PacBio 2+3 ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ mRNA ਹੱਲ
ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ
● ਸਟੱਡੀ ਡਿਜ਼ਾਈਨ:
ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ PacBio ਦੇ ਨਾਲ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਨਮੂਨਾ
ਨਾਲ ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਵੱਖਰੇ ਨਮੂਨੇ (ਦੁਹਰਾਉਣ ਅਤੇ ਟੈਸਟ ਕੀਤੇ ਜਾਣ ਵਾਲੀਆਂ ਸਥਿਤੀਆਂ)ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਸਮੀਕਰਨ ਨੂੰ ਮਾਪਣ ਲਈ NGS
● CCS ਮੋਡ ਵਿੱਚ PacBio ਕ੍ਰਮ, HiFi ਰੀਡ ਤਿਆਰ ਕਰਨਾ
● ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦੀਆਂ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ ਦੀ ਕ੍ਰਮਬੱਧਤਾ
● ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਹਵਾਲਾ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਲੋੜ ਨਹੀਂ ਹੁੰਦੀ; ਹਾਲਾਂਕਿ, ਇਸ ਨੂੰ ਰੁਜ਼ਗਾਰ ਦਿੱਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ
● ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਨਾ ਸਿਰਫ਼ ਜੀਨ ਅਤੇ ਆਈਸੋਫਾਰਮ-ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਗਟਾਵੇ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਸਗੋਂ lncRNA, ਜੀਨ ਫਿਊਜ਼ਨ, ਪੌਲੀ-ਐਡੀਨਿਲੇਸ਼ਨ, ਅਤੇ ਜੀਨ ਬਣਤਰ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵੀ ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ।
ਫਾਇਦੇ
● ਉੱਚ ਸ਼ੁੱਧਤਾ: HiFi ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਨਾਲ ਪੜ੍ਹਦਾ ਹੈ >99.9% (Q30), NGS ਨਾਲ ਤੁਲਨਾਯੋਗ
● ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ: ਸਾਰੀਆਂ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਾਂ ਨੂੰ ਕ੍ਰਮਬੱਧ ਕਰਨਾ ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਪਛਾਣ ਅਤੇ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ।
● PacBio ਅਤੇ NGS ਸ਼ਕਤੀਆਂ ਦਾ ਸੁਮੇਲ: ਆਈਸੋਫਾਰਮ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਸਮੀਕਰਨ ਦੀ ਮਾਤਰਾ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਣਾ, ਪੂਰੀ ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਦੇ ਸਮੇਂ ਮਾਸਕ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ, ਪਰਿਵਰਤਨ ਦਾ ਪਰਦਾਫਾਸ਼ ਕਰਨਾ
● ਵਿਆਪਕ ਮਹਾਰਤ: 1100 ਤੋਂ ਵੱਧ PacBio ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ ਦੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟਾਂ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰਨ ਅਤੇ 2300 ਤੋਂ ਵੱਧ ਨਮੂਨਿਆਂ ਦੀ ਪ੍ਰਕਿਰਿਆ ਕਰਨ ਦੇ ਟਰੈਕ ਰਿਕਾਰਡ ਦੇ ਨਾਲ, ਸਾਡੀ ਟੀਮ ਹਰ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਲਈ ਬਹੁਤ ਸਾਰਾ ਤਜਰਬਾ ਲਿਆਉਂਦੀ ਹੈ।
● ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਸਹਾਇਤਾ: ਸਾਡੀ ਵਚਨਬੱਧਤਾ 3-ਮਹੀਨੇ ਦੀ ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਸੇਵਾ ਦੀ ਮਿਆਦ ਦੇ ਨਾਲ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਦੇ ਮੁਕੰਮਲ ਹੋਣ ਤੋਂ ਅੱਗੇ ਵਧਦੀ ਹੈ। ਇਸ ਸਮੇਂ ਦੌਰਾਨ, ਅਸੀਂ ਨਤੀਜਿਆਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਕਿਸੇ ਵੀ ਪ੍ਰਸ਼ਨਾਂ ਨੂੰ ਹੱਲ ਕਰਨ ਲਈ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਫਾਲੋ-ਅਪ, ਸਮੱਸਿਆ ਨਿਪਟਾਰਾ ਸਹਾਇਤਾ, ਅਤੇ ਪ੍ਰਸ਼ਨ ਅਤੇ ਉੱਤਰ ਸੈਸ਼ਨ ਦੀ ਪੇਸ਼ਕਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ ਅਤੇ ਡਿਲਿਵਰੀ
| ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ | ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਰਣਨੀਤੀ | ਡਾਟਾ ਦੀ ਸਿਫ਼ਾਰਿਸ਼ ਕੀਤੀ ਗਈ | ਗੁਣਵੱਤਾ ਕੰਟਰੋਲ |
| ਪੋਲੀਏ ਨੇ ਭਰਪੂਰ mRNA CCS ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ | PacBio ਸੀਕਵਲ II PacBio Revio | 20/40 ਜੀ.ਬੀ 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| ਪੌਲੀ ਏ ਭਰਪੂਰ | ਇਲੁਮਿਨਾ PE150 | 6-10 ਜੀ.ਬੀ | Q30≥85% |
ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡਸ
|
| Conc.(ng/μl) | ਮਾਤਰਾ (μg) | ਸ਼ੁੱਧਤਾ | ਇਮਾਨਦਾਰੀ |
| ਇਲੁਮਿਨਾ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ਜੈੱਲ 'ਤੇ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਜਾਂ ਡੀਐਨਏ ਗੰਦਗੀ ਨਹੀਂ ਹੈ। | ਪੌਦਿਆਂ ਲਈ: RIN≥4.0; ਜਾਨਵਰਾਂ ਲਈ: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਬੇਸਲਾਈਨ ਉਚਾਈ ਨਹੀਂ |
| PacBio ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 ਜੈੱਲ 'ਤੇ ਦਿਖਾਇਆ ਗਿਆ ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਜਾਂ ਡੀਐਨਏ ਗੰਦਗੀ ਨਹੀਂ ਹੈ। | ਪੌਦੇ: RIN≥7.5 ਜਾਨਵਰ: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; ਸੀਮਤ ਜਾਂ ਕੋਈ ਬੇਸਲਾਈਨ ਉਚਾਈ ਨਹੀਂ |
ਸਿਫਾਰਸ਼ੀ ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਕੰਟੇਨਰ: 2 ਮਿਲੀਲੀਟਰ ਸੈਂਟਰਿਫਿਊਜ ਟਿਊਬ (ਟਿਨ ਫੁਆਇਲ ਦੀ ਸਿਫਾਰਸ਼ ਨਹੀਂ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ)
ਨਮੂਨਾ ਲੇਬਲਿੰਗ: ਸਮੂਹ + ਨਕਲ ਜਿਵੇਂ ਕਿ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
ਸ਼ਿਪਮੈਂਟ:
1. ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼:ਨਮੂਨਿਆਂ ਨੂੰ ਬੈਗਾਂ ਵਿੱਚ ਪੈਕ ਕਰਨ ਅਤੇ ਸੁੱਕੀ ਬਰਫ਼ ਵਿੱਚ ਦਫ਼ਨਾਉਣ ਦੀ ਲੋੜ ਹੁੰਦੀ ਹੈ।
2. RNAstable ਟਿਊਬ: RNA ਨਮੂਨੇ RNA ਸਥਿਰਤਾ ਟਿਊਬ (ਜਿਵੇਂ ਕਿ RNAstable®) ਵਿੱਚ ਸੁਕਾਏ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਕਮਰੇ ਦੇ ਤਾਪਮਾਨ ਵਿੱਚ ਭੇਜੇ ਜਾ ਸਕਦੇ ਹਨ।
ਹੇਠ ਦਿੱਤੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ:
ਕੱਚਾ ਡਾਟਾ ਗੁਣਵੱਤਾ ਕੰਟਰੋਲ
ਵਿਕਲਪਕ ਪੋਲੀਡੇਨਿਲੇਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (ਏਪੀਏ)
ਫਿਊਜ਼ਨ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਬੈਂਚਮਾਰਕਿੰਗ ਯੂਨੀਵਰਸਲ ਸਿੰਗਲ-ਕਾਪੀ ਆਰਥੋਲੋਗਸ (BUSCO) ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਨਾਵਲ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ: ਕੋਡਿੰਗ ਕ੍ਰਮ (ਸੀਡੀਐਸ) ਅਤੇ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਦੀ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ
lncRNA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ: lncRNA ਅਤੇ ਟੀਚਿਆਂ ਦੀ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ
ਮਾਈਕ੍ਰੋਸੈਟੇਲਾਈਟ ਆਈਡੈਂਟੀਫਿਕੇਸ਼ਨ (SSR)
ਡਿਫਰੈਂਸ਼ੀਅਲ ਐਕਸਪ੍ਰੈਸਡ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਸ (DETs) ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵੱਖਰੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਜੀਨ (DEGs) ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
DEGs ਅਤੇ DETs ਦੀ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ
BUSCO ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਲਪਕ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਲਪਕ ਪੋਲੀਡੇਨਿਲੇਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (ਏਪੀਏ)
ਵੱਖਰੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਪ੍ਰਗਟ ਕੀਤੇ ਜੀਨ (DEGs) ਅਤੇ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਸ (DETs9 ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਡੀਈਟੀ ਅਤੇ ਡੀਈਜੀ ਦੇ ਪ੍ਰੋਟੀਨ-ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਇੰਟਰੈਕਸ਼ਨ ਨੈਟਵਰਕ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਨਾਂ ਦੇ ਕਿਉਰੇਟਿਡ ਸੰਗ੍ਰਹਿ ਦੁਆਰਾ BMKGene ਦੇ PacBio 2+3 ਪੂਰੀ-ਲੰਬਾਈ mRNA ਕ੍ਰਮ ਦੁਆਰਾ ਸੁਵਿਧਾ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕੀਤੀ ਗਈ ਤਰੱਕੀ ਦੀ ਪੜਚੋਲ ਕਰੋ।
ਚਾਓ, ਕਿਊ. ਆਦਿ. (2019) 'ਪੋਪੁਲਸ ਸਟੈਮ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮ ਦੀ ਵਿਕਾਸਸ਼ੀਲ ਗਤੀਸ਼ੀਲਤਾ', ਪਲਾਂਟ ਬਾਇਓਟੈਕਨਾਲੋਜੀ ਜਰਨਲ, 17(1), ਪੀ.ਪੀ. 206–219। doi: 10.1111/PBI.12958.
ਡੇਂਗ, ਐੱਚ. ਐਟ ਅਲ. (2022) 'ਐਕਟੀਨੀਡੀਆ ਲੈਟੀਫੋਲੀਆ (ਇੱਕ ਐਸਕੋਰਬੇਟ-ਅਮੀਰ ਫਲ ਫਸਲ) ਅਤੇ ਐਸੋਸੀਏਟਿਡ ਮੋਲੀਕਿਊਲਰ ਮਕੈਨਿਜਮਜ਼ ਦੇ ਫਲਾਂ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਅਤੇ ਪੱਕਣ ਦੌਰਾਨ ਐਸਕੋਰਬਿਕ ਐਸਿਡ ਸਮੱਗਰੀ ਵਿੱਚ ਗਤੀਸ਼ੀਲ ਤਬਦੀਲੀਆਂ', ਅਣੂ ਵਿਗਿਆਨ ਦਾ ਅੰਤਰਰਾਸ਼ਟਰੀ ਰਸਾਲਾ, 23(10), ਪੀ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
ਹੁਆ, ਐਕਸ ਐਟ ਅਲ. (2022) 'ਪੈਰਿਸ ਪੌਲੀਫਾਈਲਾ ਵਿੱਚ ਬਾਇਓਐਕਟਿਵ ਪੌਲੀਫਿਲਿਨਸ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਬਾਇਓਸਿੰਥੈਟਿਕ ਪਾਥਵੇਅ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਪ੍ਰਭਾਵੀ ਭਵਿੱਖਬਾਣੀ', ਸੰਚਾਰ ਜੀਵ ਵਿਗਿਆਨ 2022 5:1, 5(1), ਪੀ.ਪੀ. 1-10। doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
ਲਿਊ, ਐੱਮ. ਐਟ ਅਲ. (2023) 'ਕੰਬਾਇੰਡ ਪੈਕਬੀਓ ਆਈਸੋ-ਸੇਕ ਅਤੇ ਇਲੂਮਿਨਾ ਆਰਐਨਏ-ਸੇਕ ਐਨਾਲੀਸਿਸ ਆਫ਼ ਦ ਟੂਟਾ ਐਬਸੋਲੂਟਾ (ਮੇਰਿਕ) ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮ ਅਤੇ ਸਾਈਟੋਕ੍ਰੋਮ ਪੀ450 ਜੀਨਸ', ਕੀੜੇ, 14(4), ਪੀ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
ਵੈਂਗ, ਲਿਜੁਨ ਐਟ ਅਲ. (2019) 'Ricinus communis ਵਿੱਚ ricinoleic acid biosynthesis ਦੀ ਬਿਹਤਰ ਸਮਝ ਲਈ Illumina RNA ਕ੍ਰਮ ਦੇ ਨਾਲ ਮਿਲਾ ਕੇ PacBio ਸਿੰਗਲ-ਮੌਲੀਕਿਊਲ ਰੀਅਲ-ਟਾਈਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਜਟਿਲਤਾ ਦਾ ਇੱਕ ਸਰਵੇਖਣ', BMC ਜੀਨੋਮਿਕਸ, 20(1), pp. 1-17। doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
