ਯੂਕੇਰੀਓਟਿਕ mRNA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (ਸੰਦਰਭ ਅਧਾਰਤ ਅਤੇ ਡੀ ਨੋਵੋ ਵਿਕਲਪ ਉਪਲਬਧ ਹਨ)
ਇਹ ਪਾਈਪਲਾਈਨ NGS RNA-Seq ਡੇਟਾ ਨੂੰ ਇਨਪੁਟ ਵਜੋਂ ਵਰਤਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਮਲਟੀਪਲ ਡਾਊਨਸਟ੍ਰੀਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣਾਂ ਤੋਂ ਨਤੀਜੇ ਪੈਦਾ ਕਰਦੀ ਹੈ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ ਪਰ ਇਹਨਾਂ ਤੱਕ ਸੀਮਿਤ ਨਹੀਂ: ਕ੍ਰਮ ਡਾਟਾ ਗੁਣਵੱਤਾ ਮੁਲਾਂਕਣ,de novoਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਸ਼ਨ ਸਾਈਟ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ, ਵੇਰੀਏਬਲ ਸਪਲੀਸਿੰਗ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਵਿਭਿੰਨ ਸਮੀਕਰਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਫੰਕਸ਼ਨ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਸੰਸ਼ੋਧਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ।
ਲੰਮਾ ਗੈਰ-ਕੋਡਿੰਗ ਆਰਐਨਏ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਲੰਬੇ ਗੈਰ-ਕੋਡਿੰਗ RNAs (lncRNA) 200 nt ਤੋਂ ਵੱਧ ਲੰਬਾਈ ਵਾਲੀਆਂ ਗੈਰ-ਕੋਡਿੰਗ ਪ੍ਰਤੀਲਿਪੀਆਂ ਹਨ ਅਤੇ ਕ੍ਰੋਮੈਟਿਨ ਸੰਗਠਨ ਅਤੇ ਨਿਯਮ ਵਿੱਚ ਭੂਮਿਕਾ ਨਿਭਾਉਣ ਲਈ ਜਾਣੀਆਂ ਜਾਂਦੀਆਂ ਹਨ। ਉੱਚ-ਥਰੂਪੁੱਟ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਤਕਨਾਲੋਜੀਆਂ ਅਤੇ ਬਾਇਓਇਨਫਾਰਮੈਟਿਕ ਨੇ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਰੈਗੂਲੇਟਰੀ ਫੰਕਸ਼ਨਾਂ ਦੇ ਨਾਲ lncRNA ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਨ ਲਈ ਸਾਡੀ ਸਮਝ lncRNA ਕ੍ਰਮ ਅਤੇ ਸਥਿਤੀ ਜਾਣਕਾਰੀ ਨੂੰ ਸ਼ਕਤੀ ਦਿੱਤੀ ਹੈ। ਇਹ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਯੂਕੇਰੀਓਟਿਕ mRNA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਵਿੱਚ ਦੱਸੇ ਗਏ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣਾਂ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ lncRNA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੀ ਹੈ।
16S/18S/ITS ਐਂਪਲੀਕਨ ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ
ਐਂਪਲੀਕਨ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਮਾਈਕਰੋਬਾਇਲ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਮਾਈਕਰੋਬਾਇਲ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਸਾਲਾਂ ਦੇ ਤਜ਼ਰਬੇ ਦੇ ਅਧਾਰ ਤੇ ਵਿਕਸਤ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਵਿੱਚ ਮਿਆਰੀ ਬੁਨਿਆਦੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ, ਜੋ ਮੌਜੂਦਾ ਮਾਈਕਰੋਬਾਇਲ ਖੋਜ ਅਤੇ ਵਿਅਕਤੀਗਤ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀ ਮੁੱਖ ਧਾਰਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸਮੱਗਰੀ ਨੂੰ ਕਵਰ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਵਿਭਿੰਨ ਨਿੱਜੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਨ ਦੇ ਵਿਕਲਪ ਦੇ ਨਾਲ, ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਰਿਪੋਰਟ ਅਮੀਰ ਅਤੇ ਵਿਆਪਕ ਹੈ। ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, ਵਾਧੂ ਅਨੁਕੂਲਤਾ ਅਤੇ ਨਿਯੰਤਰਣ ਲਈ ਨਮੂਨੇ ਅਤੇ ਸਮੂਹਾਂ ਨੂੰ ਫਲਾਈ 'ਤੇ ਸੋਧਿਆ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ।
ਸ਼ਾਟਗਨ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਸ਼ਾਟਗਨ ਮੈਟਾਜੇਨੋਮਿਕ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਵਾਤਾਵਰਣ ਦੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਤੋਂ ਕੱਢੇ ਗਏ ਮਿਸ਼ਰਤ ਜੀਨੋਮਿਕ ਸਮੱਗਰੀ ਤੋਂ NGS ਡੇਟਾ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੀ ਹੈ। ਸ਼ਾਮਲ ਕੀਤੇ ਗਏ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਅਤੇ ਭਰਪੂਰਤਾ, ਆਬਾਦੀ ਦੀ ਬਣਤਰ, ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਸਬੰਧਾਂ, ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਜੀਨਾਂ, ਅਤੇ ਵਾਤਾਵਰਣਕ ਕਾਰਕਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਸਬੰਧਾਂ ਦੇ ਨੈਟਵਰਕ ਬਾਰੇ ਵਿਸਤ੍ਰਿਤ ਜਾਣਕਾਰੀ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੇ ਹਨ।
