲਟੀਪਲ ਰਿਸਟ੍ਰਿਕਸ਼ਨ ਐਨਜ਼ਾਈਮ ਸੰਜੋਗਾਂ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ ਤਾਂ ਜੋ ਉਹਨਾਂ ਨੂੰ ਲੱਭਿਆ ਜਾ ਸਕੇ ਜੋ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਨਾਲ SLAF ਟੈਗਸ ਦੀ ਇੱਕ ਸਮਾਨ ਵੰਡ ਪੈਦਾ ਕਰਦੇ ਹਨ।
● ਪ੍ਰੀ-ਪ੍ਰਯੋਗ ਦੇ ਦੌਰਾਨ, 9 SLAF ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀਆਂ ਬਣਾਉਣ ਲਈ 3 ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿੱਚ ਤਿੰਨ ਐਨਜ਼ਾਈਮ ਸੰਜੋਗਾਂ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਇਸ ਜਾਣਕਾਰੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਲਈ ਸਰਵੋਤਮ ਪਾਬੰਦੀ ਐਂਜ਼ਾਈਮ ਸੁਮੇਲ ਦੀ ਚੋਣ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ।
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
●ਉੱਚ ਜੈਨੇਟਿਕ ਮਾਰਕਰ ਖੋਜ: ਇੱਕ ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁੱਟ ਡਬਲ ਬਾਰਕੋਡ ਸਿਸਟਮ ਨੂੰ ਏਕੀਕ੍ਰਿਤ ਕਰਨ ਨਾਲ ਵੱਡੀ ਆਬਾਦੀ ਦੇ ਸਮਕਾਲੀ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਆਗਿਆ ਮਿਲਦੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਟਿਕਾਣਾ-ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਐਂਪਲੀਫਿਕੇਸ਼ਨ ਕੁਸ਼ਲਤਾ ਨੂੰ ਵਧਾਉਂਦਾ ਹੈ, ਇਹ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ ਕਿ ਟੈਗ ਨੰਬਰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਖੋਜ ਪ੍ਰਸ਼ਨਾਂ ਦੀਆਂ ਵਿਭਿੰਨ ਲੋੜਾਂ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰਦੇ ਹਨ।
● ਜੀਨੋਮ 'ਤੇ ਘੱਟ ਨਿਰਭਰਤਾ: ਇਹ ਇੱਕ ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਨਾਲ ਜਾਂ ਬਿਨਾਂ ਸਪੀਸੀਜ਼ 'ਤੇ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ।
●ਲਚਕਦਾਰ ਸਕੀਮ ਡਿਜ਼ਾਈਨ: ਸਿੰਗਲ-ਐਨਜ਼ਾਈਮ, ਡੁਅਲ-ਐਨਜ਼ਾਈਮ, ਮਲਟੀ-ਐਨਜ਼ਾਈਮ ਪਾਚਨ, ਅਤੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਕਿਸਮਾਂ ਦੇ ਪਾਚਕ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਖੋਜ ਟੀਚਿਆਂ ਜਾਂ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰਨ ਲਈ ਚੁਣੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ। ਦਸਿਲੀਕੋ ਵਿੱਚਇੱਕ ਅਨੁਕੂਲ ਐਨਜ਼ਾਈਮ ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਨੂੰ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਉਣ ਲਈ ਪ੍ਰੀ-ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।
● ਐਨਜ਼ਾਈਮੈਟਿਕ ਪਾਚਨ ਵਿੱਚ ਉੱਚ ਕੁਸ਼ਲਤਾ: ਇੱਕ ਦਾ ਸੰਚਾਲਨਸਿਲੀਕੋ ਵਿੱਚਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ (1 SLAF ਟੈਗ/4Kb) 'ਤੇ SLAF ਟੈਗਸ ਦੀ ਵੰਡ ਅਤੇ ਘਟਾਏ ਗਏ ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਕ੍ਰਮ (<5%) ਦੇ ਨਾਲ ਪ੍ਰੀ-ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਅਤੇ ਇੱਕ ਪੂਰਵ-ਪ੍ਰਯੋਗ ਯਕੀਨੀ ਅਨੁਕੂਲ ਡਿਜ਼ਾਈਨ.
