BMKMANU S1000 ਸਥਾਨਿਕ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੌਮ
BMKMANU S1000 ਸਪੇਸ਼ੀਅਲ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਟੈਕਨੀਕਲ ਸਕੀਮ
ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ
● ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨ: 5 µM
● ਥਾਂ ਦਾ ਵਿਆਸ: 2.5 µM
● ਸਥਾਨਾਂ ਦੀ ਸੰਖਿਆ: ਲਗਭਗ 2 ਮਿਲੀਅਨ
● 3 ਸੰਭਵ ਕੈਪਚਰ ਖੇਤਰ ਫਾਰਮੈਟ: 6.8 mm * 6.8 mm, 11 mm * 11 mm ਜਾਂ 15 mm * 20 mm
● ਹਰੇਕ ਬਾਰਕੋਡਡ ਬੀਡ ਨੂੰ 4 ਭਾਗਾਂ ਦੇ ਬਣੇ ਪ੍ਰਾਈਮਰਾਂ ਨਾਲ ਲੋਡ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ:
mRNA ਪ੍ਰਾਈਮਿੰਗ ਅਤੇ cDNA ਸੰਸਲੇਸ਼ਣ ਲਈ ਪੌਲੀ(dT) ਟੇਲ
ਵਿਸਤਾਰ ਪੱਖਪਾਤ ਨੂੰ ਠੀਕ ਕਰਨ ਲਈ ਵਿਲੱਖਣ ਅਣੂ ਪਛਾਣਕਰਤਾ (UMI)
ਸਥਾਨਿਕ ਬਾਰਕੋਡ
ਅੰਸ਼ਕ ਰੀਡ 1 ਕ੍ਰਮਵਾਰ ਪ੍ਰਾਈਮਰ ਦਾ ਬਾਈਡਿੰਗ ਕ੍ਰਮ
● H&E ਅਤੇ ਭਾਗਾਂ ਦਾ ਫਲੋਰੋਸੈਂਟ ਸਟੈਨਿੰਗ
● ਵਰਤਣ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾਸੈੱਲ ਵਿਭਾਜਨ ਤਕਨਾਲੋਜੀ: ਹਰੇਕ ਸੈੱਲ ਦੀਆਂ ਸੀਮਾਵਾਂ ਨੂੰ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਅਤੇ ਹਰੇਕ ਸੈੱਲ ਨੂੰ ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਨੂੰ ਸਹੀ ਢੰਗ ਨਾਲ ਨਿਰਧਾਰਤ ਕਰਨ ਲਈ H&E ਸਟੈਨਿੰਗ, ਫਲੋਰੋਸੈਂਟ ਸਟੈਨਿੰਗ, ਅਤੇ RNA ਕ੍ਰਮ ਦਾ ਏਕੀਕਰਣ।
BMKMANU S1000 ਦੇ ਫਾਇਦੇ
●ਸਬ-ਸੈਲੂਲਰ ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨ: ਹਰੇਕ ਕੈਪਚਰ ਖੇਤਰ ਵਿੱਚ 2.5 µm ਦੇ ਵਿਆਸ ਅਤੇ ਸਪਾਟ ਸੈਂਟਰਾਂ ਵਿਚਕਾਰ 5 µm ਦੀ ਵਿੱਥ ਦੇ ਨਾਲ> 2 ਮਿਲੀਅਨ ਸਥਾਨਿਕ ਬਾਰਕੋਡ ਕੀਤੇ ਸਪਾਟ ਹੁੰਦੇ ਹਨ, ਜਿਸ ਨਾਲ ਉਪ-ਸੈਲੂਲਰ ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨ (5 µm) ਨਾਲ ਸਥਾਨਿਕ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਇਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।
●ਬਹੁ-ਪੱਧਰੀ ਰੈਜ਼ੋਲੂਸ਼ਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ:ਅਨੁਕੂਲ ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨ 'ਤੇ ਵਿਭਿੰਨ ਟਿਸ਼ੂ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ਤਾਵਾਂ ਨੂੰ ਹੱਲ ਕਰਨ ਲਈ 100 μm ਤੋਂ 5 μm ਤੱਕ ਦਾ ਲਚਕਦਾਰ ਬਹੁ-ਪੱਧਰੀ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ।
● "ਇੱਕ ਸਲਾਈਡ ਵਿੱਚ ਤਿੰਨ" ਸੈੱਲ ਸੈਗਮੈਂਟੇਸ਼ਨ ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨ ਦੀ ਸੰਭਾਵਨਾ:ਇੱਕ ਸਿੰਗਲ ਸਲਾਈਡ 'ਤੇ ਫਲੋਰੋਸੈਂਸ ਸਟੈਨਿੰਗ, H&E ਸਟੈਨਿੰਗ, ਅਤੇ RNA ਕ੍ਰਮ ਨੂੰ ਜੋੜਨਾ, ਸਾਡਾ "ਥ੍ਰੀ-ਇਨ-ਵਨ" ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਐਲਗੋਰਿਦਮ ਬਾਅਦ ਦੇ ਸੈੱਲ-ਅਧਾਰਿਤ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੌਮਿਕਸ ਲਈ ਸੈੱਲ ਦੀਆਂ ਸੀਮਾਵਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਨੂੰ ਸਮਰੱਥ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ।
●ਮਲਟੀਪਲ ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਪਲੇਟਫਾਰਮਾਂ ਦੇ ਨਾਲ ਅਨੁਕੂਲ: NGS ਅਤੇ ਲੰਬੇ-ਪੜ੍ਹੇ ਗਏ ਕ੍ਰਮ ਦੋਵੇਂ ਉਪਲਬਧ ਹਨ।
●1-8 ਸਰਗਰਮ ਕੈਪਚਰ ਖੇਤਰ ਦਾ ਲਚਕਦਾਰ ਡਿਜ਼ਾਈਨ: ਕੈਪਚਰ ਖੇਤਰ ਦਾ ਆਕਾਰ ਲਚਕਦਾਰ ਹੈ, 3 ਫਾਰਮੈਟਾਂ (6.8 mm * 6.8 mm., 11 mm * 11 mm ਅਤੇ 15 mm * 20 mm) ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਨਾ ਸੰਭਵ ਹੈ।
●ਇੱਕ-ਸਟਾਪ ਸੇਵਾ: ਇਹ ਸਾਰੇ ਤਜ਼ਰਬੇ ਅਤੇ ਹੁਨਰ-ਅਧਾਰਿਤ ਕਦਮਾਂ ਨੂੰ ਜੋੜਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਕ੍ਰਾਇਓ-ਸੈਕਸ਼ਨਿੰਗ, ਸਟੈਨਿੰਗ, ਟਿਸ਼ੂ ਅਨੁਕੂਲਨ, ਸਥਾਨਿਕ ਬਾਰਕੋਡਿੰਗ, ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਦੀ ਤਿਆਰੀ, ਸੀਕਵੈਂਸਿੰਗ, ਅਤੇ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ।
●ਵਿਆਪਕ ਬਾਇਓਇਨਫੋਰਮੈਟਿਕਸ ਅਤੇ ਨਤੀਜਿਆਂ ਦੀ ਉਪਭੋਗਤਾ-ਅਨੁਕੂਲ ਵਿਜ਼ੂਅਲਾਈਜ਼ੇਸ਼ਨ:ਪੈਕੇਜ ਵਿੱਚ 29 ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਅਤੇ 100+ ਉੱਚ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਵਾਲੇ ਅੰਕੜੇ ਸ਼ਾਮਲ ਹਨ, ਸੈੱਲ ਸਪਲਿਟਿੰਗ ਅਤੇ ਸਪਾਟ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਦੀ ਕਲਪਨਾ ਅਤੇ ਅਨੁਕੂਲਿਤ ਕਰਨ ਲਈ ਅੰਦਰੂਨੀ ਵਿਕਸਤ ਸੌਫਟਵੇਅਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਦੇ ਨਾਲ।
