ਪਲਾਂਟ/ਐਨੀਮਲ ਡੀ ਨੋਵੋ ਜੀਨੋਮ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ
ਡੀ ਨੋਵੋਕ੍ਰਮ ਇੱਕ ਸੰਦਰਭ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਅਣਹੋਂਦ ਵਿੱਚ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਤਕਨਾਲੋਜੀਆਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਇੱਕ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਦੇ ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਨਿਰਮਾਣ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ। ਤੀਜੀ ਪੀੜ੍ਹੀ ਦੇ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਜਾਣ-ਪਛਾਣ ਅਤੇ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਅਪਣਾਏ ਜਾਣ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਲੰਬੇ ਪੜ੍ਹਨ ਦੀ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਹੈ, ਨੇ ਰੀਡਜ਼ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਓਵਰਲੈਪ ਨੂੰ ਵਧਾ ਕੇ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਵਾਧਾ ਕੀਤਾ ਹੈ। ਇਹ ਸੁਧਾਰ ਖਾਸ ਤੌਰ 'ਤੇ ਉਚਿਤ ਹੁੰਦਾ ਹੈ ਜਦੋਂ ਚੁਣੌਤੀਪੂਰਨ ਜੀਨੋਮ ਨਾਲ ਨਜਿੱਠਦੇ ਹੋਏ, ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਉੱਚ ਵਿਭਿੰਨਤਾ, ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਖੇਤਰਾਂ ਦਾ ਉੱਚ ਅਨੁਪਾਤ, ਪੌਲੀਪਲੋਇਡਜ਼, ਅਤੇ ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਤੱਤਾਂ ਵਾਲੇ ਖੇਤਰ, ਅਸਧਾਰਨ GC ਸਮੱਗਰੀ, ਜਾਂ ਉੱਚ ਗੁੰਝਲਤਾ ਜੋ ਆਮ ਤੌਰ 'ਤੇ ਛੋਟੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਸੀਕੁਏਨ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਮਾੜੇ ਢੰਗ ਨਾਲ ਇਕੱਠੇ ਹੁੰਦੇ ਹਨ। ਇਕੱਲਾ
ਸਾਡਾ ਵਨ-ਸਟਾਪ ਹੱਲ ਏਕੀਕ੍ਰਿਤ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਸੇਵਾਵਾਂ ਅਤੇ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ ਜੋ ਇੱਕ ਉੱਚ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਡੀ ਨੋਵੋ ਅਸੈਂਬਲਡ ਜੀਨੋਮ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਇਲੂਮਿਨਾ ਦੇ ਨਾਲ ਇੱਕ ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਜੀਨੋਮ ਸਰਵੇਖਣ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਆਕਾਰ ਅਤੇ ਗੁੰਝਲਤਾ ਦਾ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦਾ ਹੈ, ਅਤੇ ਇਸ ਜਾਣਕਾਰੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ PacBio HiFi ਨਾਲ ਲੰਬੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਕ੍ਰਮ ਦੇ ਅਗਲੇ ਪੜਾਅ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਕਰਨ ਲਈ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ, ਇਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦde novocontigs ਦੀ ਅਸੈਂਬਲੀ. HiC ਅਸੈਂਬਲੀ ਦੀ ਬਾਅਦ ਵਿੱਚ ਵਰਤੋਂ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ-ਪੱਧਰ ਦੀ ਅਸੈਂਬਲੀ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕਰਨ ਲਈ, ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਕੰਟਿਗਸ ਨੂੰ ਐਂਕਰਿੰਗ ਦੇ ਯੋਗ ਬਣਾਉਂਦੀ ਹੈ। ਅੰਤ ਵਿੱਚ, ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਜੀਨ ਪੂਰਵ-ਅਨੁਮਾਨ ਦੁਆਰਾ ਅਤੇ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਜੀਨਾਂ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕਰਕੇ, ਛੋਟੇ ਅਤੇ ਲੰਬੇ ਪਾਠਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮ ਦਾ ਸਹਾਰਾ ਲੈ ਕੇ ਐਨੋਟੇਟ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।
ਸੇਵਾ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ
● ਇੱਕ-ਸਟਾਪ ਹੱਲ ਵਿੱਚ ਮਲਟੀਪਲ ਕ੍ਰਮ ਅਤੇ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕ ਸੇਵਾਵਾਂ ਦਾ ਏਕੀਕਰਣ:
ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਆਕਾਰ ਦਾ ਅੰਦਾਜ਼ਾ ਲਗਾਉਣ ਅਤੇ ਅਗਲੇ ਕਦਮਾਂ ਦੀ ਅਗਵਾਈ ਕਰਨ ਲਈ ਇਲੂਮਿਨਾ ਨਾਲ ਜੀਨੋਮ ਸਰਵੇਖਣ;
ਲਈ ਲੰਮਾ ਪੜ੍ਹਿਆ ਕ੍ਰਮde novocontigs ਦੀ ਅਸੈਂਬਲੀ;
ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ ਐਂਕਰਿੰਗ ਲਈ ਹਾਈ-ਸੀ ਕ੍ਰਮ;
ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਵਿਆਖਿਆ ਲਈ mRNA ਕ੍ਰਮ;
ਅਸੈਂਬਲੀ ਦੀ ਪ੍ਰਮਾਣਿਕਤਾ.
● ਦਿਲਚਸਪੀ ਵਾਲੀਆਂ ਨਸਲਾਂ ਲਈ ਨਵੇਂ ਜੀਨੋਮ ਬਣਾਉਣ ਜਾਂ ਮੌਜੂਦਾ ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਸੁਧਾਰ ਲਈ ਢੁਕਵੀਂ ਸੇਵਾ।
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
ਵਿੱਚ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ ਅਤੇ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਦਾ ਵਿਕਾਸde novoਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ
(ਅਮਰਸਿੰਘੇ SL et al.,ਜੀਨੋਮ ਜੀਵ ਵਿਗਿਆਨ, 2020)
●ਵਿਆਪਕ ਮਹਾਰਤ ਅਤੇ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਨ ਰਿਕਾਰਡ: BMKGene ਨੇ ਵਿਭਿੰਨ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਉੱਚ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲੇ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਵਿੱਚ ਵਿਸ਼ਾਲ ਤਜਰਬਾ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਡਿਪਲੋਇਡ ਜੀਨੋਮ ਅਤੇ ਪੌਲੀਪਲੋਇਡ ਅਤੇ ਐਲੋਪੋਲੀਪਲੋਇਡ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਦੇ ਬਹੁਤ ਹੀ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਜੀਨੋਮ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ। 2018 ਤੋਂ, ਅਸੀਂ ਵੱਧ ਤੋਂ ਵੱਧ ਯੋਗਦਾਨ ਪਾਇਆ ਹੈ300 ਉੱਚ-ਪ੍ਰਭਾਵ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਨ, ਅਤੇ ਉਹਨਾਂ ਵਿੱਚੋਂ 20+ ਨੇਚਰ ਜੈਨੇਟਿਕਸ ਵਿੱਚ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਕੀਤੇ ਗਏ ਹਨ.
