ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ
ਸੇਵਾ ਦੇ ਫਾਇਦੇ
●ਵਿਆਪਕ ਮਹਾਰਤ ਅਤੇ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਨ ਰਿਕਾਰਡ: ਇਕੱਤਰ ਕੀਤੇ ਦੇ ਨਾਲ, BMKGene ਨੇ 90 ਤੋਂ ਵੱਧ ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਪੂਰੇ ਕੀਤੇ ਹਨ, ਇੱਕ ਸੰਚਤ ਪ੍ਰਭਾਵ ਕਾਰਕ 900 ਤੱਕ ਪਹੁੰਚ ਗਿਆ ਹੈ।
●ਵਿਆਪਕ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ: ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਪੈਕੇਜ ਵਿੱਚ ਅੱਠ ਸਭ ਤੋਂ ਵੱਧ ਲੋੜੀਂਦੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਜੋ ਚੰਗੀ ਤਰ੍ਹਾਂ ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਕੀਤੇ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਕਰਨ ਲਈ ਤਿਆਰ ਅੰਕੜੇ ਪ੍ਰਦਾਨ ਕਰਦੇ ਹਨ ਅਤੇ ਨਤੀਜਿਆਂ ਦੀ ਆਸਾਨ ਵਿਆਖਿਆ ਕਰਨ ਦੀ ਇਜਾਜ਼ਤ ਦਿੰਦੇ ਹਨ।
●ਉੱਚ ਕੁਸ਼ਲ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਟੀਮ ਅਤੇ ਛੋਟਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਚੱਕਰ: ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਵਿੱਚ ਬਹੁਤ ਵਧੀਆ ਅਨੁਭਵ ਦੇ ਨਾਲ, BMKGene ਦੀ ਟੀਮ ਥੋੜ੍ਹੇ ਸਮੇਂ ਵਿੱਚ ਵਿਭਿੰਨ ਵਿਅਕਤੀਗਤ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਦੀਆਂ ਮੰਗਾਂ ਨੂੰ ਪੂਰਾ ਕਰਦੀ ਹੈ।
●ਪੋਸਟ-ਸੇਲ ਸਪੋਰਟ:ਸਾਡੀ ਵਚਨਬੱਧਤਾ 3-ਮਹੀਨੇ ਦੀ ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਸੇਵਾ ਦੀ ਮਿਆਦ ਦੇ ਨਾਲ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਦੇ ਮੁਕੰਮਲ ਹੋਣ ਤੋਂ ਪਰੇ ਹੈ। ਇਸ ਸਮੇਂ ਦੌਰਾਨ, ਅਸੀਂ ਨਤੀਜਿਆਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਕਿਸੇ ਵੀ ਪ੍ਰਸ਼ਨਾਂ ਨੂੰ ਹੱਲ ਕਰਨ ਲਈ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਫਾਲੋ-ਅਪ, ਸਮੱਸਿਆ ਨਿਪਟਾਰਾ ਸਹਾਇਤਾ, ਅਤੇ ਪ੍ਰਸ਼ਨ ਅਤੇ ਉੱਤਰ ਸੈਸ਼ਨ ਦੀ ਪੇਸ਼ਕਸ਼ ਕਰਦੇ ਹਾਂ।
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
| ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਵਾਰੀ-ਵਾਰੀ ਸਮਾਂ | ਸਪੀਸੀਜ਼ ਦੀ ਗਿਣਤੀ | ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਦਾ ਹੈ |
| 30 ਕੰਮਕਾਜੀ ਦਿਨ | 6 - 12 | ਜੀਨ ਪਰਿਵਾਰ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਜੀਨ ਪਰਿਵਾਰ ਦਾ ਵਿਸਥਾਰ ਅਤੇ ਸੰਕੁਚਨ ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕ ਰੁੱਖ ਦੀ ਉਸਾਰੀ ਵਿਭਿੰਨਤਾ ਸਮੇਂ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ (ਫਾਸਿਲ ਕੈਲੀਬ੍ਰੇਸ਼ਨ ਦੀ ਲੋੜ ਹੈ) LTR ਸੰਮਿਲਨ ਸਮਾਂ (ਪੌਦਿਆਂ ਲਈ) ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਨਕਲ (ਪੌਦਿਆਂ ਲਈ) ਚੋਣਵੇਂ ਦਬਾਅ ਸਿੰਟੇਨੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ |
ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
● ਜੀਨ ਪਰਿਵਾਰ
● ਫਾਈਲੋਜੈਨੇਟਿਕਸ
● ਵਖਰੇਵੇਂ ਦਾ ਸਮਾਂ
● ਚੋਣਵੇਂ ਦਬਾਅ
● ਸਿੰਟੇਨੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ ਅਤੇ ਡਿਲਿਵਰੀ
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ:
ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ ਅਤੇ ਅਸੈਂਬਲੀ ਲਈ ਟਿਸ਼ੂ ਜਾਂ ਡੀ.ਐਨ.ਏ
ਟਿਸ਼ੂ ਲਈ
| ਸਪੀਸੀਜ਼ | ਟਿਸ਼ੂ | ਸਰਵੇਖਣ | PacBio CCS |
| ਜਾਨਵਰ | ਵਿਸਰਲ ਟਿਸ਼ੂ | 0.5 ~ 1 ਜੀ | ≥ 3.5 ਗ੍ਰਾਮ |
| ਮਾਸਪੇਸ਼ੀ ਟਿਸ਼ੂ | |||
| ≥ 5.0 ਗ੍ਰਾਮ | |||
| ≥ 5.0 ਮਿ.ਲੀ | |||
| ਥਣਧਾਰੀ ਖੂਨ | |||
| ≥ 0.5 ਮਿ.ਲੀ | |||
| ਪੋਲਟਰੀ/ਮੱਛੀ ਦਾ ਖੂਨ | |||
| ਪੌਦਾ | ਤਾਜ਼ਾ ਪੱਤਾ | 1 ~ 2 ਜੀ | ≥ 5.0 ਗ੍ਰਾਮ |
| ਪੇਟਲ/ਸਟਮ | 1 ~ 2 ਜੀ | ≥ 10.0 ਗ੍ਰਾਮ | |
| ਜੜ੍ਹ/ਬੀਜ | 1 ~ 2 ਜੀ | ≥ 20.0 ਗ੍ਰਾਮ | |
| ਸੈੱਲ | ਸੰਸਕ੍ਰਿਤ ਸੈੱਲ | - | ≥ 1 x 108 |
ਡਾਟਾ
ਜੀਨੋਮ ਕ੍ਰਮ ਫਾਈਲਾਂ(.fasta) ਅਤੇ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਫਾਈਲਾਂ (.gff3) ਨੇੜਿਓਂ ਸਬੰਧਤ ਸਪੀਸੀਜ਼
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਪ੍ਰਯੋਗ ਡਿਜ਼ਾਈਨ
ਨਮੂਨਾ ਡਿਲੀਵਰੀ
ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਉਸਾਰੀ
ਕ੍ਰਮਬੱਧ
ਡਾਟਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਵਿਕਰੀ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਦੀਆਂ ਸੇਵਾਵਾਂ
*ਇੱਥੇ ਦਿਖਾਏ ਗਏ ਡੈਮੋ ਨਤੀਜੇ ਸਾਰੇ ਬਾਇਓਮਾਰਕਰ ਟੈਕਨੋਲੋਜੀ ਨਾਲ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ ਜੀਨੋਮ ਤੋਂ ਹਨ
1.LTR ਸੰਮਿਲਿਤ ਕਰਨ ਦੇ ਸਮੇਂ ਦਾ ਅਨੁਮਾਨ: ਚਿੱਤਰ ਨੇ ਹੋਰ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੇ ਮੁਕਾਬਲੇ ਵੇਨਿੰਗ ਰਾਈ ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ LTR-RTs ਸੰਮਿਲਨ ਸਮੇਂ ਵਿੱਚ ਇੱਕ ਵਿਲੱਖਣ ਬਿਮੋਡਲ ਵੰਡ ਦਿਖਾਇਆ ਹੈ। ਸਭ ਤੋਂ ਤਾਜ਼ਾ ਸਿਖਰ ਲਗਭਗ 0.5 ਮਿਲੀਅਨ ਸਾਲ ਪਹਿਲਾਂ ਪ੍ਰਗਟ ਹੋਇਆ ਸੀ।
ਲੀ ਗੁਆਂਗ ਐਟ ਅਲ.,ਕੁਦਰਤ ਜੈਨੇਟਿਕਸ, 2021
2. ਚਾਇਓਟ (ਸੇਚਿਅਮ ਐਡਿਊਲ) 'ਤੇ ਫਾਈਲੋਜੀਨੀ ਅਤੇ ਜੀਨ ਪਰਿਵਾਰ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ : ਜੀਨ ਪਰਿਵਾਰ ਵਿੱਚ ਚਾਇਓਟ ਅਤੇ ਹੋਰ 13 ਸੰਬੰਧਿਤ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕਰਕੇ, ਚਾਇਓਟ ਸੱਪ ਲੌਕੀ (ਟ੍ਰਾਈਕੋਸੈਂਥੇਸ ਐਨਗੁਇਨਾ) ਨਾਲ ਸਭ ਤੋਂ ਨੇੜਿਓਂ ਸਬੰਧਤ ਪਾਇਆ ਗਿਆ। 27-45 ਮਿਆ ਦੇ ਆਸਪਾਸ ਚਾਇਓਟ ਸੱਪ ਲੌਕੀ ਤੋਂ ਲਿਆ ਗਿਆ ਸੀ ਅਤੇ 25±4 ਮਾਈਆ ਵਿੱਚ ਚਾਯੋਟ ਵਿੱਚ ਪੂਰਾ ਜੀਨੋਮ ਡੁਪਲੀਕੇਸ਼ਨ (ਡਬਲਯੂ.ਜੀ.ਡੀ.) ਦੇਖਿਆ ਗਿਆ ਸੀ, ਜੋ ਕਿ ਕੁਕੂਬੀਟਾਸੀ ਵਿੱਚ ਤੀਜੀ ਡਬਲਯੂਜੀਡੀ ਘਟਨਾ ਹੈ।
ਫੂ ਏ ਏਟ ਅਲ.,ਬਾਗਬਾਨੀ ਖੋਜ, 2021
3.ਸਿੰਟੇਨੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ: ਫਲਾਂ ਦੇ ਵਿਕਾਸ ਵਿੱਚ ਫਾਈਟੋਹਾਰਮੋਨਸ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਕੁਝ ਜੀਨ ਚਯੋਟੇ, ਸੱਪ ਲੌਕੀ ਅਤੇ ਸਕੁਐਸ਼ ਵਿੱਚ ਪਾਏ ਗਏ ਸਨ। ਚਾਇਓਟ ਅਤੇ ਸਕੁਐਸ਼ ਵਿਚਕਾਰ ਸਬੰਧ ਚਾਇਓਟ ਅਤੇ ਸੱਪ ਲੌਕੀ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਨਾਲੋਂ ਥੋੜ੍ਹਾ ਉੱਚਾ ਹੈ।
ਫੂ ਏ ਏਟ ਅਲ.,ਬਾਗਬਾਨੀ ਖੋਜ, 2021