●ਕਸਟਮਾਈਜ਼ਡ ਡੇਟਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਅਤੇ ਵਿਜ਼ੂਅਲਾਈਜ਼ੇਸ਼ਨ: ਵੱਖ-ਵੱਖ ਖੋਜ ਬੇਨਤੀਆਂ ਲਈ ਉਪਲਬਧ
●ਉੱਚ-ਕੁਸ਼ਲ ਤਕਨੀਕੀ ਟੀਮ: ਮਨੁੱਖ, ਚੂਹੇ, ਥਣਧਾਰੀ, ਮੱਛੀ ਅਤੇ ਪੌਦਿਆਂ ਸਮੇਤ 250 ਤੋਂ ਵੱਧ ਟਿਸ਼ੂ ਕਿਸਮਾਂ ਅਤੇ 100+ ਸਪੀਸੀਜ਼ ਵਿੱਚ ਅਨੁਭਵ ਦੇ ਨਾਲ।
●ਪੂਰੇ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ 'ਤੇ ਰੀਅਲ-ਟਾਈਮ ਅਪਡੇਟਸ: ਪ੍ਰਯੋਗਾਤਮਕ ਪ੍ਰਗਤੀ ਦੇ ਪੂਰੇ ਨਿਯੰਤਰਣ ਦੇ ਨਾਲ।
●ਸਿੰਗਲ-ਸੈੱਲ mRNA ਸੀਕੁਏਂਸਿੰਗ ਦੇ ਨਾਲ ਵਿਕਲਪਿਕ ਸੰਯੁਕਤ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਸੇਵਾ ਨਿਰਧਾਰਨ
|
ਨਮੂਨਾ ਲੋੜਾਂ
| ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ |
ਕ੍ਰਮ ਦੀ ਰਣਨੀਤੀ
| ਡਾਟਾ ਦੀ ਸਿਫ਼ਾਰਿਸ਼ ਕੀਤੀ ਗਈ | ਗੁਣਵੱਤਾ ਕੰਟਰੋਲ |
| OCT-ਏਮਬੇਡਡ ਕ੍ਰਾਇਓ ਨਮੂਨੇ, ਪ੍ਰਤੀ ਨਮੂਨਾ 3 ਬਲਾਕ | S1000 cDNA ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ | Illumina PE150 (ਹੋਰ ਪਲੇਟਫਾਰਮ ਉਪਲਬਧ) | 100K PE ਰੀਡ ਪ੍ਰਤੀ 100 uM (60-150 ਜੀ.ਬੀ.) | RIN>7 |
ਨਮੂਨਾ ਤਿਆਰੀ ਮਾਰਗਦਰਸ਼ਨ ਅਤੇ ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ ਬਾਰੇ ਹੋਰ ਵੇਰਵਿਆਂ ਲਈ, ਕਿਰਪਾ ਕਰਕੇ a ਨਾਲ ਗੱਲ ਕਰਨ ਲਈ ਬੇਝਿਜਕ ਮਹਿਸੂਸ ਕਰੋBMKGENE ਮਾਹਰ
ਸੇਵਾ ਕਾਰਜ ਪ੍ਰਵਾਹ
ਨਮੂਨਾ ਤਿਆਰ ਕਰਨ ਦੇ ਪੜਾਅ ਵਿੱਚ, ਇੱਕ ਉੱਚ-ਗੁਣਵੱਤਾ ਆਰਐਨਏ ਪ੍ਰਾਪਤ ਕੀਤਾ ਜਾ ਸਕਦਾ ਹੈ ਇਹ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਉਣ ਲਈ ਇੱਕ ਸ਼ੁਰੂਆਤੀ ਬਲਕ ਆਰਐਨਏ ਐਕਸਟਰੈਕਸ਼ਨ ਟ੍ਰਾਇਲ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਟਿਸ਼ੂ ਓਪਟੀਮਾਈਜੇਸ਼ਨ ਪੜਾਅ ਵਿੱਚ ਭਾਗਾਂ ਨੂੰ ਦਾਗ਼ ਅਤੇ ਕਲਪਨਾ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ ਅਤੇ ਟਿਸ਼ੂ ਤੋਂ ਐਮਆਰਐਨਏ ਰੀਲੀਜ਼ ਲਈ ਪਾਰਮੇਬਿਲਾਈਜ਼ੇਸ਼ਨ ਸਥਿਤੀਆਂ ਨੂੰ ਅਨੁਕੂਲ ਬਣਾਇਆ ਜਾਂਦਾ ਹੈ। ਅਨੁਕੂਲਿਤ ਪ੍ਰੋਟੋਕੋਲ ਫਿਰ ਲਾਇਬ੍ਰੇਰੀ ਨਿਰਮਾਣ ਦੌਰਾਨ ਲਾਗੂ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜਿਸ ਤੋਂ ਬਾਅਦ ਕ੍ਰਮ ਅਤੇ ਡੇਟਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ।