● ਵਨ-ਸਟਾਪ ਹੱਲ: ਸਾਡੀ ਏਕੀਕ੍ਰਿਤ ਪਹੁੰਚ ਇੱਕ ਉੱਚ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਅਸੈਂਬਲਡ ਜੀਨੋਮ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਇੱਕ ਤਾਲਮੇਲ ਵਾਲੇ ਵਰਕਫਲੋ ਵਿੱਚ ਮਲਟੀਪਲ ਸੀਕੈਂਸਿੰਗ ਤਕਨਾਲੋਜੀਆਂ ਅਤੇ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣਾਂ ਨੂੰ ਜੋੜਦੀ ਹੈ।
●ਤੁਹਾਡੀਆਂ ਲੋੜਾਂ ਮੁਤਾਬਕ ਤਿਆਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ: ਸਾਡਾ ਸੇਵਾ ਵਰਕਫਲੋ ਅਨੁਕੂਲਿਤ ਹੈ, ਵਿਭਿੰਨ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਅਤੇ ਖਾਸ ਖੋਜ ਲੋੜਾਂ ਵਾਲੇ ਜੀਨੋਮ ਲਈ ਅਨੁਕੂਲਤਾ ਦੀ ਆਗਿਆ ਦਿੰਦਾ ਹੈ। ਇਸ ਵਿੱਚ ਅਲੋਕਿਕ ਜੀਨੋਮ, ਪੌਲੀਪਲੋਇਡ ਜੀਨੋਮ, ਬਹੁਤ ਜ਼ਿਆਦਾ ਵਿਪਰੀਤ ਜੀਨੋਮ, ਅਤੇ ਹੋਰ ਬਹੁਤ ਕੁਝ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ।
●ਉੱਚ ਕੁਸ਼ਲ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਅਤੇ ਪ੍ਰਯੋਗਸ਼ਾਲਾ ਟੀਮ: ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀਆਂ ਅਤੇ ਪੇਟੈਂਟ ਅਤੇ ਸੌਫਟਵੇਅਰ ਕਾਪੀਰਾਈਟਸ ਦੀ ਇੱਕ ਲੜੀ ਦੇ ਸਾਹਮਣੇ ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਅਤੇ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਦੋਵਾਂ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਵਧੀਆ ਤਜ਼ਰਬੇ ਦੇ ਨਾਲ।
●ਪੋਸਟ-ਸੇਲ ਸਪੋਰਟ:ਸਾਡੀ ਵਚਨਬੱਧਤਾ 3-ਮਹੀਨੇ ਦੀ ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਸੇਵਾ ਦੀ ਮਿਆਦ ਦੇ ਨਾਲ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਦੇ ਮੁਕੰਮਲ ਹੋਣ ਤੋਂ ਪਰੇ ਹੈ। ਇਸ ਸਮੇਂ ਦੌਰਾਨ, ਅਸੀਂ ਨਤੀਜਿਆਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਕਿਸੇ ਵੀ ਪ੍ਰਸ਼ਨਾਂ ਨੂੰ ਹੱਲ ਕਰਨ ਲਈ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਫਾਲੋ-ਅਪ, ਸਮੱਸਿਆ ਨਿਪਟਾਰਾ ਸਹਾਇਤਾ, ਅਤੇ ਪ੍ਰਸ਼ਨ ਅਤੇ ਉੱਤਰ ਸੈਸ਼ਨ ਦੀ ਪੇਸ਼ਕਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
| ਜੀਨੋਮ ਸਰਵੇਖਣ | ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ | ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ-ਪੱਧਰ | ਜੀਨੋਮ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ |
| 50X Illumina NovaSeq PE150
| 30X PacBio CCS HiFi ਪੜ੍ਹਦਾ ਹੈ | 100X ਹਾਈ-ਸੀ | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (ਵਿਕਲਪਿਕ) ਪੂਰੀ ਲੰਬਾਈ RNA-seq PacBio 40 Gb ਜਾਂ ਨੈਨੋਪੋਰ 12 ਜੀ.ਬੀ |
ਸੇਵਾ ਦੀਆਂ ਲੋੜਾਂ
ਜੀਨੋਮ ਸਰਵੇਖਣ, ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਅਤੇ ਹਾਈ-ਸੀ ਅਸੈਂਬਲੀ ਲਈ:
| ਟਿਸ਼ੂ ਜਾਂ ਐਕਸਟਰੈਕਟ ਕੀਤੇ ਨਿਊਕਲੀਕ ਐਸਿਡ | ਜੀਨੋਮ ਸਰਵੇਖਣ | PacBio ਦੇ ਨਾਲ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ | ਹਾਈ-ਸੀ ਅਸੈਂਬਲੀ |
| ਪਸ਼ੂ ਵਿਸੇਰਾ | 0.5-1 ਜੀ
| ≥ 3.5 ਗ੍ਰਾਮ | ≥2 ਗ੍ਰਾਮ |