●ਵਿਆਪਕ ਮਹਾਰਤ: ਸਾਡੀ ਟੀਮ ਪੌਦਿਆਂ, ਥਣਧਾਰੀ ਜਾਨਵਰਾਂ, ਪੰਛੀਆਂ, ਕੀੜੇ-ਮਕੌੜਿਆਂ ਅਤੇ ਜਲ-ਜੀਵਾਂ ਸਮੇਤ ਸੈਂਕੜੇ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ 'ਤੇ 5000 ਤੋਂ ਵੱਧ SLAF-Seq ਪ੍ਰੋਜੈਕਟਾਂ ਨੂੰ ਬੰਦ ਕਰਨ ਦੇ ਟਰੈਕ ਰਿਕਾਰਡ ਦੇ ਨਾਲ, ਹਰੇਕ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਲਈ ਤਜ਼ਰਬੇ ਦਾ ਭੰਡਾਰ ਲਿਆਉਂਦੀ ਹੈ।
● ਸਵੈ-ਵਿਕਸਤ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕ ਵਰਕਫਲੋ: BMKGENE ਨੇ ਅੰਤਿਮ ਆਉਟਪੁੱਟ ਦੀ ਭਰੋਸੇਯੋਗਤਾ ਅਤੇ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਨੂੰ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਉਣ ਲਈ SLAF-Seq ਲਈ ਇੱਕ ਏਕੀਕ੍ਰਿਤ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕ ਵਰਕਫਲੋ ਵਿਕਸਿਤ ਕੀਤਾ ਹੈ।
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
| ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਕਿਸਮ | ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ੀ ਆਬਾਦੀ ਸਕੇਲ | ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਰਣਨੀਤੀ | |
| ਟੈਗ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਡੂੰਘਾਈ | ਟੈਗ ਨੰਬਰ | ||
| ਜੈਨੇਟਿਕ ਨਕਸ਼ੇ | 2 ਮਾਪੇ ਅਤੇ 150 ਤੋਂ ਵੱਧ ਔਲਾਦ | ਮਾਪੇ: 20x WGS ਔਫਸਿੰਗ: 10x | ਜੀਨੋਮ ਦਾ ਆਕਾਰ: <400 Mb: WGS ਦੀ ਸਿਫ਼ਾਰਸ਼ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ <1Gb: 100K ਟੈਗ 1-2Gb:: 200K ਟੈਗਸ >2Gb: 300K ਟੈਗ ਅਧਿਕਤਮ 500k ਟੈਗ |
| ਜੀਨੋਮ-ਵਾਈਡ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਸਟੱਡੀਜ਼ (GWAS) | ≥200 ਨਮੂਨੇ | 10x | |
| ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਕਾਸ | ≥30 ਨਮੂਨੇ, ਹਰੇਕ ਉਪ-ਸਮੂਹ ਤੋਂ >10 ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੇ ਨਾਲ | 10x | |
ਸੇਵਾ ਦੀਆਂ ਲੋੜਾਂ
ਗਾੜ੍ਹਾਪਣ ≥ 5 ng/µL
ਕੁੱਲ ਮਾਤਰਾ ≥ 80 ng
ਨੈਨੋਡ੍ਰੌਪ OD260/280=1.6-2.5
ਐਗਰੋਜ਼ ਜੈੱਲ: ਕੋਈ ਜਾਂ ਸੀਮਤ ਪਤਨ ਜਾਂ ਗੰਦਗੀ ਨਹੀਂ
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਕੰਟੇਨਰ: 2 ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਟਿਊਬ
(ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਨਮੂਨਿਆਂ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਈਥਾਨੌਲ ਵਿੱਚ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਨਾ ਰੱਖਣ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ)
