Varmekart
Heatmap-verktøyet godtar en matrisedatafil som input og lar brukere filtrere, normalisere og gruppere data. Den primære brukssaken for varmekart er klyngeanalyse av genuttrykksnivå mellom forskjellige prøver.
Genanmerkning
Genannoteringsverktøyet utfører genmerknad basert på sekvensjustering av inndata FASTA-filer mot forskjellige databaser.
Basic Local Alignment Search Tool (BLAST)
BLAST-verktøyet er en BMKCloud integrert versjon av NCBI BLAST og kan brukes til å utføre de samme funksjonene ved å bruke data lastet opp til BMKCloud-kontoen.
CDS_UTR-prediksjon
CDS_UTR Prediction-verktøyet er designet for å forutsi kodende regioner (CDS) og ikke-kodende regioner (UTR) i gitte transkripsjonssekvenser basert på BLAST-resultater mot kjente proteindatabaser og ORF-prediksjonsresultater.
Manhattan Plot
Manhattan Plot-verktøyet muliggjør visning av høye prøveeksperimenter og brukes ofte i genom-wide assosiasjonsstudier (GWAS).
Cirkosdiagram
CIRCOS Diagram-verktøyet gir effektiv visualisering av hvordan genomiske egenskaper er fordelt over genomet. Vanlige funksjoner inkluderer kvantitative loki, SNP-er, InDels, strukturelle og kopinummervarianter.
Genontologi (GO) berikelse
GO Enrichment-verktøyet gir funksjonell berikelsesanalyse. Den primære programvaren i dette verktøyet er TopGO-Bioconductor-pakken, som inkluderer differensialekspresjonsanalyse, GO-anrikningsanalyse og visualisering av resultatene.
Weighted Gene Co-expression Network Analysis (WGCNA)
WGCNA er en mye brukt metode for datautvinning for å oppdage gen-koekspresjonsmoduler. Den er anvendelig for forskjellige ekspresjonsdatasett inkludert mikroarray og NGS-genekspresjonsdata.
InterProScan
InterProScan-verktøyet gir InterPro proteinsekvensanalyse og klassifisering.
GO KEGG berikelse
GO KEGG Enrichment-verktøyet er designet for å generere et GO-anrikningshistogram, KEGG-anrikningshistogram og KEGG-anrikningsvei basert på et gitt gensett og tilsvarende merknad.