| ਜਾਨਵਰ ਮਾਸਪੇਸ਼ੀ | ≥ 5 ਗ੍ਰਾਮ | ||
| ਥਣਧਾਰੀ ਖੂਨ | 1.5 ਮਿ.ਲੀ
| ≥ 5 ਮਿ.ਲੀ | ≥2 ਮਿ.ਲੀ |
| ਪੋਲਟਰੀ/ਮੱਛੀ ਦਾ ਖੂਨ | ≥ 0.5 ਮਿ.ਲੀ | ||
| ਪੌਦਾ - ਤਾਜ਼ੇ ਪੱਤੇ | 1-2 ਜੀ | ≥ 5 ਗ੍ਰਾਮ | ≥ 4 ਗ੍ਰਾਮ |
| ਸੰਸਕ੍ਰਿਤ ਸੈੱਲ |
| ≥ 1x108 | ≥ 1x107 |
| ਕੀੜੇ | 0.5-1 ਜੀ | ≥ 3 ਗ੍ਰਾਮ | ≥ 2 ਗ੍ਰਾਮ |
| ਡੀਐਨਏ ਕੱਢਿਆ | ਇਕਾਗਰਤਾ: ≥1 ng/ µL ਮਾਤਰਾ ≥ 30 ਐਨ.ਜੀ ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਪਤਨ ਜਾਂ ਗੰਦਗੀ ਨਹੀਂ | ਇਕਾਗਰਤਾ: ≥ 50 ng/ µL ਮਾਤਰਾ: 10 µg/ਫਲੋ ਸੈੱਲ/ਨਮੂਨਾ OD260/280=1.7-2.2 OD260/230=1.8-2.5 ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਪਤਨ ਜਾਂ ਗੰਦਗੀ ਨਹੀਂ |
-
|
ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੌਮਿਕਸ ਦੇ ਨਾਲ ਜੀਨੋਮ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਲਈ:
| ਟਿਸ਼ੂ ਜਾਂ ਐਕਸਟਰੈਕਟ ਕੀਤੇ ਨਿਊਕਲੀਕ ਐਸਿਡ | ਇਲੂਮਿਨਾ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮ | PacBio ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮ | ਨੈਨੋਪੋਰ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮ |
| ਪੌਦਾ- ਜੜ੍ਹ/ਸਟਮ/ਪੱਤਰੀ | 450 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | 600 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | |
| ਪੌਦਾ - ਪੱਤਾ/ਬੀਜ | 300 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | 300 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | |
| ਪੌਦਾ - ਫਲ | 1.2 ਜੀ | 1.2 ਜੀ | |
| ਜਾਨਵਰਾਂ ਦਾ ਦਿਲ/ਅੰਤੜੀ | 300 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | 300 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | |
| ਪਸ਼ੂ ਵਿਸੇਰਾ/ਦਿਮਾਗ | 240 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | 240 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | |
| ਜਾਨਵਰ ਮਾਸਪੇਸ਼ੀ | 450 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | 450 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | |
| ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੀਆਂ ਹੱਡੀਆਂ/ਵਾਲ/ਚਮੜੀ | 1 ਜੀ | 1 ਜੀ | |
| ਆਰਥਰੋਪੌਡ - ਕੀੜੇ | 6 | 6 | |
| ਆਰਥਰੋਪੌਡ - ਕਰਸਟੇਸੀਆ | 300 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | 300 ਮਿਲੀਗ੍ਰਾਮ | |
| ਪੂਰਾ ਖੂਨ | 1 ਟਿਊਬ | 1 ਟਿਊਬ | |
| ਕੱਢਿਆ ਆਰ.ਐਨ.ਏ | ਇਕਾਗਰਤਾ: ≥ 20 ng/ µL ਮਾਤਰਾ ≥ 0.3 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 6 5≥28S/18S≥1 | ਇਕਾਗਰਤਾ: ≥ 100 ng/ µL ਮਾਤਰਾ ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 8 5≥28S/18S≥1 | ਇਕਾਗਰਤਾ: ≥ 100 ng/ µL ਮਾਤਰਾ ≥ 0.75 µg OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 RIN≥ 7.5 5≥28S/18S≥1 |