4.ਜੀਨ ਫੈਮਿਲੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ: G.thurberi ਅਤੇ G.davidsonii ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ ਜੀਨ ਪਰਿਵਾਰ ਦੇ ਵਿਸਥਾਰ ਅਤੇ ਸੰਕੁਚਨ 'ਤੇ ਕੇਈਜੀਜੀ ਸੰਸ਼ੋਧਨ ਨੇ ਦਿਖਾਇਆ ਕਿ ਸਟੀਰੌਇਡ ਬਾਇਓਸਿੰਥੇਸਿਸ ਅਤੇ ਬ੍ਰੈਸੀਨੋਸਟੀਰੋਇਡ ਬਾਇਓਸਿੰਥੇਸਿਸ ਸੰਬੰਧਿਤ ਜੀਨਾਂ ਦਾ ਵਿਸਤਾਰ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ।
ਯਾਂਗ ਜ਼ੈਡ ਐਟ ਅਲ.,BMC ਜੀਵ ਵਿਗਿਆਨ, 2021
5. ਪੂਰੇ ਜੀਨੋਮ ਡੁਪਲੀਕੇਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ: 4DTV ਅਤੇ Ks ਵੰਡ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਪੂਰੀ ਜੀਨੋਮ ਡੁਪਲੀਕੇਸ਼ਨ ਘਟਨਾ ਨੂੰ ਦਿਖਾਇਆ। ਅੰਤਰਜਾਤੀ ਦੀਆਂ ਸਿਖਰਾਂ ਨੇ ਨਕਲ ਦੀਆਂ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦਿਖਾਈਆਂ। ਅੰਤਰ-ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਦੀਆਂ ਸਿਖਰਾਂ ਨੇ ਪ੍ਰਜਾਤੀ ਦੀਆਂ ਘਟਨਾਵਾਂ ਦਿਖਾਈਆਂ। ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੇ ਸੰਕੇਤ ਦਿੱਤਾ ਹੈ ਕਿ ਹੋਰ ਤਿੰਨ ਨਜ਼ਦੀਕੀ ਸੰਬੰਧਿਤ ਪ੍ਰਜਾਤੀਆਂ ਨਾਲ ਤੁਲਨਾ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਓ. ਯੂਰੋਪੀਆ ਹਾਲ ਹੀ ਵਿੱਚ ਵੱਡੇ ਪੱਧਰ 'ਤੇ ਜੀਨ ਡੁਪਲੀਕੇਸ਼ਨ ਵਿੱਚੋਂ ਲੰਘਿਆ ਹੈ।
ਰਾਓ ਜੀ ਐਟ ਅਲ.,ਬਾਗਬਾਨੀ ਖੋਜ, 2021
BMK ਕੇਸ
ਚੁੰਧਿਆ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਗੁਲਾਬ: ਜੀਨੋਮਿਕ ਇਨਸਾਈਟਸ ਨਮੀ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲਨ ਨਾਲ ਜੁੜੀਆਂ ਹੋਈਆਂ ਹਨ
ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਿਤ: ਰਾਸ਼ਟਰੀ ਵਿਗਿਆਨ ਸਮੀਖਿਆ, 2021
ਲੜੀਬੱਧ ਰਣਨੀਤੀ:
'ਬੱਸੀ ਦਾਕੰਡੇ ਰਹਿਤ' (ਆਰ.ਵਿਚੁਰੈਣਨ) ਜੀਨੋਮ:
ਲਗਭਗ. 93 X PacBio + ਲਗਭਗ. 90 X ਨੈਨੋਪੋਰ + 267 X ਇਲੂਮਿਨਾ
ਮੁੱਖ ਨਤੀਜੇ
1. ਉੱਚ ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲੇ R.wichuraiana ਜੀਨੋਮ ਦਾ ਨਿਰਮਾਣ ਲੰਬੀ-ਪੜ੍ਹੀ ਕ੍ਰਮ-ਬੱਧ ਤਕਨੀਕਾਂ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਸੀ, ਜੋ ਕਿ 530.07 Mb ਦੀ ਅਸੈਂਬਲੀ ਪੈਦਾ ਕਰਦੀ ਹੈ (ਅੰਦਾਜਨ ਜੀਨੋਮ ਦਾ ਆਕਾਰ ਫਲੋ ਸਾਇਟੋਮੈਟਰੀ ਦੁਆਰਾ ਲਗਭਗ 525.9 Mb ਅਤੇ ਜੀਨੋਮ ਸਰਵੇਖਣ ਦੁਆਰਾ 525.5 