NGS-WGS ਵੇਰੀਐਂਟ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
NGS-WGS ਵੇਰੀਐਂਟ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਇੱਕ ਏਕੀਕ੍ਰਿਤ ਰੂਪ ਖੋਜ ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਹੈ ਜੋ ਡੇਟਾ ਗੁਣਵੱਤਾ ਨਿਯੰਤਰਣ, ਕ੍ਰਮ ਅਲਾਈਨਮੈਂਟ, ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ, ਅਤੇ ਜੀਨ ਪਰਿਵਰਤਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਦੀ ਹੈ। ਪਾਈਪਲਾਈਨ SNP ਅਤੇ InDel ਖੋਜ ਲਈ GATK ਵਧੀਆ ਅਭਿਆਸਾਂ ਦੀ ਪਾਲਣਾ ਕਰਦੀ ਹੈ ਅਤੇ ਸਟ੍ਰਕਚਰਲ ਵੇਰੀਐਂਟ ਕਾਲਿੰਗ ਲਈ ਮਾਨਤਾ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੀ ਹੈ।
ਜੀਨੋਮ ਵਾਈਡ ਐਸੋਸੀਏਸ਼ਨ ਸਟੱਡੀ (GWAS)
GWAS ਪਾਈਪਲਾਈਨ ਇੱਕ ਡਾਊਨਸਟ੍ਰੀਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਹੈ ਜੋ ਇਨਪੁਟ ਦੇ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਦੇ ਸਮੂਹ ਲਈ ਪਹਿਲਾਂ ਤਿਆਰ ਕੀਤੀਆਂ VCF ਫਾਈਲਾਂ ਅਤੇ ਸੰਬੰਧਿਤ ਫੀਨੋਟਾਈਪ ਡੇਟਾ ਲੈਂਦਾ ਹੈ। ਖਾਸ ਅੰਕੜਾ ਵਿਧੀਆਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, GWAS ਦਾ ਉਦੇਸ਼ phenotypic ਅੰਤਰਾਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧਿਤ ਜੀਨੋਮ-ਵਿਆਪਕ ਨਿਊਕਲੀਓਟਾਈਡ ਪਰਿਵਰਤਨਾਂ ਨੂੰ ਉਜਾਗਰ ਕਰਨਾ ਹੈ। ਇਹ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਮਨੁੱਖੀ ਬਿਮਾਰੀਆਂ ਅਤੇ ਪੌਦਿਆਂ ਅਤੇ ਜਾਨਵਰਾਂ ਵਿੱਚ ਗੁੰਝਲਦਾਰ ਗੁਣਾਂ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਕਾਰਜਸ਼ੀਲ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਖੋਜ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਮਹੱਤਵਪੂਰਣ ਭੂਮਿਕਾ ਅਦਾ ਕਰਦਾ ਹੈ।
ਬਲਕ ਸੇਗਰਗੇਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ (BSA)
BSA ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਵੱਖਰੀ ਆਬਾਦੀ ਤੋਂ ਅਤਿਅੰਤ ਫਿਨੋਟਾਈਪਿਕ ਗੁਣਾਂ ਵਾਲੇ ਵਿਅਕਤੀਆਂ ਨੂੰ ਪੂਲ ਕਰਨਾ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦਾ ਹੈ। ਪੂਲ ਕੀਤੇ ਨਮੂਨਿਆਂ ਵਿਚਕਾਰ ਵਿਭਿੰਨ ਸਥਾਨਾਂ ਦੀ ਤੁਲਨਾ ਕਰਕੇ, ਇਹ ਪਹੁੰਚ ਤੇਜ਼ੀ ਨਾਲ ਨਿਸ਼ਾਨਾ ਜੀਨਾਂ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਅਣੂ ਮਾਰਕਰਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਕਰਦੀ ਹੈ। ਪੌਦਿਆਂ ਅਤੇ ਜਾਨਵਰਾਂ ਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕ ਮੈਪਿੰਗ ਵਿੱਚ ਵਿਆਪਕ ਤੌਰ 'ਤੇ ਵਰਤਿਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਇਹ ਮਾਰਕਰ-ਸਹਾਇਕ ਪ੍ਰਜਨਨ ਲਈ ਇੱਕ ਕੀਮਤੀ ਸਾਧਨ ਹੈ।
ਵਿਕਾਸਵਾਦੀ ਜੈਨੇਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਈਵੇਲੂਸ਼ਨਰੀ ਜੈਨੇਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵਰਕਫਲੋ ਜੈਨੇਟਿਕ ਈਵੇਲੂਸ਼ਨ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟਾਂ ਵਿੱਚ BMKGENE ਦੇ ਵਿਆਪਕ ਤਜ਼ਰਬੇ ਦਾ ਲਾਭ ਉਠਾਉਂਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਇਸ ਵਿੱਚ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਟ੍ਰੀ ਕੰਸਟ੍ਰਕਸ਼ਨ, ਲਿੰਕੇਜ ਅਸੰਤੁਲਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਜੈਨੇਟਿਕ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਮੁਲਾਂਕਣ, ਚੋਣਵੀਂ ਸਵੀਪ ਪਛਾਣ, ਰਿਸ਼ਤੇਦਾਰੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਪ੍ਰਮੁੱਖ ਭਾਗ, ਜਨਸੰਖਿਆ ਬਣਤਰ ਅਤੇ ਚਰਿੱਤਰੀਕਰਨ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ।