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਕੰਟੇਨਰ: 2 ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਟਿਊਬ (ਟਿਨ ਫੁਆਇਲ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ)
(ਜ਼ਿਆਦਾਤਰ ਨਮੂਨਿਆਂ ਲਈ, ਅਸੀਂ ਈਥਾਨੌਲ ਵਿੱਚ ਸੁਰੱਖਿਅਤ ਨਾ ਰੱਖਣ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।)
ਨਮੂਨਾ ਲੇਬਲਿੰਗ: ਨਮੂਨੇ ਸਪਸ਼ਟ ਤੌਰ 'ਤੇ ਲੇਬਲ ਕੀਤੇ ਹੋਣੇ ਚਾਹੀਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਜਮ੍ਹਾਂ ਕੀਤੇ ਗਏ ਨਮੂਨੇ ਦੀ ਜਾਣਕਾਰੀ ਫਾਰਮ ਦੇ ਸਮਾਨ ਹੋਣੇ ਚਾਹੀਦੇ ਹਨ।
ਸ਼ਿਪਮੈਂਟ: ਡਰਾਈ-ਬਰਫ਼: ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਪਹਿਲਾਂ ਬੈਗਾਂ ਵਿੱਚ ਪੈਕ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਵਿੱਚ ਦਫ਼ਨਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
ਵਰਕਫਲੋ
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਪ੍ਰਯੋਗ ਡਿਜ਼ਾਈਨ
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਡੀਐਨਏ ਕੱਢਣ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
ਪੂਰਾ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, 4 ਪੜਾਵਾਂ ਵਿੱਚ ਵੱਖ ਕੀਤਾ ਗਿਆ:
1) ਜੀਨੋਮ ਸਰਵੇਖਣ, NGS ਦੇ ਨਾਲ k-mer ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਪੜ੍ਹਦਾ ਹੈ:
ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਆਕਾਰ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ
heterozygosity ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ
ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਖੇਤਰਾਂ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ
2) PacBio HiFi ਨਾਲ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ:
ਡੀ ਨੋਵੋਅਸੈਂਬਲੀ
ਅਸੈਂਬਲੀ ਮੁਲਾਂਕਣ: ਜੀਨੋਮ ਸੰਪੂਰਨਤਾ ਲਈ BUSCO ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਅਤੇ NGS ਅਤੇ PacBio HiFi ਰੀਡਜ਼ ਦੀ ਮੈਪਿੰਗ ਸਮੇਤ
3) ਹਾਈ-ਸੀ ਅਸੈਂਬਲੀ:
Hi-C ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ QC: ਵੈਧ Hi-C ਪਰਸਪਰ ਕ੍ਰਿਆਵਾਂ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ
ਹਾਈ-ਸੀ ਅਸੈਂਬਲੀ: ਸਮੂਹਾਂ ਵਿੱਚ ਕੰਟਿਗਸ ਦਾ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ, ਇਸਦੇ ਬਾਅਦ ਹਰੇਕ ਸਮੂਹ ਦੇ ਅੰਦਰ ਕੰਟਿਗ ਆਰਡਰਿੰਗ ਅਤੇ ਕੰਟੀਗ ਓਰੀਐਂਟੇਸ਼ਨ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨਾ
ਹਾਈ-ਸੀ ਮੁਲਾਂਕਣ
4) ਜੀਨੋਮ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ:
ਗੈਰ-ਕੋਡਿੰਗ RNA ਪੂਰਵ-ਅਨੁਮਾਨ
ਦੁਹਰਾਉਣ ਵਾਲੇ ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਪਛਾਣ (ਟ੍ਰਾਂਸਪੋਸਨ ਅਤੇ ਟੈਂਡੇਮ ਦੁਹਰਾਓ)
