-
ਹਾਈ-ਸੀ ਅਧਾਰਤ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਇੰਟਰਐਕਸ਼ਨ
ਹਾਈ-ਸੀ ਇੱਕ ਢੰਗ ਹੈ ਜੋ ਪ੍ਰੋਬਿੰਗ ਨੇੜਤਾ-ਅਧਾਰਿਤ ਪਰਸਪਰ ਕ੍ਰਿਆਵਾਂ ਅਤੇ ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁੱਟ ਕ੍ਰਮ ਨੂੰ ਜੋੜ ਕੇ ਜੀਨੋਮਿਕ ਸੰਰਚਨਾ ਨੂੰ ਹਾਸਲ ਕਰਨ ਲਈ ਤਿਆਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ। ਇਹ ਵਿਧੀ ਫਾਰਮਾਲਡੀਹਾਈਡ ਦੇ ਨਾਲ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਕ੍ਰਾਸਲਿੰਕਿੰਗ 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ ਹੈ, ਇਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਪਾਚਨ ਅਤੇ ਰੀ-ਲਿੰਕਸ਼ਨ ਇਸ ਤਰੀਕੇ ਨਾਲ ਹੈ ਕਿ ਸਿਰਫ ਉਹ ਟੁਕੜੇ ਜੋ ਸਹਿ-ਸਹਿਯੋਗੀ ਤੌਰ 'ਤੇ ਜੁੜੇ ਹੋਏ ਹਨ ਲਾਈਗੇਸ਼ਨ ਉਤਪਾਦ ਬਣਾਉਣਗੇ। ਇਹਨਾਂ ਲਿਗੇਸ਼ਨ ਉਤਪਾਦਾਂ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕਰਕੇ, ਜੀਨੋਮ ਦੇ 3D ਸੰਗਠਨ ਦਾ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨਾ ਸੰਭਵ ਹੈ। ਹਾਈ-ਸੀ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਉਹਨਾਂ ਹਿੱਸਿਆਂ ਦੀ ਵੰਡ ਦਾ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨ ਦੇ ਯੋਗ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ ਜੋ ਹਲਕੇ ਪੈਕ ਕੀਤੇ ਹੋਏ ਹਨ (ਏ ਕੰਪਾਰਟਮੈਂਟਸ, ਯੂਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ) ਅਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸਰਗਰਮ ਹੋਣ ਦੀ ਜ਼ਿਆਦਾ ਸੰਭਾਵਨਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਉਹ ਖੇਤਰ ਜੋ ਜ਼ਿਆਦਾ ਕੱਸ ਕੇ ਪੈਕ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ (ਬੀ ਕੰਪਾਰਟਮੈਂਟ, ਹੇਟਰੋਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ)। ਹਾਈ-ਸੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਟੌਪੋਲੋਜੀਕਲੀ ਐਸੋਸੀਏਟਿਡ ਡੋਮੇਨ (TADs), ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਣ ਲਈ ਵੀ ਕੀਤੀ ਜਾ ਸਕਦੀ ਹੈ ਜਿਨ੍ਹਾਂ ਵਿੱਚ ਫੋਲਡ ਬਣਤਰ ਹਨ ਅਤੇ ਸਮਾਨ ਸਮੀਕਰਨ ਪੈਟਰਨ ਹੋਣ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਲੂਪਸ, ਡੀਐਨਏ ਖੇਤਰਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ ਜੋ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਦੁਆਰਾ ਇਕੱਠੇ ਐਂਕਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ ਅਤੇ ਉਹ ਹਨ ਅਕਸਰ ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਤੱਤਾਂ ਵਿੱਚ ਭਰਪੂਰ. BMKGene ਦੀ ਹਾਈ-ਸੀ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਸੇਵਾ ਖੋਜਕਰਤਾਵਾਂ ਨੂੰ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਦੇ ਸਥਾਨਿਕ ਮਾਪਾਂ ਦੀ ਪੜਚੋਲ ਕਰਨ ਲਈ ਸ਼ਕਤੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੀ ਹੈ, ਜੀਨੋਮ ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਸਿਹਤ ਅਤੇ ਬਿਮਾਰੀ ਵਿੱਚ ਇਸਦੇ ਪ੍ਰਭਾਵਾਂ ਨੂੰ ਸਮਝਣ ਲਈ ਨਵੇਂ ਰਾਹ ਖੋਲ੍ਹਦੀ ਹੈ।