ਨਮੂਨਾ ਲੇਬਲਿੰਗ: ਨਮੂਨੇ ਨੂੰ ਸਪਸ਼ਟ ਤੌਰ 'ਤੇ ਲੇਬਲ ਕੀਤਾ ਜਾਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਨਮੂਨਾ ਜਾਣਕਾਰੀ ਫਾਰਮ ਜਮ੍ਹਾਂ ਕਰਾਉਣ ਲਈ ਸਮਾਨ ਹੋਣਾ ਚਾਹੀਦਾ ਹੈ।
ਸ਼ਿਪਮੈਂਟ: ਡਰਾਈ-ਬਰਫ਼: ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਪਹਿਲਾਂ ਬੈਗਾਂ ਵਿੱਚ ਪੈਕ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਵਿੱਚ ਦਫ਼ਨਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
ਸਰਵਿਸ ਵਰਕਫਲੋ
ਨਮੂਨਾ QC
ਪਾਇਲਟ ਪ੍ਰਯੋਗ
SLAF-ਪ੍ਰਯੋਗ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਤਿਆਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
ਹੇਠ ਦਿੱਤੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ:
- ਕ੍ਰਮ ਡਾਟਾ QC
- SLAF ਟੈਗ ਵਿਕਾਸ
ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਲਈ ਮੈਪਿੰਗ
ਇੱਕ ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ: ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ
- SLAF ਟੈਗਸ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ.: ਅੰਕੜੇ, ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਵੰਡ
- ਮਾਰਕਰ ਖੋਜ: SNP, InDel, SNV, CV ਕਾਲਿੰਗ ਅਤੇ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ
ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਸ 'ਤੇ SLAF ਟੈਗਸ ਦੀ ਵੰਡ:
ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਸ 'ਤੇ SNPs ਦੀ ਵੰਡ:
SNP ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ
| ਸਾਲ | ਜਰਨਲ | IF | ਸਿਰਲੇਖ | ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ |
| 2022 | ਕੁਦਰਤ ਸੰਚਾਰ | 17.694 | ਗੀਗਾ-ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਜ਼ ਦਾ ਜੀਨੋਮਿਕ ਆਧਾਰ ਅਤੇ ਟ੍ਰੀ ਪੀਓਨੀ ਦੇ ਗੀਗਾ-ਜੀਨੋਮ ਪਾਓਨੀਆ ਓਸਟੀ | SLAF-GWAS |
| 2015 | ਨਵਾਂ ਫਾਈਟੋਲੋਜਿਸਟ | ੭.੪੩੩ | ਵਿੱਚ ਖੇਤੀ ਵਿਗਿਆਨਿਕ ਮਹੱਤਤਾ ਵਾਲੇ ਜੀਨੋਮਿਕ ਖੇਤਰਾਂ ਵਿੱਚ ਘਰੇਲੂ ਪੈਰਾਂ ਦੇ ਨਿਸ਼ਾਨ ਹਨ ਸੋਇਆਬੀਨ | SLAF-GWAS |
| 2022 | ਜਰਨਲ ਆਫ਼ ਐਡਵਾਂਸਡ ਰਿਸਰਚ | 12.822 | G. ਹਿਰਸੁਟਮ ਵਿੱਚ ਗੌਸੀਪੀਅਮ ਬਾਰਬਾਡੈਂਸ ਦੇ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਨਕਲੀ ਘੁਸਪੈਠ ਕਪਾਹ ਦੇ ਫਾਈਬਰ ਦੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਅਤੇ ਉਪਜ ਦੇ ਨਾਲ-ਨਾਲ ਸੁਧਾਰ ਲਈ ਉੱਤਮ ਸਥਾਨ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰੋ ਗੁਣ | SLAF- ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕਸ |
| 2019 | ਅਣੂ ਪੌਦਾ | 10.81 | ਜਨਸੰਖਿਆ ਜੀਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਅਤੇ ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲੀ ਵੇਡੀ ਦੀ ਉਤਪਤੀ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ ਇੱਕ ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਖੇਡ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਚੌਲ | SLAF- ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕਸ |
| 2019 | ਕੁਦਰਤ ਜੈਨੇਟਿਕਸ | 31.616 | ਆਮ ਕਾਰਪ, ਸਾਈਪ੍ਰਿਨਸ ਕਾਰਪੀਓ ਦੀ ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ ਅਤੇ ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਭਿੰਨਤਾ | SLAF-ਲਿੰਕੇਜ ਨਕਸ਼ਾ |
| 2014 | ਕੁਦਰਤ ਜੈਨੇਟਿਕਸ | 25.455 | ਕਾਸ਼ਤ ਕੀਤੀ ਮੂੰਗਫਲੀ ਦਾ ਜੀਨੋਮ ਫਲੀਦਾਰ ਕੈਰੀਓਟਾਈਪ, ਪੌਲੀਪਲੋਇਡ ਦੀ ਸਮਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ ਵਿਕਾਸ ਅਤੇ ਫਸਲ ਪਾਲਤੂਤਾ। | SLAF-ਲਿੰਕੇਜ ਨਕਸ਼ਾ |
| 2022 | ਪਲਾਂਟ ਬਾਇਓਟੈਕਨਾਲੋਜੀ ਜਰਨਲ | 9. 803 | ST1 ਦੀ ਪਛਾਣ ਇੱਕ ਚੋਣ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦੀ ਹੈ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਬੀਜ ਰੂਪ ਵਿਗਿਆਨ ਦੀ ਹਿਚਹਾਈਕਿੰਗ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਸੋਇਆਬੀਨ ਦੇ ਪਾਲਣ ਦੌਰਾਨ ਤੇਲ ਦੀ ਸਮੱਗਰੀ | SLAF-ਮਾਰਕਰ ਵਿਕਾਸ |
| 2022 | ਅਣੂ ਵਿਗਿਆਨ ਦਾ ਅੰਤਰਰਾਸ਼ਟਰੀ ਜਰਨਲ | 6.208 | ਕਣਕ-ਲੇਮਸ ਮੋਲਿਸ 2Ns (2D) ਲਈ ਪਛਾਣ ਅਤੇ ਡੀਐਨਏ ਮਾਰਕਰ ਵਿਕਾਸ ਡਿਸੋਮਿਕ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ ਬਦਲ | SLAF-ਮਾਰਕਰ ਵਿਕਾਸ |
| ਸਾਲ | ਜਰਨਲ | IF | ਸਿਰਲੇਖ | ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ |
| 2023 | ਪੌਦਾ ਵਿਗਿਆਨ ਵਿੱਚ ਫਰੰਟੀਅਰਜ਼ | ੬.੭੩੫ | ਪਾਈਰਸ ਪਾਈਰੀਫੋਲੀਆ ਦੇ ਫਲਾਂ ਦੇ ਪੱਕਣ ਦੌਰਾਨ ਖੰਡ ਸਮੱਗਰੀ ਦਾ QTL ਮੈਪਿੰਗ ਅਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ | ਜੈਨੇਟਿਕ ਨਕਸ਼ਾ |
| 2022 | ਪਲਾਂਟ ਬਾਇਓਟੈਕਨਾਲੋਜੀ ਜਰਨਲ | ੮.੧੫੪ | ST1 ਦੀ ਪਛਾਣ ਸੋਇਆਬੀਨ ਦੇ ਪਾਲਣ ਦੌਰਾਨ ਬੀਜ ਰੂਪ ਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਤੇਲ ਦੀ ਸਮੱਗਰੀ ਦੀ ਹਿਚਹਾਈਕਿੰਗ ਨੂੰ ਸ਼ਾਮਲ ਕਰਨ ਵਾਲੀ ਚੋਣ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦੀ ਹੈ
| SNP ਕਾਲਿੰਗ |
| 2022 | ਪੌਦਾ ਵਿਗਿਆਨ ਵਿੱਚ ਫਰੰਟੀਅਰਜ਼ | ੬.੬੨੩ | ਜੀਨੋਮ-ਵਾਈਡ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਮੈਪਿੰਗ ਔਫ ਹਲਲੇਸ ਬੇਰਲੀ ਫੀਨੋਟਾਈਪਜ਼ ਇਨ ਡਰੌਟ ਇਨਵਾਇਰਮੈਂਟ।
| ਜੀ.ਡਬਲਿਊ.ਏ.ਐੱਸ |