ਜੀਨ ਦੀ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ
§ਡੀ ਨੋਵੋ: ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਐਲਗੋਰਿਦਮ
§ ਸਮਰੂਪਤਾ ਦੇ ਆਧਾਰ 'ਤੇ
§ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮ 'ਤੇ ਅਧਾਰਤ, ਲੰਬੇ ਅਤੇ ਛੋਟੇ ਰੀਡਜ਼ ਦੇ ਨਾਲ: ਰੀਡਜ਼ ਹਨde novoਡਰਾਫਟ ਜੀਨੋਮ ਨੂੰ ਇਕੱਠਾ ਕੀਤਾ ਜਾਂ ਮੈਪ ਕੀਤਾ ਗਿਆ
§ ਮਲਟੀਪਲ ਡੇਟਾਬੇਸ ਦੇ ਨਾਲ ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਵਿਆਖਿਆ
1) ਜੀਨੋਮ ਸਰਵੇਖਣ- ਕੇ-ਮੇਰ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
2) ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ
2) ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ - PacBio HiFi ਡਰਾਫਟ ਅਸੈਂਬਲੀ ਲਈ ਮੈਪਿੰਗ ਪੜ੍ਹਦਾ ਹੈ
2) ਹਾਈ-ਸੀ ਅਸੈਂਬਲੀ - ਹਾਈ-ਸੀ ਵੈਧ ਪਰਸਪਰ ਜੋੜਿਆਂ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ
3) ਹਾਈ-ਸੀ ਪੋਸਟ-ਅਸੈਂਬਲੀ ਮੁਲਾਂਕਣ
4) ਜੀਨੋਮ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ - ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਜੀਨਾਂ ਦਾ ਏਕੀਕਰਣ
4) ਜੀਨੋਮ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ - ਪੂਰਵ ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਜੀਨ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਨਾਂ ਦੇ ਚੁਣੇ ਹੋਏ ਸੰਗ੍ਰਹਿ ਦੁਆਰਾ BMKGene ਦੀ ਡੀ ਨੋਵੋ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਸੇਵਾਵਾਂ ਦੁਆਰਾ ਸੁਵਿਧਾਜਨਕ ਤਰੱਕੀ ਦੀ ਪੜਚੋਲ ਕਰੋ:
ਲੀ, ਸੀ. ਐਟ ਅਲ. (2021) 'ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ ਗਲੋਬਲ ਡਿਸਪਰਸਲ ਰੂਟਾਂ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਸਮੁੰਦਰੀ ਘੋੜੇ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਵਿੱਚ ਕਨਵਰਜੈਂਟ ਜੈਨੇਟਿਕ ਅਨੁਕੂਲਨ ਦਾ ਸੁਝਾਅ ਦਿੰਦੇ ਹਨ', ਨੇਚਰ ਕਮਿਊਨੀਕੇਸ਼ਨ, 12(1)। doi: 10.1038/S41467-021-21379-X.
ਲੀ, ਵਾਈ ਐਟ ਅਲ. (2023) 'ਵੱਡੇ-ਪੱਧਰ ਦੇ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਲ ਬਦਲਾਅ ਜੀਨੋਮ-ਪੱਧਰ ਦੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਤਬਦੀਲੀਆਂ, ਵਾਤਾਵਰਣ ਅਨੁਕੂਲਨ, ਅਤੇ ਗਾਇਲ (ਬੋਸ ਫਰੰਟਾਲਿਸ) ਵਿਚ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਵੱਲ ਲੈ ਜਾਂਦੇ ਹਨ', ਅਣੂ ਜੀਵ ਵਿਗਿਆਨ ਅਤੇ ਵਿਕਾਸ, 40(1). doi: 10.1093/MOLBEV/MSAD006.
Tian, T. et al. (2023) 'ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਅਤੇ ਇੱਕ ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਸੋਕਾ-ਰੋਧਕ ਮੱਕੀ ਦੇ ਜਰਮਪਲਾਜ਼ਮ ਦਾ ਜੈਨੇਟਿਕ ਡਿਸਕਸ਼ਨ', ਨੇਚਰ ਜੈਨੇਟਿਕਸ 2023 55:3, 55(3), ਪੀ.ਪੀ. 496-506। doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.
