-
Verktøysett
BMKCloud er en ledende bioinformatisk plattform som leverer one-stop-løsning for genomiske programmer, som er allment tiltrodd av forskere på ulike arenaer, inkludert medisinsk, landbruk, miljø, etc. BMKCloud er forpliktet til å tilby integrerte, pålitelige og effektive tjenester, inkludert bioinformatiske analyseplattformer og verktøy , dataressurser, offentlig database, bioinformtiske nettkurs, etc. BMKCloud har ulike ofte brukte bioinformatiske verktøy som inkluderer gen annotering, evolusjonære genetiske verktøy, ncRNA, datakvalitetskontroll, montering, justering, dataekstraksjon, mutasjoner, statistikk, figurgenerator, sekvensanalyse, etc.
-
De novo bakteriegenomsamling
Vi tilbyr en komplett monteringstjeneste for bakteriell genom, og garanterer 0 hull. Dette er mulig ved å integrere langlest sekvenseringsteknologi, som Nanopore og PacBio for montering og kortlest sekvensering med Illumina for monteringsvalidering og feilretting av ONT-lesninger. Vår tjeneste gir den komplette bioinformatiske arbeidsflyten fra montering, funksjonell merknad og avansert bioinformatisk analyse, og oppfyller spesifikke forskningsmål. Denne tjenesten muliggjør utvikling av presise referansegenomer for ulike genetiske og genomiske studier. I tillegg danner det grunnlaget for applikasjoner som belastningsoptimalisering, genteknologi og utvikling av mikrobiell teknologi, og sikrer pålitelige og gapfrie genomiske data som er avgjørende for å fremme vitenskapelig innsikt og bioteknologisk innovasjon.
-
lite RNA
Små RNA er en type kort ikke-kodende RNA med gjennomsnittlig lengde på 18-30 nt, inkludert miRNA, siRNA og piRNA. Disse små RNA-ene har blitt rapportert massivt å være involvert i ulike biologiske prosesser som mRNA-nedbrytning, translasjonshemming, heterokromatindannelse, etc. SmallRNA-sekvenseringsanalyse har blitt mye brukt i studier på dyre-/planteutvikling, sykdom, virus osv. Lite RNA sekvenseringsanalyseplattform består av standardanalyse og avansert datautvinning. På grunnlag av RNA-seq-data kan standardanalyse oppnå miRNA-identifikasjon og -prediksjon, miRNA-målgenprediksjon, annotering og ekspresjonsanalyse. Avansert analyse muliggjør tilpasset miRNA-søk og ekstraksjon, generering av Venn-diagram, nettverksbygging av miRNA og målgen.
-
NGS-WGS (Illumina/BGI)
NGS-WGS er en hel genom-re-sekvenseringsanalyseplattform, som er utviklet på grunnlag av rik erfaring innen Biomarker Technologies. Denne brukervennlige plattformen tillater rask innsending av en integrert analysearbeidsflyt ved ganske enkelt å angi noen få grunnleggende parametere, som passer for DNA-sekvenseringsdata generert fra både Illumina-plattformen og BGI-sekvenseringsplattformen. Denne plattformen er distribuert på dataserver med høy ytelse, som gir svært effektiv dataanalyse på svært begrenset tid. Personlig datautvinning er tilgjengelig på grunnlag av standardanalyse, inkludert mutert genforespørsel, PCR-primerdesign, etc.
-
mRNA (referanse)
Transkriptom er koblingen mellom genomisk genetisk informasjon og proteomet for biologisk funksjon. Transkripsjonsnivåregulering er den viktigste og mest studerte reguleringsmåten for organismer. Transkriptomsekvensering kan sekvensere transkriptomet på et hvilket som helst tidspunkt eller under alle forhold, med en oppløsning nøyaktig til et enkelt nukleotid. Den kan dynamisk gjenspeile nivået av gentrankripsjon, samtidig identifisere og kvantifisere sjeldne og normale transkripsjoner, og gi den strukturelle informasjonen til prøve spesifikke transkripsjoner.
For tiden har transkriptomsekvenseringsteknologi blitt mye brukt innen agronomi, medisin og andre forskningsfelt, inkludert dyre- og planteutviklingsregulering, miljøtilpasning, immuninteraksjon, genlokalisering, artsgenetisk evolusjon og tumor- og genetisk sykdomsdeteksjon.
-
Metagenomics (NGS)
Denne analyseplattformen er designet for metagenomisk dataanalyse med hagle på grunnlag av mange års erfaring. Den består av integrert arbeidsflyt som inneholder forskjellige vanlige metagenomiske analyser, inkludert databehandling, studier på artsnivå, studier på genfunksjonsnivå, metagenombinning osv. I tillegg er tilpassede datautvinningsverktøy tilgjengelige på standard analysearbeidsflyt, inkludert gen- og artsspørring , parameterinnstilling, personlig figurgenerering, etc.
-
LncRNA
Lange ikke-kodende RNA (lncRNA) er en type transkripsjoner med lengde lengre enn 200 nt, som ikke er i stand til å kode proteiner. Akkumulerende bevis tyder på at de fleste lncRNA-er er svært sannsynlig å være funksjonelle. Høykapasitets sekvenseringsteknologier og bioinformatiske analyseverktøy gir oss mulighet til å avsløre lncRNA-sekvenser og posisjonere informasjon mer effektivt og føre oss til å oppdage lncRNA med avgjørende regulatoriske funksjoner. BMKCloud er stolte av å tilby våre kunder lncRNA-sekvenseringsanalyseplattform for å oppnå rask, pålitelig og fleksibel lncRNA-analyse.