ਸੰਪੂਰਨ ਸੇਵਾ ਵਰਕਫਲੋ ਵਿੱਚ ਨਿਰਵਿਘਨ ਪ੍ਰੋਜੈਕਟ ਐਗਜ਼ੀਕਿਊਸ਼ਨ ਨੂੰ ਯਕੀਨੀ ਬਣਾਉਣ ਲਈ ਇੱਕ ਜਵਾਬਦੇਹ ਫੀਡਬੈਕ ਲੂਪ ਨੂੰ ਬਣਾਈ ਰੱਖਣ ਲਈ ਅਸਲ-ਸਮੇਂ ਦੇ ਅੱਪਡੇਟ ਅਤੇ ਕਲਾਇੰਟ ਪੁਸ਼ਟੀਕਰਨ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦੇ ਹਨ।
BMKMANU S1000 ਦੁਆਰਾ ਤਿਆਰ ਕੀਤੇ ਗਏ ਡੇਟਾ ਦਾ "BSTMatrix" ਸਾਫਟਵੇਅਰ ਦੀ ਵਰਤੋਂ ਕਰਕੇ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਕੀਤਾ ਜਾਂਦਾ ਹੈ, ਜੋ ਕਿ BMKGENE ਦੁਆਰਾ ਸੁਤੰਤਰ ਤੌਰ 'ਤੇ ਡਿਜ਼ਾਈਨ ਕੀਤਾ ਗਿਆ ਹੈ, ਇੱਕ ਜੀਨ ਐਕਸਪ੍ਰੈਸ਼ਨ ਮੈਟਰਿਕਸ ਤਿਆਰ ਕਰਦਾ ਹੈ। ਉੱਥੋਂ, ਇੱਕ ਮਿਆਰੀ ਰਿਪੋਰਟ ਤਿਆਰ ਕੀਤੀ ਜਾਂਦੀ ਹੈ ਜਿਸ ਵਿੱਚ ਡੇਟਾ ਗੁਣਵੱਤਾ ਨਿਯੰਤਰਣ, ਅੰਦਰੂਨੀ-ਨਮੂਨਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਅਤੇ ਅੰਤਰ-ਗਰੁੱਪ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸ਼ਾਮਲ ਹੁੰਦਾ ਹੈ।
● ਡਾਟਾ ਗੁਣਵੱਤਾ ਨਿਯੰਤਰਣ:
ਡਾਟਾ ਆਉਟਪੁੱਟ ਅਤੇ ਗੁਣਵੱਤਾ ਸਕੋਰ ਵੰਡ
ਪ੍ਰਤੀ ਸਥਾਨ ਜੀਨ ਖੋਜ
ਟਿਸ਼ੂ ਕਵਰੇਜ
● ਅੰਦਰੂਨੀ-ਨਮੂਨਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ:
ਜੀਨ ਦੀ ਅਮੀਰੀ
ਸਪਾਟ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ, ਘਟੇ ਹੋਏ ਆਯਾਮ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ ਸਮੇਤ
ਕਲੱਸਟਰਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਵਿਭਿੰਨ ਸਮੀਕਰਨ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ: ਮਾਰਕਰ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ
ਫੰਕਸ਼ਨਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਮਾਰਕਰ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਸੰਸ਼ੋਧਨ
● ਅੰਤਰ-ਸਮੂਹ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ:
