Hele genom bisul fi te sekvensering (WGBS)
Hele genombisulfittsekvensering (WGBS) står som gullstandardmetodikken for en grundig utforskning av DNA-metylering, nærmere bestemt den femte posisjonen i cytosin (5-MC), en pivotal regulator av genuttrykk og cellulær aktivitet. Prinsippet som ligger til grunn for WGB -er involverer bisulfittbehandling, noe som induserer konvertering av umetylerte cytosiner til uracil (C til U), mens metylert cytosiner etterlater seg uendret. Denne teknikken tilbyr en-base-oppløsning, slik at forskere kan undersøke metylomet og avdekke unormale metyleringsmønstre assosiert med forskjellige tilstander, særlig kreft. Ved å bruke WGB-er, kan forskere få enestående innsikt i genomomfattende metyleringslandskap, og gi en nyansert forståelse av de epigenetiske mekanismene som ligger til grunn for forskjellige biologiske prosesser og sykdommer.
Servicefunksjoner
● Krever et referansegenom.
● Lambda DNA tilsettes for å overvåke bisulfittkonverteringseffektivitet.
● Sekvensering på Illumina Novaseq.
Tjenestefordeler
●Gullstandard for DNA -metyleringsforskning: Denne modne metyleringskonverteringsbehandlingsteknologien har høy nøyaktighet og god reproduserbarhet.
●Bred dekning og en-baseoppløsning:Påvisning av metyleringsseter på genom-nivå.
●Komplett plattform:Gi one-stop utmerket service fra prøvebehandling, bibliotekskonstruksjon, sekvensering til bioinformatikkanalyse.
●Omfattende kompetanse: Med WGBS-sekvenseringsprosjekter fullført gjennom et mangfoldig utvalg av arter, bringer BMKGene over et tiår med erfaring, et meget dyktig analyseteam, omfattende innhold og utmerket støtte etter salg.
●Mulighet for å slå seg sammen med transkriptomikkanalyse: Tillater den integrerte analysen av WGB-er med andre OMICS-data som RNA-seq.
Prøvespesifikasjoner
| Bibliotek | Sekvenseringsstrategi | Anbefalt datautgang | Kvalitetskontroll |
| Bisulfite behandlet | Illumina PE150 | 30x dybde | Q30 ≥ 85% Bisulfittkonvertering> 99% |
Prøvekrav
| Konsentrasjon (ng/ul) | Totalt beløp (µg) | Ytterligere krav | |
| Genomisk DNA | ≥ 5 | ≥ 400 ng | Begrenset nedbrytning eller forurensning |
Servicearbeidsflyt
Eksempellevering
DNA -ekstraksjon
Bibliotekskonstruksjon
Sekvensering
Dataanalyse
Dataelevering
Inkluderer følgende analyse:
● Rå sekvensering av kvalitetskontroll;
● Kartlegging for å referere til genom;
● Deteksjon av 5 mc metylerte baser;
● Analyse av metyleringsfordeling og merknad;
● Analyse av differensielt metylerte regioner (DMR);
● Funksjonell merknad av gener assosiert med DMR -er.
5mc metyleringdeteksjon: Typer metylerte steder
Metyleringskart. 5mc metylering av genomomfattende distribusjon
Merknad av sterkt metylerte regioner
Differensielt metylerte regioner: tilknyttede gener
Differensielt metylerte regioner: Annotasjon av tilknyttede gener (Gene Ontology)
Utforsk forskningsutviklingene tilrettelagt av Bmkgens hele genombisulfitt -sekvenseringstjenester gjennom en kuratert samling av publikasjoner.
Fan, Y. et al. (2020) 'Analyse av DNA-metyleringsprofiler under saueskjelettmuskelutvikling ved bruk av hel-genom bisulfittsekvensering',BMC Genomics, 21 (1), s. 1–15. doi: 10.1186/s12864-020-6751-5.
Zhao, X. et al. (2022) 'Ny deoksyribonukleinsyre metylering forstyrrelser hos arbeidere utsatt for vinylklorid',Toksikologi og industriell helse, 38 (7), s. 377–388. doi: 10.1177/07482337221098600
Zuo, J. et al. (2020) 'Forhold mellom genommetylering, nivåer av ikke-kodende RNA, mRNA og metabolitter i modning av tomatfrukt',Plant Journal, 103 (3), s. 980–994. doi: 10.1111/tpj.14778.