-
GWAS
Genomomfattende assosiasjonsstudie (GWAS) tar sikte på å identifisere genetiske varianter (genotype) som assosieres med spesifikke egenskaper (fenotype). GWA-studier undersøker genetiske markører på tvers av hele genomet til et stort antall individer og forutsier genotype-fenotype-assosiasjoner ved statistisk analyse på populasjonsnivå. Resekvensering av hele genomet kan potensielt oppdage alle genetiske varianter. Sammen med fenotypiske data kan GWAS behandles for å identifisere fenotyperelaterte SNP-er, QTL-er og kandidatgener, noe som sterkt støtter moderne dyre-/planteavl. SLAF er en egenutviklet forenklet genomsekvenseringsstrategi, som oppdager genom-wide distribuerte markører, SNP. Disse SNP-ene, som molekylærgenetiske markører, kan behandles for assosiasjonsstudier med målrettede egenskaper. Det er en kostnadseffektiv strategi for å identifisere komplekse egenskaper assosiert med genetiske variasjoner.
-
Nanopore Transkriptomikk i full lengde
Komplekse og variable alternative isoformer i organismer er viktige genetiske mekanismer for å regulere genuttrykk og proteinmangfold. Nøyaktig identifikasjon av transkripsjonsstrukturer er grunnlaget for dyptgående studier av genuttrykksreguleringsmønstre. Nanopore sekvenseringsplattform har brakt transkriptomisk studie til isoform-nivå. Denne analyseplattformen er designet for å analysere RNA-Seq-data generert på Nanopore-plattformen på basis av referansegenom, som oppnår kvalitative og kvantitative analyser på både gennivå og transkripsjonsnivå.
-
circ-RNA
Sirkulært RNA(circRNA) er en type ikke-kodende RNA, som nylig er funnet å spille en viktig rolle i regulatoriske nettverk involvert i utvikling, miljøresistens, etc. Skillet fra lineære RNA-molekyler, f.eks. mRNA, lncRNA, 3' og 5' endene av circRNA kobles sammen for å danne en sirkulær struktur, som sparer dem fra fordøyelse av eksonuklease og er mer stabile enn de fleste lineært RNA. CircRNA har vist seg å ha forskjellige funksjoner for å regulere genuttrykk. CircRNA kan fungere som ceRNA, som binder miRNA konkurransedyktig, kjent som miRNA-svamp. CircRNA sekvenseringsanalyseplattform styrker circRNA struktur- og ekspresjonsanalyse, målprediksjon og fellesanalyse med andre typer RNA-molekyler
-
BSA
Bulked Segregant Analysis-plattformen består av ett-trinns standardanalyse og avansert analyse med tilpasset parameterinnstilling. BSA er en teknikk som brukes for raskt å identifisere fenotype-assosierte genetiske markører. Hovedarbeidsflyten til BSA inneholder: 1. velge to grupper av individer med ekstremt motstridende fenotyper; 2. sammenslåing av DNA, RNA eller SLAF-seq (utviklet av biomarkør) fra alle individer for å danne to bulk av DNA; 3. identifisere differensielle sekvenser mot referansegenom eller i mellom, 4. forutsi kandidatkoblede regioner ved hjelp av ED og SNP-indeksalgoritme; 5. Funksjonell analyse og berikelse av gener i kandidatregioner, etc. Mer avansert gruvedrift i data inkludert genetisk markørscreening og primerdesign er også tilgjengelig.
-
Amplicon (16S/18S/ITS)
Amplicon (16S/18S/ITS)-plattformen er utviklet med mange års erfaring innen mikrobiell mangfoldsprosjektanalyse, som inneholder standardisert grunnleggende analyse og personalisert analyse: grunnleggende analyse dekker det vanlige analyseinnholdet i gjeldende mikrobiell forskning, analyseinnholdet er rikt og omfattende, og analyseresultater presenteres i form av prosjektrapporter; Innholdet i personalisert analyse er mangfoldig. Prøver kan velges og parametere kan settes fleksibelt i henhold til den grunnleggende analyserapporten og forskningsformålet, for å realisere personlige krav. Windows-operativsystem, enkelt og raskt.
-
Evolusjonær genetikk
Evolutionary Genetics er en omfattende sekvenseringstjeneste designet for å tilby en innsiktsfull tolkning av evolusjonen innenfor en stor gruppe individer, basert på genetiske variasjoner, inkludert SNP-er, InDels, SV-er og CNV-er. Denne tjenesten omfatter alle essensielle analyser som trengs for å belyse evolusjonære skift og genetiske egenskaper til populasjoner, inkludert vurderinger av populasjonsstruktur, genetisk mangfold og fylogenetiske forhold. Dessuten fordyper den seg i studier på genflyt, noe som muliggjør estimeringer av effektiv populasjonsstørrelse og divergenstid. Evolusjonære genetikkstudier gir verdifull innsikt i arters opprinnelse og tilpasninger.
Hos BMKGENE tilbyr vi to muligheter for å utføre evolusjonære genetikkstudier på store populasjoner: å bruke helgenomsekvensering (WGS) eller velge en genomsekvenseringsmetode med redusert representasjon, det egenutviklede Specific-Locus Amplified Fragment (SLAF). Mens WGS passer til mindre genomer, fremstår SLAF som et kostnadseffektivt alternativ for å studere større populasjoner med lengre genom, og effektivt minimere sekvenseringskostnadene.