-
ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਇਮਯੂਨੋਪ੍ਰੀਸੀਪੀਟੇਸ਼ਨ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ (ChIP-seq)
Chromatin Immunoprecipitation (CHIP) ਇੱਕ ਤਕਨੀਕ ਹੈ ਜੋ ਡੀਐਨਏ-ਬਾਈਡਿੰਗ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਅਤੇ ਉਹਨਾਂ ਦੇ ਅਨੁਸਾਰੀ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਟੀਚਿਆਂ ਨੂੰ ਚੋਣਵੇਂ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਅਮੀਰ ਬਣਾਉਣ ਲਈ ਐਂਟੀਬਾਡੀਜ਼ ਦਾ ਲਾਭ ਉਠਾਉਂਦੀ ਹੈ। NGS ਨਾਲ ਇਸਦਾ ਏਕੀਕਰਣ ਹਿਸਟੋਨ ਸੋਧ, ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਕਾਰਕਾਂ, ਅਤੇ ਹੋਰ ਡੀਐਨਏ-ਬਾਈਡਿੰਗ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਡੀਐਨਏ ਟੀਚਿਆਂ ਦੀ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਗਤੀਸ਼ੀਲ ਪਹੁੰਚ ਵਿਭਿੰਨ ਸੈੱਲ ਕਿਸਮਾਂ, ਟਿਸ਼ੂਆਂ, ਜਾਂ ਸਥਿਤੀਆਂ ਵਿੱਚ ਬਾਈਡਿੰਗ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਂਦੀ ਹੈ। ChIP-Seq ਦੀਆਂ ਐਪਲੀਕੇਸ਼ਨਾਂ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨਲ ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਡਿਵੈਲਪਮੈਂਟਲ ਮਾਰਗਾਂ ਦਾ ਅਧਿਐਨ ਕਰਨ ਤੋਂ ਲੈ ਕੇ ਰੋਗ ਵਿਧੀਆਂ ਨੂੰ ਸਪੱਸ਼ਟ ਕਰਨ ਤੱਕ ਫੈਲਦੀਆਂ ਹਨ, ਇਸ ਨੂੰ ਜੀਨੋਮਿਕ ਰੈਗੂਲੇਸ਼ਨ ਲੈਂਡਸਕੇਪਾਂ ਨੂੰ ਸਮਝਣ ਅਤੇ ਇਲਾਜ ਸੰਬੰਧੀ ਸੂਝ ਨੂੰ ਅੱਗੇ ਵਧਾਉਣ ਲਈ ਇੱਕ ਲਾਜ਼ਮੀ ਸਾਧਨ ਬਣਾਉਂਦੀਆਂ ਹਨ।
ਪਲੇਟਫਾਰਮ: Illumina NovaSeq
-
ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਬਿਸਲਫਾਈਟ ਕ੍ਰਮ (WGBS)
ਹੋਲ ਜੀਨੋਮ ਬਿਸਲਫਾਈਟ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ (ਡਬਲਯੂ.ਜੀ.ਬੀ.ਐਸ.) ਡੀਐਨਏ ਮੈਥਾਈਲੇਸ਼ਨ ਦੀ ਡੂੰਘਾਈ ਨਾਲ ਖੋਜ ਲਈ ਸੋਨੇ ਦੇ ਮਿਆਰੀ ਵਿਧੀ ਦੇ ਰੂਪ ਵਿੱਚ ਖੜ੍ਹੀ ਹੈ, ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਸਾਇਟੋਸਾਈਨ (5-mC) ਵਿੱਚ ਪੰਜਵਾਂ ਸਥਾਨ, ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਅਤੇ ਸੈਲੂਲਰ ਗਤੀਵਿਧੀ ਦਾ ਇੱਕ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਰੈਗੂਲੇਟਰ। WGBS ਦੇ ਅੰਤਰੀਵ ਸਿਧਾਂਤ ਵਿੱਚ ਬਿਸਲਫਾਈਟ ਇਲਾਜ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ ਮਿਥਾਈਲੇਟਿਡ ਸਾਇਟੋਸਾਈਨ ਨੂੰ ਬਿਨਾਂ ਕਿਸੇ ਬਦਲਾਅ ਦੇ ਛੱਡਦੇ ਹੋਏ, uracil (C ਤੋਂ U) ਵਿੱਚ ਬਦਲਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਤਕਨੀਕ ਸਿੰਗਲ-ਬੇਸ ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨ ਦੀ ਪੇਸ਼ਕਸ਼ ਕਰਦੀ ਹੈ, ਖੋਜਕਰਤਾਵਾਂ ਨੂੰ ਮੈਥਾਈਲੋਮ ਦੀ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਜਾਂਚ ਕਰਨ ਅਤੇ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਸਥਿਤੀਆਂ, ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਕੈਂਸਰ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਅਸਧਾਰਨ ਮੈਥਾਈਲੇਸ਼ਨ ਪੈਟਰਨਾਂ ਨੂੰ ਬੇਪਰਦ ਕਰਨ ਦੀ ਇਜਾਜ਼ਤ ਦਿੰਦੀ ਹੈ। WGBS ਨੂੰ ਰੁਜ਼ਗਾਰ ਦੇ ਕੇ, ਵਿਗਿਆਨੀ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਮੈਥਾਈਲੇਸ਼ਨ ਲੈਂਡਸਕੇਪਾਂ ਵਿੱਚ ਬੇਮਿਸਾਲ ਸਮਝ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ, ਜੋ ਕਿ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਜੀਵ-ਵਿਗਿਆਨਕ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆਵਾਂ ਅਤੇ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਣ ਵਾਲੇ ਐਪੀਜੇਨੇਟਿਕ ਵਿਧੀਆਂ ਦੀ ਇੱਕ ਸੰਖੇਪ ਸਮਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰ ਸਕਦੇ ਹਨ।
-
ਹਾਈ ਥ੍ਰੂਪੁੱਟ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ (ATAC-seq) ਦੇ ਨਾਲ ਟ੍ਰਾਂਸਪੋਸੇਜ਼-ਪਹੁੰਚਯੋਗ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਲਈ ਪਰਖ
ATAC-seq ਇੱਕ ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁੱਟ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ ਤਕਨੀਕ ਹੈ ਜੋ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਪਹੁੰਚਯੋਗਤਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਵਰਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਇਹ ਵਰਤੋਂ ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ 'ਤੇ ਗਲੋਬਲ ਐਪੀਜੇਨੇਟਿਕ ਨਿਯੰਤਰਣ ਦੇ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਤੰਤਰ ਦੀ ਡੂੰਘੀ ਸਮਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਵਿਧੀ ਇੱਕ ਹਾਈਪਰਐਕਟਿਵ Tn5 ਟ੍ਰਾਂਸਪੋਸੇਸ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਅਡਾਪਟਰਾਂ ਨੂੰ ਪਾ ਕੇ ਓਪਨ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਇੱਕੋ ਸਮੇਂ ਟੁਕੜੇ ਅਤੇ ਟੈਗ ਕਰਨ ਲਈ ਕਰਦੀ ਹੈ। ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ ਪੀਸੀਆਰ ਪ੍ਰਸਾਰਣ ਦੇ ਨਤੀਜੇ ਵਜੋਂ ਇੱਕ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਸਿਰਜਣਾ ਹੁੰਦੀ ਹੈ, ਜੋ ਖਾਸ ਸਪੇਸ-ਟਾਈਮ ਹਾਲਤਾਂ ਵਿੱਚ ਖੁੱਲੇ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਖੇਤਰਾਂ ਦੀ ਵਿਆਪਕ ਪਛਾਣ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦਿੰਦੀ ਹੈ। ATAC-seq ਪਹੁੰਚਯੋਗ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਲੈਂਡਸਕੇਪਾਂ ਦਾ ਇੱਕ ਸੰਪੂਰਨ ਦ੍ਰਿਸ਼ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਉਹਨਾਂ ਤਰੀਕਿਆਂ ਦੇ ਉਲਟ ਜੋ ਸਿਰਫ਼ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਫੈਕਟਰ ਬਾਈਡਿੰਗ ਸਾਈਟਾਂ ਜਾਂ ਖਾਸ ਹਿਸਟੋਨ-ਸੰਸ਼ੋਧਿਤ ਖੇਤਰਾਂ 'ਤੇ ਕੇਂਦ੍ਰਤ ਕਰਦੇ ਹਨ। ਇਹਨਾਂ ਖੁੱਲ੍ਹੇ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕਰਕੇ, ATAC-seq