ਸੀ) ਲਗਭਗ 3% ਹੈਟਰੋਜ਼ਾਈ ਸੀ। BUSCO ਅਨੁਮਾਨਿਤ ਸਕੋਰ 93.9% ਸੀ। "ਓਲਡ ਬਲੱਸ਼" (ਹੈਪਲੋਓਬੀ) ਨਾਲ ਤੁਲਨਾ ਕਰਦੇ ਹੋਏ, ਇਸ ਜੀਨੋਮ ਦੀ ਗੁਣਵੱਤਾ ਅਤੇ ਸੰਪੂਰਨਤਾ ਦੀ ਬੇਸ ਸਿੰਗਲ-ਬੇਸ ਸ਼ੁੱਧਤਾ ਅਤੇ LTR ਅਸੈਂਬਲੀ ਇੰਡੈਕਸ (LAI=20.03) ਦੁਆਰਾ ਪੁਸ਼ਟੀ ਕੀਤੀ ਗਈ ਸੀ। R.wichuraiana ਜੀਨੋਮ ਵਿੱਚ 32,674 ਪ੍ਰੋਟੀਨ ਕੋਡਿੰਗ ਜੀਨ ਹੁੰਦੇ ਹਨ।
2. ਮਲਟੀ-ਓਮਿਕਸ ਸੰਯੁਕਤ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ, ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੌਮਿਕਸ, ਜੈਨੇਟਿਕ ਆਬਾਦੀ ਦਾ QTL ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸ਼ਾਮਲ ਹੈ, ਨੇ ਆਰ. ਵਿਚੁਰਾਈਆਨਾ ਅਤੇ ਰੋਜ਼ਾ ਚਿਨੇਨਸਿਸ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਮਹੱਤਵਪੂਰਨ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ। ਨਾਲ ਹੀ, QTL ਵਿੱਚ ਸੰਬੰਧਿਤ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਸਮੀਕਰਨ ਪਰਿਵਰਤਨ ਸਟੈਮ ਪ੍ਰਿਕਲ ਪੈਟਰਨਿੰਗ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਹੋਣ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ ਸੀ।
ਬਾਸੀ ਦੇ ਥੌਰਨਲੈੱਸ ਅਤੇ ਰੋਜ਼ਾ ਚਾਈਨੇਸਿਸ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਸਿੰਟੇਨੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ, ਜੀਨ ਫੈਮਿਲੀ ਕਲੱਸਟਰ, ਵਿਸਤਾਰ ਅਤੇ ਸੰਕੁਚਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਨੇ ਵੱਡੀ ਗਿਣਤੀ ਵਿੱਚ ਭਿੰਨਤਾਵਾਂ ਦਾ ਖੁਲਾਸਾ ਕੀਤਾ, ਜੋ ਗੁਲਾਬ ਵਿੱਚ ਮਹੱਤਵਪੂਰਣ ਗੁਣਾਂ ਨਾਲ ਸਬੰਧਤ ਹਨ। NAC ਅਤੇ FAR1/FRS ਜੀਨ ਪਰਿਵਾਰ ਵਿੱਚ ਵਿਲੱਖਣ ਪਸਾਰ ਬਲੈਕ ਸਪਾਟ ਦੇ ਪ੍ਰਤੀਰੋਧ ਨਾਲ ਜੁੜੇ ਹੋਣ ਦੀ ਬਹੁਤ ਸੰਭਾਵਨਾ ਸੀ।
ਬੀਟੀ ਅਤੇ ਹੈਪਲੋਓਬੀ ਜੀਨੋਮ ਦੇ ਵਿਚਕਾਰ ਤੁਲਨਾਤਮਕ ਜੀਨੋਮਿਕਸ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ।
Zhong, M. , et al. "ਚਿੰਨੇ ਤੋਂ ਬਿਨਾਂ ਗੁਲਾਬ: ਨਮੀ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲਨ ਨਾਲ ਜੁੜੀਆਂ ਜੀਨੋਮਿਕ ਸੂਝ"ਰਾਸ਼ਟਰੀ ਵਿਗਿਆਨ ਸਮੀਖਿਆ, 2021;, nwab092.
