Spesifikk-Locus Amplified Fragment Sequencing (SLAF-Seq)
Arbeidsflyt
Teknisk ordning
Servicefunksjoner
● Sekvensering på Novaseq med PE150.
● Bibliotekforberedelse med dobbel strekkoding, muliggjør sammenslåing av over 1000 prøver.
● Denne teknikken kan brukes med eller uten referansegenom, med forskjellige bioinformatiske rørledninger for hvert tilfelle:
Med referansegenom: SNP og Indel Discovery
Uten referansegenom: Eksempelklynging og SNP -oppdagelse
● Ii silicoForhåndsdesignstadium Flere begrensningsenzymkombinasjoner blir vist for å finne de som genererer en jevn fordeling av SLAF-tagger langs genomet.
● Under pre-eksperimentet testes tre enzymkombinasjoner i 3 prøver for å generere 9 SLAF-biblioteker, og denne informasjonen brukes til å velge den optimale restriksjonsenzymkombinasjonen for prosjektet.
Tjenestefordeler
●Høy genetisk markøroppdagelse: Integrering av et dobbelt strekkodesystem med høy gjennomstrømning muliggjør samtidig sekvensering av store populasjoner, og lokusspesifikk forsterkning forbedrer effektiviteten, og sikrer at tagnumre oppfyller de forskjellige kravene til forskjellige forskningsspørsmål.
● Lav avhengighet av genomet: Det kan brukes på arter med eller uten referansegenom.
●Fleksibel ordningsdesign: Enkelt-enzym, dobbelt-enzym, fordøyelse med flere enzym og forskjellige typer enzymer kan alle velges for å imøtekomme forskjellige forskningsmål eller arter. Dei silicoPre-design utføres for å sikre en optimal enzymdesign.
● Høy effektivitet i enzymatisk fordøyelse: Ledningen av eni silicoPre-design og et forhåndseksperiment sikret optimal design med jevn distribusjon av SLAF-tagger på kromosomet (1 SLAF-tag/4KB) og redusert repeterende sekvens (<5%).
●Omfattende kompetanse: Vårt team bringer et vell av erfaring til hvert prosjekt, med en oversikt over å stenge over 5000 SLAF-seq-prosjekter på hundrevis av arter, inkludert planter, pattedyr, fugler, insekter og vannlevende organismer.
● Selvutviklet bioinformatisk arbeidsflyt: Bmkgene utviklet en integrert bioinformatisk arbeidsflyt for SLAF-seq for å sikre påliteligheten og nøyaktigheten til den endelige utgangen.
Servicespesifikasjoner
| Type analyse | Anbefalt befolkningsskala | Sekvenseringsstrategi | |
| Dybde av tag -sekvensering | Taggenummer | ||
| Genetiske kart | 2 foreldre og> 150 avkom | Foreldre: 20x WGS Offsping: 10x | Genomstørrelse: <400 MB: WGS anbefales <1GB: 100K -tagger 1-2GB :: 200K-tagger > 2 GB: 300K -tagger Maks 500k -tagger |
| Genom-bred assosiasjonsstudier (GWAS) | ≥200 prøver | 10x | |
| Genetisk evolusjon | ≥30 prøver, med> 10 prøver fra hver undergruppe | 10x | |
Tjenestekrav
Konsentrasjon ≥ 5 ng/ull
Totalt beløp ≥ 80 ng
Nanodrop OD260/280 = 1,6-2,5
Agarosegel: Ingen eller begrenset nedbrytning eller forurensning
Anbefalt prøvelevering
Beholder: 2 ml sentrifugerør
(For de fleste prøvene anbefaler vi ikke å bevare i etanol)
Eksempelmerking: Prøver må være tydelig merket og identisk med innsendt eksemplarinformasjonsskjema.
Forsendelse: Dry-is: Prøver må først pakkes i poser og begraves i tørris.
Tjenestearbeidsflyt
Eksempel QC
Piloteksperiment
SLAF-EXPERIMENT
Bibliotekforberedelse
Sekvensering
Dataanalyse
Etter salgstjenester
Inkluderer følgende analyse:
- Sekvenseringsdata QC
- SLAF TAG -utvikling
Kartlegging for å referere til genom
Uten referansegenom: Clustering
- Analyse av SLAF -tagger: Statistikk, distribusjon over genomet
- Marker Discovery: SNP, Indel, SNV, CV -samtale og merknad
Distribusjon av SLAF -tagger på kromosomer:
Distribusjon av SNP -er på kromosomer:
SNP -merknad
| År | Tidsskrift | IF | Tittel | Applikasjoner |
| 2022 | Naturkommunikasjon | 17.694 | Genomisk grunnlag av giga-kromosomer og giga-genom av tre pioner Paeonia Ostii | Slaf-Gwas |
| 2015 | Ny fytolog | 7.433 | Domestisering fotavtrykk anker genomiske regioner av agronomisk betydning i Soyabønner | Slaf-Gwas |
| 2022 | Journal of Advanced Research | 12.822 | Genom-bred kunstig introgressions av Gossypium barbadense til G. hirsutum avsløre overlegen loci for samtidig forbedring av bomullsfiberkvalitet og utbytte egenskaper | SLAF-evolusjonær genetikk |
| 2019 | Molekylær plante | 10.81 | Befolkningens genomiske analyse og de novo -forsamling avslører opprinnelsen til ujevn Ris som et evolusjonært spill | SLAF-evolusjonær genetikk |
| 2019 | Naturgenetikk | 31.616 | Genomsekvens og genetisk mangfold av den vanlige karpen, Cyprinus carpio | SLAF-Linkage Map |
| 2014 | Naturgenetikk | 25.455 | Genomet til dyrket peanøtt gir innsikt i belgfrukter karyotyper, polyploid Evolusjon og avlingsdomestisering. | SLAF-Linkage Map |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 9.803 | Identifisering av ST1 avslører et utvalg som involverer hitchhiking av frømorfologi og oljeinnhold under soyabønne domestisering | SLAF-Markørutvikling |
| 2022 | International Journal of Molecular Sciences | 6.208 | Identifisering og DNA-markørutvikling for en hvetelymus mollis 2ns (2d) Disomisk kromosomsubstitusjon | SLAF-Markørutvikling |
| År | Tidsskrift | IF | Tittel | Applikasjoner |
| 2023 | Grenser i plantevitenskap | 6.735 | QTL -kartlegging og transkriptomanalyse av sukkerinnhold under fruktmodning av pyrus pyrifolia | Genetisk kart |
| 2022 | Plant Biotechnology Journal | 8.154 | Identifisering av ST1 avslører et utvalg som involverer hitchhiking av frømorfologi og oljeinnhold under soyabønneri -domestisering
| SNP ringer |
| 2022 | Grenser i plantevitenskap | 6.623 | Genomomfattende assosiasjonskartlegging av Hulless knapt fenotyper i tørke miljø.
| GWAS |