Zhang, F. et al. (2023) 'ਸੋਲਾਨੇਸੀ ਪਰਿਵਾਰ ਵਿਚ ਦੋ ਜੀਨੋਮ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਕੇ ਟ੍ਰੋਪੇਨ ਐਲਕਾਲਾਇਡ ਬਾਇਓਸਿੰਥੇਸਿਸ ਦਾ ਵਿਕਾਸ ਕਰਨਾ', ਨੇਚਰ ਕਮਿਊਨੀਕੇਸ਼ਨਜ਼ 2023 14:1, 14(1), ਪੀ.ਪੀ. 1-18। doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
ਚੁਣੌਤੀਪੂਰਨ ਕੇਸ-ਸਟੱਡੀਜ਼:
ਟੈਲੋਮੇਰ-ਟੂ-ਟੇਲੋਮੇਰ ਅਸੈਂਬਲੀ:ਫੂ, ਏ. ਆਦਿ. (2023) 'ਟੈਲੋਮੇਰ-ਟੂ-ਟੈਲੋਮੇਰ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ ਆਫ਼ ਬਿਟਰ ਖਰਬੂਜੇ (ਮੋਮੋਰਡਿਕਾ ਚਾਰੈਂਟੀਆ ਐਲ. ਵਰ. ਸੰਖੇਪ ਸੇਰ.) ਫਲਾਂ ਦੇ ਵਿਕਾਸ, ਰਚਨਾ ਅਤੇ ਪੱਕਣ ਵਾਲੇ ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦੀ ਹੈ', ਬਾਗਬਾਨੀ ਖੋਜ, 10(1)। doi: 10.1093/HR/UHAC228.
ਹੈਪਲੋਟਾਈਪ ਅਸੈਂਬਲੀ:ਹੂ, ਡਬਲਯੂ. ਐਟ ਅਲ. (2021) 'ਐਲੇਲ-ਪਰਿਭਾਸ਼ਿਤ ਜੀਨੋਮ ਕਸਾਵਾ ਵਿਕਾਸ ਦੌਰਾਨ ਬਾਇਲੇਲਿਕ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਨੂੰ ਪ੍ਰਗਟ ਕਰਦਾ ਹੈ', ਮੋਲੀਕਿਊਲਰ ਪਲਾਂਟ, 14(6), ਪੀਪੀ. 851–854। doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009.
ਵਿਸ਼ਾਲ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ:ਯੂਆਨ, ਜੇ. ਐਟ ਅਲ. (2022) 'ਗੀਗਾ-ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮਸ ਅਤੇ ਗੀਗਾ-ਜੀਨੋਮ ਆਫ ਟਰੀ ਪੀਓਨੀ ਪੇਓਨੀਆ ਓਸਟੀ ਦਾ ਜੀਨੋਮਿਕ ਆਧਾਰ', ਨੇਚਰ ਕਮਿਊਨੀਕੇਸ਼ਨਜ਼ 2022 13:1, 13(1), ਪੀ.ਪੀ. 1-16। doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
ਪੌਲੀਪਲੋਇਡ ਜੀਨੋਮ ਅਸੈਂਬਲੀ:Zhang, Q. et al. (2022) 'ਜੀਨੋਮਿਕ ਇਨਸਾਈਟਸ ਇਨ ਦ ਹਾਲੀਆ ਕ੍ਰੋਮੋਸੋਮ ਰਿਡਕਸ਼ਨ ਆਫ ਆਟੋਪੋਲੀਪਲੋਇਡ ਗੰਨੇ ਸੈਕਰਮ ਸਪੋਂਟੇਨੀਅਮ', ਨੇਚਰ ਜੈਨੇਟਿਕਸ 2022 54:6, 54(6), ਪੀ.ਪੀ. 885-896। doi: 10.1038/s41588-022-01084-1.