ਉਹਨਾਂ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਸਰਗਰਮ ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਕ੍ਰਮ ਅਤੇ ਸੰਭਾਵੀ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਫੈਕਟਰ ਬਾਈਡਿੰਗ ਸਾਈਟਾਂ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਦੇ ਗਤੀਸ਼ੀਲ ਮਾਡੂਲੇਸ਼ਨ ਵਿੱਚ ਕੀਮਤੀ ਸੂਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ।
-
ਘਟੀ ਹੋਈ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧਤਾ ਬਿਸਲਫਾਈਟ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ (RRBS)
ਘਟੀ ਹੋਈ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧਤਾ ਬਿਸਲਫਾਈਟ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ (ਆਰਆਰਬੀਐਸ) ਡੀਐਨਏ ਮੈਥਿਲੇਸ਼ਨ ਖੋਜ ਵਿੱਚ ਹੋਲ ਜੀਨੋਮ ਬਿਸਲਫਾਈਟ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ (ਡਬਲਯੂਜੀਬੀਐਸ) ਦੇ ਇੱਕ ਲਾਗਤ-ਪ੍ਰਭਾਵਸ਼ਾਲੀ ਅਤੇ ਕੁਸ਼ਲ ਵਿਕਲਪ ਵਜੋਂ ਉਭਰੀ ਹੈ। ਜਦੋਂ ਕਿ WGBS ਸਿੰਗਲ ਬੇਸ ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨ 'ਤੇ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਜਾਂਚ ਕਰਕੇ ਵਿਆਪਕ ਸੂਝ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਇਸਦੀ ਉੱਚ ਕੀਮਤ ਇੱਕ ਸੀਮਤ ਕਾਰਕ ਹੋ ਸਕਦੀ ਹੈ। RRBS ਰਣਨੀਤਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਪ੍ਰਤੀਨਿਧੀ ਹਿੱਸੇ ਦਾ ਚੋਣਵੇਂ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਕੇ ਇਸ ਚੁਣੌਤੀ ਨੂੰ ਘੱਟ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਇਹ ਵਿਧੀ MspI ਕਲੀਵੇਜ ਦੁਆਰਾ CpG ਟਾਪੂ-ਅਮੀਰ ਖੇਤਰਾਂ ਦੇ ਸੰਸ਼ੋਧਨ 'ਤੇ ਨਿਰਭਰ ਕਰਦੀ ਹੈ ਅਤੇ 200-500/600 bps ਟੁਕੜਿਆਂ ਦੇ ਆਕਾਰ ਦੀ ਚੋਣ ਦੁਆਰਾ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ। ਸਿੱਟੇ ਵਜੋਂ, ਸਿਰਫ਼ CpG ਟਾਪੂਆਂ ਦੇ ਨਜ਼ਦੀਕੀ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ, ਜਦੋਂ ਕਿ ਦੂਰ ਦੇ CpG ਟਾਪੂਆਂ ਵਾਲੇ ਖੇਤਰਾਂ ਨੂੰ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਤੋਂ ਬਾਹਰ ਰੱਖਿਆ ਗਿਆ ਹੈ। ਇਹ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ, ਬਾਈਸਲਫਾਈਟ ਕ੍ਰਮ ਦੇ ਨਾਲ ਮਿਲ ਕੇ, ਡੀਐਨਏ ਮੈਥਾਈਲੇਸ਼ਨ ਦੇ ਉੱਚ-ਰੈਜ਼ੋਲੂਸ਼ਨ ਖੋਜ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦਿੰਦੀ ਹੈ, ਅਤੇ ਸੀਕੈਂਸਿੰਗ ਪਹੁੰਚ, PE150, ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਮੱਧ ਦੀ ਬਜਾਏ ਸੰਮਿਲਨਾਂ ਦੇ ਸਿਰਿਆਂ 'ਤੇ ਕੇਂਦ੍ਰਤ ਕਰਦੀ ਹੈ, ਮਿਥਾਈਲੇਸ਼ਨ ਪ੍ਰੋਫਾਈਲਿੰਗ ਦੀ ਕੁਸ਼ਲਤਾ ਨੂੰ ਵਧਾਉਂਦੀ ਹੈ। RRBS ਇੱਕ ਅਨਮੋਲ ਟੂਲ ਹੈ ਜੋ ਕਿ ਲਾਗਤ-ਪ੍ਰਭਾਵਸ਼ਾਲੀ ਡੀਐਨਏ ਮੈਥਾਈਲੇਸ਼ਨ ਖੋਜ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਐਪੀਜੇਨੇਟਿਕ ਵਿਧੀਆਂ ਦੇ ਗਿਆਨ ਨੂੰ ਅੱਗੇ ਵਧਾਉਂਦਾ ਹੈ।