ਦੋਵਾਂ ਨਮੂਨਿਆਂ (ਜਿਵੇਂ ਕਿ ਰੋਗੀ ਅਤੇ ਨਿਯੰਤਰਣ) ਅਤੇ ਮੁੜ-ਕਲੱਸਟਰ ਤੋਂ ਚਟਾਕ ਦਾ ਮੁੜ-ਸੁਮੇਲ
ਹਰੇਕ ਕਲੱਸਟਰ ਲਈ ਮਾਰਕਰ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ
ਫੰਕਸ਼ਨਲ ਐਨੋਟੇਸ਼ਨ ਅਤੇ ਮਾਰਕਰ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਸੰਸ਼ੋਧਨ
ਸਮੂਹਾਂ ਵਿਚਕਾਰ ਇੱਕੋ ਕਲੱਸਟਰ ਦੀ ਵਿਭਿੰਨ ਸਮੀਕਰਨ
ਇਸ ਤੋਂ ਇਲਾਵਾ, BMKGENE ਵਿਕਸਿਤ ਕੀਤਾ “BSTViewer” ਇੱਕ ਉਪਭੋਗਤਾ-ਅਨੁਕੂਲ ਟੂਲ ਹੈ ਜੋ ਉਪਭੋਗਤਾ ਨੂੰ ਵੱਖ-ਵੱਖ ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨਾਂ 'ਤੇ ਜੀਨ ਸਮੀਕਰਨ ਅਤੇ ਸਪਾਟ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ ਦੀ ਕਲਪਨਾ ਕਰਨ ਦੇ ਯੋਗ ਬਣਾਉਂਦਾ ਹੈ।
BMKGene ਨੇ ਉਪਭੋਗਤਾ ਦੇ ਅਨੁਕੂਲ ਦ੍ਰਿਸ਼ਟੀਕੋਣ ਲਈ ਸਾਫਟਵੇਅਰ ਵਿਕਸਿਤ ਕੀਤਾ ਹੈ
ਬਹੁ-ਪੱਧਰੀ ਰੈਜ਼ੋਲਿਊਸ਼ਨ 'ਤੇ BSTViewer ਸਪਾਟ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ
BSTCellViewer: ਆਟੋਮੈਟਿਕ ਅਤੇ ਮੈਨੂਅਲ ਸੈੱਲ ਸਪਲਿਟਿੰਗ
ਅੰਦਰੂਨੀ-ਨਮੂਨਾ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਸਪਾਟ ਕਲੱਸਟਰਿੰਗ:
ਮਾਰਕਰ ਜੀਨਾਂ ਦੀ ਪਛਾਣ ਅਤੇ ਸਥਾਨਿਕ ਵੰਡ:
ਅੰਤਰ-ਸਮੂਹ ਵਿਸ਼ਲੇਸ਼ਣ
ਦੋਵਾਂ ਸਮੂਹਾਂ ਅਤੇ ਮੁੜ-ਕਲੱਸਟਰ ਤੋਂ ਡਾਟਾ ਸੁਮੇਲ:
ਨਵੇਂ ਕਲੱਸਟਰਾਂ ਦੇ ਮਾਰਕਰ ਜੀਨ:
ਇਸ ਵਿਸ਼ੇਸ਼ ਪ੍ਰਕਾਸ਼ਨ ਵਿੱਚ BMKManu S1000 ਤਕਨਾਲੋਜੀ ਦੇ ਨਾਲ BMKGene ਦੀਆਂ ਸਥਾਨਿਕ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੌਮਿਕਸ ਸੇਵਾਵਾਂ ਦੁਆਰਾ ਸੁਵਿਧਾਜਨਕ ਤਰੱਕੀ ਦੀ ਪੜਚੋਲ ਕਰੋ:
ਗੀਤ, X. et al. (2023) 'ਸਪੇਸ਼ੀਅਲ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੌਮਿਕਸ ਟਮਾਟਰ ਕਾਲਸ ਵਿੱਚ ਸ਼ੂਟ ਰੀਜਨਰੇਸ਼ਨ ਨੂੰ ਉਤਸ਼ਾਹਿਤ ਕਰਨ ਵਿੱਚ ਸ਼ਾਮਲ ਹਲਕੇ-ਪ੍ਰੇਰਿਤ ਕਲੋਰੈਂਕਾਈਮਾ ਸੈੱਲਾਂ ਨੂੰ ਦਰਸਾਉਂਦਾ ਹੈ',ਸੰਯੁਕਤ ਰਾਜ ਅਮਰੀਕਾ ਦੀ ਨੈਸ਼ਨਲ ਅਕੈਡਮੀ ਆਫ਼ ਸਾਇੰਸਿਜ਼ ਦੀਆਂ ਕਾਰਵਾਈਆਂ, 120(38), ਪੀ. e2310163120. doi: 10.1073/pnas.2310163120
ਤੁਸੀਂ, Y. et al. (2023) 'ਕ੍ਰਮ-ਅਧਾਰਿਤ ਸਥਾਨਿਕ ਟ੍ਰਾਂਸਕ੍ਰਿਪਟੋਮਿਕ ਵਿਧੀਆਂ ਦੀ ਪ੍ਰਣਾਲੀਗਤ ਤੁਲਨਾ',bioRxiv, ਪੀ. 2023.12.03.569744. doi: 10.1101/2023.12.03.569744.
